“孜珠”是藏音直譯，意為六山峰頂，宗教上象徵著六度波羅蜜。據稱孜珠寺是由藏王穆赤贊布創建，到活佛羅丹念布時代，孜珠寺進行過一次擴建，並刻印經書、塑造佛像，孜珠寺初具規模。
進入喇嘛嘎旺朗加時代，該寺的顯密學經體系進一步規範化、制度化，使得孜珠寺的學經體系上了一個臺階。 在歷代孜珠寺活佛和大師們的艱辛創業下，孜珠寺從建築規模、僧人數量、學經體系和跳神風格等方面，都對昌都地區後來的宗教發展產生了重要影響。特別是當佛教在藏區大部分地區佔了統治地位之後，苯教在以孜珠寺為中心的地區生存了下來，這使得孜珠寺在苯教寺廟中享有極高的聲譽。
直到現在這個地區的大部分居民仍信奉苯教，孜珠寺也成為苯教文化的特殊聖地。
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