關於上海文廟的歷史及重要價值，上海文廟管理處2005年撰寫的《上海文廟》一文中給出的總結之語是：“上海文廟是上海中心城區唯一的一座祭祀中國傑出的思想家、教育家、儒家文化創始人孔子的廟學合一的古建築群，是源遠流長的儒家文化聖地。自元至元三十一年（1294）建文廟至今，已有七百多年的歷史。期間，四經遷徙，現址於清咸豐五年（1855）移建，佔地十七畝許。是上海著名的名勝古蹟，上海市文物保護單位。”
但從其他文獻看，早在至元三十一年之前，上海文廟已有其雛形。上海博物館圖書資料室編的《上海碑刻資料選輯》一書中收錄的《上海縣學之記》中稱：“上海舊為鎮，景定間，裡士唐時措、時拱（以）已資買韓氏屋為梓潼祠，嘗像先聖先師於祠宮，又建古修堂為諸生肄習之地。至元辛卯，割華亭東北五鄉立縣，甲午扁縣學。縣尹周汝楫洎教諭諸執事，方營建未遑，遇聖上龍飛，首下崇儒之詔。明年改元，浙西廉訪籤司朱君思誠，按行是邑，適與餘偕至。越二月朔，率其屬拜殿，時縣僚迫以田糧四出，皆不得與邑事。於是寓貴萬戶費侯，請以己資修葺之。乃飾正殿。完講堂，起齋舍。不三閱月，沈沈翼翼，如至鄒魯之間，遊洙泗之上矣。”
欞星門
宋景定年間，當時的上海只是個鎮，上海鎮有兩位名叫唐時措、唐時拱的鄉紳出錢買下韓氏舊宅建起了一座祠堂，他們在祠堂內供奉了孔子像，同時又建房屋做為學生的讀書之地。這樣的建築與此後定製的左廟右學基本一致，故而上海文廟的建造時間至少要追溯到南宋。
對於這件事，曹聚仁在《上海春秋》修訂版中有《上海的文廟》一文，該文中亦提及唐氏建文廟之事：“上海之有文廟，迄今已經六百多年了，其間搬移了五次，移到目前這一文廟路上，倒還是近一百年間的事。大約11世紀時，上海設市舶提舉司及榷貨場，成立了上海鎮，那時鎮上並沒有文廟；到了13世紀中葉（宋度宗鹹淳年間），鎮人唐時措購買韓姓房屋，改建梓潼祠（即文昌閣），圖孔聖遺像於祠中，並築古修堂，作為子弟肄業之地，上海始有鎮學，可說是文廟的雛形（今天官坊街左近）。到了1291年（元世祖至元二十八年），分華亭縣東北境五鄉為上海縣；過了二年，在縣署東首，營建縣學。次年，建築完成，有正殿，有講堂，買鄰地造齋舍，廟制大體粗備。1302年，又添築殿軒，增設大門和學門，重新立聖像，再繪先賢像，前通泮水，架橋其上，這才是文廟，地在今敬業路。”
尊經閣外觀
月臺下的盆景
曹聚仁此文中講到的建廟的歷史，以及搬遷的次數與上海文廟管理處所撰之文略有差異，但他仍然認為上海文廟的雛形始於南宋，只是他將宋理宗的景定年間錯後為宋度宗的鹹淳年間，也有可能是曹聚仁看到了比《上海縣學之記》更為翔實的原始史料。
進入元代，官府建造文廟的時間，《上海縣學之記》稱至元辛卯年即1291年，朝廷將華亭縣東北的五個鄉與上海鎮合併為上海縣。三年之後的1294年，上海縣創辦縣學，縣學的主辦者乃是縣尹周汝楫，而曹聚仁則將文廟的創辦時間定為1291年。
進入明代，知縣劉婉在縣學內建造起尊經閣，此閣設於明倫堂之後，錢溥在《尊經閣記略》中稱：“邑宰劉侯婉議地於明倫堂北建閣，以貯六經御製諸書及百家子史；而以尊經閣名，經以載道也，侯知經學所當重，創斯閣以尊崇之。”
尊經閣旁建築
