元末明初，因水患兵燹，商丘人口驟減，由府治降為州治，稱歸德州。
據明·嘉靖《歸德志》記載，歸德州衙始建於後周時期，是在原睢陽縣衙的舊址上修建的。南宋建炎元年（1127年）重修，毀於元朝。明洪武二年（1369年）知州劉定延再修；洪武六年知州叚嗣輝增置了官吏宅和譙樓，規模宏大。明弘治十五年（1502年）毀於水患，明正德元年（1506年）劉信重修，位於古城東門內，即今中山東二街北側。
歸德州衙，坐北朝南，內設大堂，名曰牧愛堂，牧愛堂與州門（即大門）之間有義門，門下有仁政、馬政二碑；義門兩側各有一個角門，義門內堂前甬道上有戒石亭，戒石亭兩側分佈六房，東為吏戶禮辦公房，西為兵刑工辦公房；大堂後廳東側為長府，後廳西側為抄案房；大堂東由北向南分別是吏目宅、管河判官宅、馬房，大堂西為吏廨房、監獄；大堂北邊，州衙最裡邊是知州宅，宅東是同知宅，宅西是判官宅。
由於明初國家實施了一系列促進經濟社會發展的優惠政策，比如從外地移民、設置軍衛等，商丘的人口數量大增，社會穩定，經濟發展，清·康熙十九年《歸德府志》記載，明嘉靖二十四年（1545年）歸德由州升府，府衙是在州衙的基礎上改建而成。
知府蔡汝楠以州署改建，比原來的規模有所擴大。大堂名曰保民堂，堂東是經歷司，堂西是照磨所，後為後堂。東有恆積庫，前列是戒石亭、六房、儀門、左右門。左門東邊是架閣庫，後堂北為知府宅，東為同知宅。順治十六年職缺被裁，同知宅被廢棄。西為通判宅，東南為推官宅。經歷宅、知事宅在大堂的東側。照磨宅、檢校宅在大堂的西側。知事宅和檢校宅後被裁去。儀門東南為土神祠，西南為司獄司。前譙樓樹坊門上題字“承流宣化”，樹坊前還有一坊，題字“中州重鎮”。
歸德府，轄一州八縣，即睢州、永城、夏邑、虞城、鹿邑、柘城、寧陵、考城和商丘縣。
清朝時期，歸德府衙基本保持明朝的規模，沒有大的變化。國民政府時期，開始對府衙進行改建，被改建成了縣政府。歸德府衙殘存的殘垣斷壁，在1952年之前被拆除。在新中國成立之後，曾被改建為大禮堂。後來，成為商丘縣人民政府、商丘縣人大常委會和商丘縣公安局等單位的辦公用地。
如今，古城建設者們正在原址恢復重建歸德府衙，我們期待著商丘古城這一標誌性建築儘早與遊客見面。
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