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回答樓主問題：
不知道樓主的的身份是高中生報考選擇學校，還是本科生考研選擇學校，還是研究生考博選擇學校，還是博士或博士後畢業選擇就業單位。
高考報志願如果樓主想選南大和復旦，就說明樓主的分數已經很高了。這兩所學校都是國內雙一流，985重點高校，都是名校。這時候做決策就要看樓主是考慮專業，還是考慮地域。如果樓主所報專業兩所學校都有，那就看看兩所院校該專業的排名和就業情況，是不是重點學科。因為每個學校都有自己的雙一流學科，和一些重點學科。如果考慮地域，那就看樓主是喜歡南京還是上海。
本科生考研選擇學校。如果是這種情況，首先看報考專業兩所院校的實力情況，誰排在前邊。其次看招生人數，報錄比，複試比例，及往屆師兄師姐的考試反饋情況。再者，看看兩所院校該專業的導師情況。把上面這三點綜合考慮，然後作出選擇。
研究生考博，要看兩所院校的專業方向哪個更貼合樓主心意。重點看導師學術水平，博士培養相關文件，需要發多少篇文章能畢業，有沒有與國外聯合培養的政策等等，博士一般各高校自己訂考試時間，所以兩個學校都可以考一下。哪個考上了，去哪個。記著一點，能評上博導的業務水平都不會太差，這時候就要重點打聽其人品了。
博士畢業找工作。這個基本上考慮兩點。其一，給你的待遇怎麼樣。安家費，科研啟動基金，立項支持，過渡住房，解決配偶工作。其二，職位未來發展前景怎麼樣。多久可以晉級職稱，擔任導師，學校對本專業的扶持力度等。復旦和南大都是名校，但可能各自有不同的扶持學科，如果待遇都差不多，就看哪個學校的這個專業發展前景好，你就去哪個。如果只考慮待遇問題，那就簡單了，誰給的待遇好就去哪個。
祝樓主一切順利！
我要我要吃辣條
非得選的話，建議去復旦。兩所高校都是名頭響噹噹的，都是“985”、“211”上榜名校，排名上南京大學謙遜。兩所學校文理分科都非常強，工科稍弱。當你有實力上這兩所學校的時候，隨便選也是無所謂的。
我建議選擇復旦的理由如下:
名氣大，學科綜合實力更強
一個學校的名氣對學生就業的影響還是很大的，而復旦給大家的印象比南京大學深，南京大學偏低調些。
教育部學位與研究生教育發展中心公佈的全國第四輪學科評估結果顯示，在此次學科評估中，復旦大學共有38個學科參評。其獲批A類（A+、A、A-）學科23個，佔參評學科數60.5%。南京大學獲批A類的學科是21個。復旦A+和A類學科數量上都領先南京大學。
復旦有更好的區位優勢
南京和上海一對比，肯定是上海優勢多，不但經濟發達，而且名校匯聚，在這座城市讀大學，學生能夠有更多的機會去各所名牌大學聽課，聽講座，拓寬見識。
在上海能更早也更多的接觸新的經濟、科技、思想等社會元素的變化，緊跟時代潮流，開闊眼界。在這裡，你有更多的機會獲得你想要想要的。就拿實習來說吧，上海雲集了眾多世界500強企業，而這些企業偏好本地的學生來實習，復旦這種名牌大學，更是炙手可熱。
機會把握在自己手中，最後的決定權還是得看當事人。如果你有什麼想說的，請下方留言評論。
青藝影娛
下面先對兩所院校的最優勢學科瞭解一下：
復旦大學
復旦大學，位於直轄市上海市。是中央直屬副部級高校，是教育部直屬重點大學，是211工程、985工程大學，是雙一流A類高校，C9聯盟成員之一。
復旦大學，在教育部第四輪學科評估中，最高評級為A+級，哲學、理論經濟學、政治學、中國史、數學。
南京大學
南京大學，位於江蘇省南京市。是教育部直屬重點大學，是211工程、985工程，雙一流A類高校。
南京大學，在教育部第四輪學科評估中，最高評級為A 級，天文學、地質學、圖書情報與檔案管理。
點評：
一、教育部第四輪學科評估中，對每個參評學科分成三檔九級，即A、B、C三擋，九級由高到低為A+、A、A-，B+、B、B-，C+、C、C-。
二、復旦大學和南京大學都是211、985、雙一流A類高校。
三、在教育部第四輪學科評估中，復旦大學最高評級為A+級，哲學、理論經濟學、政治學、中國史、數學；南京大學最高評級為A+級，天文學、地質學、圖書情報與檔案管理。
筆者建議：如果考生是理科生數學基礎較好，想學數學或經濟學類專業的話就選擇復旦大學；如果考生是文科生，對哲學、政治學或者是歷史類專業感興趣的話就選擇復旦大學。
如果考生是理科生，對天文學、地質學類專業感興趣的話，就選擇南京大學；如果考生是文科生，對圖書情報與檔案管理專業感興趣的話，就選擇南京大學。
LaoHuang188
前幾天發了一個評論，說南大與廈門大學的，認可了廈大，結果被噴，這次我學精了，南京大學第一。
你我他說誰
清北華五！中國大陸最無爭議的前七所大學。
凌波微步158082052
當然復旦。上海和南京怎麼比？而且國家現在大力支持蘇州，南京地位尷尬
子非魚91421642
復旦和南京大學二選一，其實並不好選，因為二者無論歷史、名氣，還是實力、口碑，甚至就連所處區域都十分接近，可謂伯仲之間，難以取捨。
如果真要在二者之間做出選擇的話，那麼建議將專業因素放在首位，看孩子最想上的專業是什麼，然後根據兩校這一專業的排名情況做出選擇。如果專業差不多，再將未來發展因素納入考慮範圍，建議選擇地處上海、發展空間更大的復旦大學。
如果實在不想動腦子，那就抓鬮解決，因為無論抓到那個，你的孩子都得是高考學生中的前千分之一的存在，是學霸中的學霸，你就偷著樂吧！
風雨無阻的陪伴
華五的五所高校，去哪個都可以，沒太大差別，各有千秋，看自己喜好，至於南京和上海的區位優勢，上海優勢比南京好是公認的，但如果你只考慮本科就畢業的話，大概率不會留在上海，如果要考研考博的話，其實本科上這五所高校哪個都沒影響，他們之間是有錄取優惠的
走向復興
大等級上都是雙一流、211、985大學，主要看專業！
- 南京大學、復旦大學的考研升造率都很高
- 主要看專業！
- 計科選南大，建築、土木選同濟、東南大學不虧！
- 電子科學與技術，復旦強！
- 工科的環科，軟工南京大學強
- 醫學類，復旦強很多！
天佑中華紫氣東來
我選復旦大學，地理位置嗆眼，座落在魔都上海，學科也強勢，尤其是證卷，全國金融領頭羊，我選復旦大學。