此閣到明末時已經殘破，後來因戰火而焚燬。葉夢珠在《閱世編》中稱：“吾君府學明倫堂後，舊有尊經閣，予猶及見。崇禎之季，閣雖稍殘，而巍然雄峙也。後遭兵燹，竟至坍毀，明倫堂亦廢。”
清初時，縣學的尊經閣又再次得以復建，可惜復建的尊經閣在三年後毀於颱風，之後的太守竟然用罰款的方式將上海縣學內的尊經閣又恢復了起來：“順治初，廖公文元守松，重建明倫堂，不三載而毀於颶風。頤治十二年己未，太守李茂先正華以聽訟，罰庠生唐廷球寶言鼎建，共費八百餘金，規制不甚弘麗，至今因之。”
為了能夠保證縣學的維護費用，早在元末，就有僧人舍田給縣學，元延祐五年，黃溍所撰《釋氏舍田上海縣學記碑》就記載了此事，該文首先講到了縣學的創辦時間：“上海由鎮為縣之三年，縣始有學；又十年，學始有田；又九年，邑丞王君珪乃改作學於縣東若步。延祐元年冬，歷山張侯如砥來伊是邦。厥既延見諸生。視其居則齋廬未治也。庖廩未充也。”之後文中又提到邑人浦元、姜濟捐私田495畝作為學宮產業。然該碑所記其實主要是元延祐元年釋善能上人舍田給上海縣學作為經費之事。
金身孔子
關於上海文廟從元代設立，以及在元朝時的增修情況，上海文廟管理處所撰《上海文廟》一文有如下簡述：“南宋末年，上海設鎮，建鎮學。元至元二十八年（1291），上海升格為縣。兩年後，知縣周思楫等在縣署東首（今聚奎街）營建縣學，未竣。次年，由鄉貴萬戶長費拱辰出資建成；有正殿、講堂、齋舍等建築。元大德六年（1302），松江判官張紀、縣丞範天楨又添築殿軒，增設大門、學門，重繪至聖先師像於大成殿，再繪先賢像於兩廡；知縣辛思仁又築潭一百三十尺，前通泮水，架橋於上，規模具備。元至大三年（1310），兩浙鹽運使瞿霆發捐肇家浜（今復興東路）北岸縣衙（今學院路）土地，興建新文廟。四年後（1314），縣丞王珪又將文廟遷回原址，廟制更加擴大；有天光雲影池，池中有芹洲，洲上有止庵，還有杏壇、盟歐渚、舞雩橋、洗心亭、酸窩、古井和焦石堂諸勝，並植古松梧竹無數。元至正十一年（1351），知縣劉輝又建教諭廳、講習堂；監縣丌奴漢、縣丞張議重建廟門齋舍。何緝還在廟左建明倫堂。僧覺元捐田蕩六百多廟，作為修葺費用。”
這段話中也提到一位法名覺元的僧人捐田達六百多畝作為文廟的日常維護費用，從這些資料來看，至少有兩位僧人曾捐出大量田地給文廟，這是何等奇妙之事。
上海文廟在明代時的狀況，現有資料少有記載，曹聚仁在文中僅稱：“有明一代，文廟歷有興修葺治，地址始終在原處，並沒移動過。”
魁星閣
進入清代，尤其在康熙末年，上海文廟又得以擴建，同治版《上海縣誌》載有康熙五十六年蔡嵩所作《重修縣學碑記》，此文中講到了擴建後文廟的狀況：“自殿堂齋廡外，所為蕉石堂、酸窩、洗心亭、天光雲影池、芹洲、止庵、杏壇、盟鷗渚、舞雩橋，蒼松翠柏森然並秀，又有所為養賢堂、致道齋、育英齋、三友軒、射亭、觀德堂及東西號房二十二。”
