Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟件分享

Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟件分享

/ 利刃君

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劍橋結構數據庫系統(The Cambridge Structural Database System,簡寫為CSDS)是基於X光和中子衍射實驗唯一的小分子及金屬有機分子晶體的結構數據庫,收錄了全世界範圍內所有已認可的有機及金屬有機化合物的晶體結構。

利刃君這裡為大家分享Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟件,資源可由文末獲取。

劍橋結構數據庫

劍橋結構數據庫(CSD)包含所有已出版的有機和金屬有機小分子晶體結構的完整記錄。該數據庫已經運行了50多年,並且仍然是跨學科共享結構化學數據和知識的主要手段。除了公開支持科學文章的結構外,它還包括許多直接作為CSD Communications發佈的結構。

CSD通過Cambridge Structural Database System 平臺提供服務,包括功能完整的應用軟件,不僅具有數十種查詢化合物的方法,還提供了分子結構信息統計方法和三維圖像演示方法,以幫助研究人員尋找、觀察、分析和總結有關的化合物信息。


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數據庫中的每一條信息都包括:

1、三維結構數據:原子座標、晶胞參數、空間群、結構精密度指標、溫度與壓力條件、無序分佈細節

2、二維結構圖:原子和鍵的性質與關聯

3、化學式和化合物名稱,多肽化合物的氨基酸序列

4、完整的文獻資料,其中部分直接與電子版文獻連接

5、交叉引用立體異構體及有關重新解釋和確認的詳情

6、其它已發表的與該分子有關的信息:化合物來源、結晶條件、結對構型的確定實驗、多晶型現象(同質多像)及生物活性。

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在進入數據庫之前,所有結構都需要通過計算和專家結構化學編輯器進行處理。該過程的關鍵部分是所研究結構的化學特性與實驗數據的可靠關聯。這一重要步驟有助於確保數據可廣泛發現並易於重用。該數據庫不斷收錄最新發表的數據信息,並以年9%的增長率不斷更新。

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通過選擇性地包含其他實驗數據,可以進一步豐富內容。任何人都可以通過免費的CSD社區Web服務獲得條目。由CCDC開發和維護的鏈接服務與標準標識符的使用相結合,有助於從其他資源中進行發現。還可以通過CCDC和第三方軟件應用程序以及應用程序編程接口來訪問數據。

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CSDS 軟件分為基本軟件系統和圖形軟件系統。它不僅具有數十種查詢化合物的方法,還提供了分子結構信息統計方法和三維圖像演示方法,以幫助研究人員尋找、觀察、分析和總結有關的化合物信息。

基本軟件系統和功能

QUSET 一維和二維信息查詢;

GSTAT多功能三維搜索和幾何計算;

PLUTO 把分子晶體結構及它的環境以三維方式顯示出來。

圖形軟件系統和功能

QUEST3D 交互式的一維、二維和三維信息查詢程序;

PREQUEST 幫助檢查結構及創建用戶自己的用於QUEST查詢的數據庫;

VISTA 對得到的數據進行統計分析。

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以上是CambridgeStructural Database晶體結構數據庫及軟件的的一個簡單介紹,更多詳細內容可查看以下文獻了解:

Groom C R, Bruno I J,Lightfoot M P, et al. The Cambridge structural database[J]. ActaCrystallographica Section B: Structural Science, Crystal Engineering andMaterials, 2016, 72(2): 171-179.

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CCDC是一個非盈利的科研組織,它的大部分經費來源於各種資助,由出租CSDS收回的資金僅佔全部費用的一小部分。它出租的對象分為非盈利的科研組織和盈利的商業組織。對這兩種組織收取的租費是不一樣的。CCDC要求非盈利的科研組織在使用CSDS時不能有任何形式的商業行為。

CCDC要求所有使用CSD的研究人員在發表文章時必須引用文獻:

3D Search and Research Using the CambridgeStructural Database, Allen, F.H. and Kennard, O. Chemical Design AutomationNews, 8 (1), pp 1 & 31-37, 1993.


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