兩方面原因。
第一，交通不便。
在古代很長一段時間，中原人都以為福建是個島，原因就是古代福建人去中原，大多是搭船前往。中原人見得多了，就以為福建與中原是沒有陸路相連的。
雖然後來中原人意識到福建是島的概念是錯誤認識，但中原人同時也意識到，走陸路去到福建，相當之麻煩。
從春秋到秦初，北方政權的大軍在福建的武夷山西側多次發動試探性攻擊，但總是找不到能走大部隊的大道。
比如當時的楚國，勢力範圍都已經滲透進了雲南，但對離自己統治核心區域距離更近的福建就是滲透不進去。
秦始皇統一中國後，憑藉強大威的懾力，逼迫閩越和東越臣服，並且在福建地區設立了閩中郡。但秦朝對閩中郡的統治政策並不是像治理南越（兩廣）那樣指派郡守、縣令管理，而是實行羈縻之策，即委任當地土著首領管理，讓他們各管各的地盤。
也就是說，福建在中國統一後，仍然是一個相對獨立的王國——名為郡，實際仍是一方諸侯。
漢代後，尤其是中國經濟重心南移後，中原王朝對福建的管理越來越加強，福建半獨立王國地位漸漸消失，也變成了中央管理，但交通不便仍然是一個大問題。
當時除了走海路，福建陸路基本不通。即便打通了幾條閩道，也是如蜀道一樣，運輸很是不方便，還不如走海路。
李白曾說“蜀道難，難於上青天”，他是沒到過福建。他如果走過閩道，估計也會說“閩道難，難於上青天”。
新中國建立之前，福建除了曇花一現的漳廈鐵路外，沒有與外界相連的鐵路，這在沿海省份中，是獨一份。一直到1957年，建成通車了鷹廈鐵路及隨後的外福鐵路後，福建才結束了不通鐵路的歷史。
其實我們看一下沿海各省通鐵路（與外界相連的鐵路）的時間，就可以發現福建進出不便的現象，自古以來就存在。
而交通不便，這讓中原統治者對福建這塊區域如何提的起興趣？
第二，戰略上不划算。
福建七山二水一田，平原地形很少，而且平坦地區都集中在沿海一線。也就是閩江入海口的福州-馬尾地區；晉江入海口的泉州-晉江地區；九龍江入海口的廈門-漳州地區。
雖說福建有十分之一區域是耕地，但這些區域的缺點是都沒有縱深，沒有上游腹地。不可能形成珠三角，長三角那種大集散地。離開了沿海，福建內陸全部都是山區，路也是難走的轉山路，經濟帶小。
古代海運不發達，而且重農輕商，福建的農耕潛力小，部分重農抑商的朝代自然是看不上眼。當然南宋、元朝重視商業，福建曾有一段時間很風光，被統治者看重。但到了明朝，又恢復重農抑商政策後，福建就又被統治者忽視了。
值得一提的是，其實不止福建，廣東省的東北部，浙江省的南部，江西省的東南部，自古也都是不爭之地。這些區域多山少田，不盛產糧食，也缺乏自然資源，中原王朝對這些區域的重視程度都不高。通常來說，中原統治者佔領幾塊經濟價值較高的區塊後，就不會往深山腹地繼續延伸勢力了。這也是這些地區會形成客家人聚集區的原因。
（侵華日軍當年也避開了這些區域）
也就是說，古代統治福建最理想的方式，就是控制住沿海的幾塊沖積平原即可，餘下的內陸丘陵既無法左右戰局，又缺乏能戰略價值。把統治秩序交給當地族長管理即可，這屬於有意忽略，符合情理。
另外福建自古民風彪悍，閩人平日和善，但逼急了還真惹不起。當年侵華日軍想攻佔閩北要地南平，但剛進入閩北山區就被當地老百姓自發組成的民兵第十師打蒙了圈。所以民風這方面，也是歷代中原王朝不想在福建投入過多精力的原因之一
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