到了清咸豐三年，小刀會佔領文廟，清軍在攻打小刀會的過程中，上海文廟被毀。清咸豐三年八月五日，上海知縣袁祖德率文武官員和地方士紳在文廟舉行秋日丁祭，劉麗川帶領小刀會化妝後從東門進入，上海文廟管理處所撰之文中寫道：“清咸豐三年（1853年），小刀會舉事就是在文廟開始的。時值農曆八月初五（公曆9月7日）正式祭祀孔子的秋日‘丁祭’。上海縣官袁祖德率領同僚在文廟舉行隆重的祭孔儀式時，小刀會起義軍喬裝打扮混入文廟乘機舉事，縣官袁祖德道臺不服起義軍，被斬首示眾。起義軍衝出文廟，一舉攻佔了整個上海縣城。起義軍首領劉麗川便以文廟明倫堂為指揮部，以文廟魁星閣為義軍的瞭望塔，組織和領導義軍鬥爭，多次打敗清兵的反撲，堅持佔領縣城達十七個月之久。”
魁星閣前的景緻
關於當時的情形，曹晟在其所撰《癸丑八月初五上丁助祭文廟警即事》一詩中描繪道：“整肅冠夜四更，妖言轉笑昨宵輕。出門惟訝街無柝，入廟已知殿列牲。三獻將行諸事集，一言告警眾人驚。可憐與祭諸君子，雲散風流次第行。”
小刀會佔領文廟後，就將這裡作為大本營，黃本銓所撰《梟林小史》中稱：“初，劉賊偽轅在敬業書院，既而遷明倫堂，常登文星閣，瞰城外，遂拆大成殿以廣其居。”看來劉麗川將大成殿給拆毀了。咸豐五年元旦，清軍收復上海時，其炮火要毀掉了大部分文廟建築。上海市地方誌辦公室編著的《上海名建築志》中寫道：“清咸豐年間，劉麗川在上海地方官員聚集文廟祭祀孔子之際發動起義。起義軍頭包紅巾從北門和小東門勝利地攻入上海縣城，殺知縣袁祖德，擒道臺吳健彰。清咸豐三年，即1853年，小刀會佔領上海縣城，將學宮作為指揮部。咸豐四年，文廟被清軍炮火擊毀。咸豐五年小刀會突圍出城，學宮為入城之清兵焚燬。”
魁星閣對面的古建
平亂之後的文廟殘破不堪，轉年上海當地官員想搞丁祭時，發現文廟內的各種祭器全部丟失，曹晟在《紅亂紀事草》中講述道：“文廟前為賊窟，克復後又遭回祿，地既汙穢，殿亦無存，議葺書院權奉祀事，尊彝鼎豆一器無存。”
但更為倒黴的是，原本已經破敗的文廟又遭受了火災，《上海文廟》一文稱：“清咸豐三年（1853），上海小刀會起義，文廟作為義軍的指揮部，成為聯軍攻擊目標而毀。當年上海縣即集資在原址重建，但開工後，立柱遇火燒燬而被迫停工。咸豐五年（1855）再次動工興建，又遭回祿之災。人們議論紛紛，以為這是觸犯火神，不宜在此復建。後由上海士紳劉樞、李鍾瀚提議選在西門內原右提標營駐地重建，佔地十七畝有餘，耗時一年零一個月；建有大成殿、魁星閣等建築。”
因為兩次火災之故，使得人們迷信了起來，於是有人提議異地重建，恰好上海西門內有明代海防道署廢基，於是新的文廟就建造在此處。自此之後，直到今日，上海文廟地點未再改變。
異地重建的文廟從咸豐五年七月開工，一年後建成，新的文廟佔地28畝，關於新建文廟的狀況，同治版《上海縣誌》有如下描繪：“前為欞星門，進為大成門，又進為大成殿，後為崇聖祠。大成門左右為名宦祠、鄉賢祠，欞星門左右為興賢坊、育才坊。南為宮牆、璧水。學門在其左，學門之內為儀門，儀門之內為明倫堂，堂後為尊經閣，堂東隔河為儒學、署學，土地祠、灑掃局、庖湢鹹具。儀門之左為忠義、孝悌祠，右為齋房，四周繚以垣。”
遠眺魁星閣
但遺憾的是，上海新文廟剛剛建成僅幾年，就又發生了戰亂，咸豐十年，太平軍進逼上海縣，上海縣官員感覺難以抵抗太平軍的進攻，於是邀請英國和法國士兵入城內協防，這些士兵駐紮在文廟之內，為此管理文廟者將神牌等暫時移到了關帝廟。
