清德宗（愛新覺羅·載湉）光緒二十六年（公元1900年，農曆庚子年），義和拳之亂爆發，清廷欲利用民間力量打擊外洋，結果，引發各國聯軍入侵，慈禧太后（葉赫那拉氏）率光緒帝倉皇出逃到西安。
光緒二十七年七月二十五日（公元1901年9月7日），清廷與英（大不列顛與愛爾蘭聯合王國）、美（美利堅合眾國）、法（法蘭西第三共和國）、德（德意志帝國）、俄（俄羅斯帝國）、日（日本帝國）意（意大利王國）、奧（奧匈帝國）、西（西班牙王國）、荷（尼德蘭王國）、比（比利時王國）十一國在京師簽訂近代賠款數目最龐大、主權喪失最嚴重的不平等條約——《辛丑條約》。
《辛丑條約》中，清廷必須承擔的結果主要有：
1、賠款價息合計9.8億兩白銀（詳情為賠償4.5億兩白銀，分39年還清，本息共計約9.8億兩）；
2、在京師劃定特定區域為使館界，允許各國駐兵保護，不準中國人在界內居住；
3、保證嚴厲懲處對外國人不利的民眾和官員；
4、拆毀天津大沽口到京師沿線設防的炮臺，允許列強各國派駐兵駐紮京師到山海關鐵路沿線要地。
《辛丑條約》的簽訂，以及這一時期一系列事件的發生，對清廷的打擊很大。
兩宮迴鑾之後，就連清廷的保守派都主動要求進行改革。
光緒二十七年（公元1901年），在慈禧太后的默許下，清廷開始改革。
其時，改革內容多與光緒二十四年（公元1898年）戊戌變法的內容相似，但是，從改革的力度與程度上來看，又比戊戌變法更廣更深。
此番改革，僅就統治機構方面來看，其要點如下：
光緒二十七年（公元1901年），撤銷總理各國事務衙門，改設外務部，“班列六部之首”。
光緒二十九年（公元1903年），設商部。
光緒三十一年（公元1905年），設巡警部。
同年，設學部，裁國子監。
清廷改革的初心，當然是為了強化管理，鞏固統治。
可是，由於當時清廷積弊已深，改革在準備過程和具體實施中，都存在一些問題。結果，舊有各部依然存在、新設衙門開始運作，事權、職權多有不清晰、不明瞭的地方。於是，晚清的改革，就演成了新舊衙門之間的爭權互鬥。
下面，就依清人胡思敬《國聞備乘》卷三《新衙門爭權》一節為據，說說當時的情況。
按照清廷原來的制度，京官簽收錄取、進入各部的途徑，大約有四種：
一是進士，通過科舉考試入職；
二是拔貢，經地方推薦貢舉入職；
三是廕生，承襲餘蔭取得資格入職；
四是捐納，憑藉捐資納粟入職。
如果不是通過以上四種途徑，即便是樞機大臣，想要在京官中以其他手段安插一個人進去，一般情況下，也是辦不到的。
承襲前明舊制，再經過二百多年的發展，到晚清時期，清廷各部的事務處理流程和方式，已經完全程序化、格式化。故而，所有需要進行的事務、開展的工作，都有制度可以依循，都有舊例可以參照。
在具體事務處理時，各部的尚書、侍郎如果想按照自己的意志辦事而與成規舊例相違逆，那麼，其所在各部的部曹、郎官是完全可以引用慣例來與上司爭辯的。同樣的道理，部曹、郎官在處理具體事務時，如果想要按照自己的意志行事而有所輕重、有所偏倚時，胥吏引用舊例來請說，部曹郎官也是不能強辯的。
京師各部處理地方事務不妥當時，即使是該事件已經奏聞主政者並請旨，封疆大臣也可以援引成例，拒不接受，進行申辯。
以上為舊制。
自從總理各國事務衙門改為外務部、設立商部、設立巡警部、設立學部之後，便開始出現了混亂的局面。
類似以上新部設立之後，用人和行政都沒有成規往例可以參考。
這些新部，也就依著沒有規矩可循，任意行事。
各個新部在提取款項時，移文之中，抒寫所需的銀兩數目，動輒達數十百萬兩之巨；需要增加人員時，移文之中，指名奏調的人員數目，動輒至數十百人之多。
這種處事方式，打開了很多漏洞。
一些在其間奔走辦事的小吏，通過拉攏關係、投機鑽營，車馬喧闐於王公大臣的門下。然後，這些小吏投王公大臣之所好、向王公大臣之所趨，結果往往是，好一點，小吏可以升擢為新部丞參【清末改革官制，內閣各部除陸軍部與海軍部外，各部尚書、侍郎之下置左右丞掌機密文書，綜領部內事務，左右參議擬訂並審議有關法令。左右丞與左右參議統稱丞參。】；稍微差一點的，小吏也可以遞補為新部的郎官。
因為以上這些做法，在新設各部之中，都是開先河之舉，即使其間有很多的徇私徇情，其他官員也是沒有辦法引用成規舊例來對其進行駁責。
新設各部用人行政過程中，朝三暮四、此是彼非的狀況不少；通過語言相會碾軋、藉助權力相互傾覆的事件屢見；暗通關節後的收受賄賂有之，私相授受下的唯唯諾諾多有。
因為各部是新設，很多事情尚不明瞭，所以，也很難指斥其是在違規亂法。
新設各部之中，進入其間的那些官員，他們也是需要做事的。
既然要做事，那麼，官場上的惡習，在他們做事的過程中，一樣也不會少。就其外部而言，他們會以新部的名義去擾亂地方郡縣；就其內部來說，他們當然也要攫取權力，與京師舊有六部相爭。
廢止科舉，建立學堂，這些事情，原本是禮部管理的，這個時候，權力被新設的學部瓜分去了。
裁撤綠營，訓練巡警，設立巡警署，其長官為四品廳丞，並掌管京師的刑名。此時的廳丞，權位與古代的廷尉一般。這樣一來，原本屬於兵部、刑部的權力，就被新設的巡警部瓜分去了。
關卡釐稅在戶部每年的收入中，佔去了一大半。商部設立之後，認為這事屬其管轄，所以，戶部必須向其稟知。這樣，戶部的權力就被商部瓜分去了。
庚子之變中，外官當中，有很多人因為所謂的保護教堂不力，被彈劾罷官。後來，這些人慢慢又被吏部開復。外務部認為，這些官員的事情，曾經牽涉到外國人，所以，應當照會使館，能不能開復他們，必須由外務部說了算。這又是外務部在與吏部瓜分權力。
光緒三十二年（公元1906年）改大理寺為大理院之後，法部【光緒三十二年（公元1906年）由刑部改稱。】就變成無事可做的閒衙門了。為了分爭權限，大理院與法部諮會往來之間，往往形同水火。
新舊各部權力瓜分時，清廷支離破碎的現象已經外露了。
到後來，巡警部又改成了民政部。
這個民政部，簡直就是無所不能、無所不管。它可以自己署置官僚、如同吏部一般；它可以自己創辦鋪捐、車捐等，如同戶部一般；它可以自己訓練警兵，如同兵部一般；它可以自己開設學堂，如同學部一般；它可以把持訟獄，如同刑部一般；它可以整治街道、開闢馬路，如同工部一般。不過，它所做的，很多也都是地方官衙該做事。自古以來，各有職分，從來就沒有過如此這般，尚書親自插手民事的。
（全文結束）
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