同治三年六月，英法部隊撤離文廟，但文廟內的設施大多被毀。道臺丁日昌看到文廟被損情況後頗為痛心，他認為這些洋兵因為不懂得中國傳統，所以毀壞文廟內的物品不足為怪，但是本土官員面對文廟的殘破情況，難道不覺得羞愧嗎：“西人不識學之為學，固不足怪。司茲土者，能無恧乎？”（《同治六年三月蘇松太道應寶時重修上海縣學記》）於是倡捐修葺文廟。同治五年，道臺應寶時又將文廟進行全面整修，同時添置了祭器。上海文廟又恢復了舊觀。
關於上海文廟在民國年間的狀況，張國鵬所撰碩士論文《政權與信仰變革下的民國文廟——以上海文廟為考察中心（1911-1934）》所論最為詳盡，故以下引文大多轉錄自該論文。
到清末時期，文廟依然是官員士紳心中的聖地，光緒二十年三月十七日的《申報》中刊發了《丁祭志盛》一文，從此文可窺得當時文廟祭祀之盛況：
昨日為文廟丁祭之期，屆時關道憲聶仲芳觀察，率同松海防劉乙笙司馬、上海縣黃愛棠大令、學師宣琴山廣文、水利廳林少尹、東廳呂二尹、捕廳蔡少尉、提右營廖楚材參戎、城守營程厚庵守戎等，以及佾舞諸生，莫不整肅衣冠，恪恭將事。於五鼓時恭詣西門內大成殿，隨班行禮，次及兩廡先賢前。陳太牢之供，舉釋菜之典。時則鼎彝悉備，管龠具陳。舞則按部就班，樂則和聲依詠。旁觀者甚形擁擠，莫不歎為觀止。歷二點鐘之久，然後由讀祝者宣讀祝文，禮始告成。各官鹹入側室小憩片時，隨分道鳴騶而返，時則旭日一輪已照遍大千世界矣。
以上敘述的是當地官員搞丁祭時的情形，而上海文廟內的鄉賢祠能夠列牌其中，也是極榮耀之事。1911年6月20日《申報》刊發了《曹一士入祀鄉賢志盛》的報道：“是晨九時，由曹氏宗祠起行。有西城學堂及貧民學堂職員學生列隊恭送，曹氏族人或公服或常服衣冠，步送儀仗甚盛。所過之處，曹氏族人及邑紳多設香案致敬。抵文廟時，本邑士紳衣冠恭候。至明倫堂社學師行禮畢，即奉牌位至大成殿階下行謁聖禮，復奉至大成門側鄉賢祠安供。田邑尊、社學師先行致祭，紳士族人等依次行禮而退。西城學堂職員學生復迎曹公遺像至學堂公祭。”
這些描繪都可看出文廟在世人中有著何等高的地位，但是隨著政權更迭，傳統觀念受到了衝擊，辛亥革命使得上海文廟照例舉行的丁祭出現了小刀會事件後的首次中斷。1912年7月10日，教育部召開了全國臨時教育會議，會議議決學校不再祭拜孔子議案，張國鵬在論文中寫道：“社會偶像由儒家的先賢轉向了革命的先烈，在其後於7月31日教育部規定的小學科目表中已廢止了讀經，並由內務部通令各省，將舊有用於文廟祭祀的各府廳州縣學田予以清查，以專充縣屬小學經費之用。”
這個議決對於上海文廟的影響，姚明輝在《廢孔教育之大危》中寫道：“明輝置身教育，於今十載……而不見孔子學校則自去年始，不與學生拜孔子，亦自去年始。去年何年？孔子誕生兩千四百六十三年，即中華元年也。教育者相與謀，不奉孔，不拜孔。”1913年10月24日《申報》刊發的《修葺孔廟議案》一文寫到了當時上海孔廟的狀況：“光復之初，頗遭蹂躪，至以黌舍為駐兵之地，泮水為飲馬之池。喪亂降之自天，斯文因而掃地。今則荊棘弗剪，榛莽塞途。”
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