平安是福
您的問題描述很詳細，小編曾詳細地介紹過新高考改革規則，希望這裡的回答能解答您的困惑。根據您的描述，您所在的省份採用的是3+3自選模式。
這種模式最大的特點有兩個：
第一，一共會有20個科目組合；第二，這“物化生史地政”六門科採用的是等級賦分制。
具體的什麼是3+3，小編就不重複解釋了，您可以移步小編主頁查找相關文章。這裡重點回答您問題描述中的問題。
答案：是您所列舉的第一種情況。即是這20種科目組合將合併在一起進行錄取，並不會以科目組合的不同而分開錄取。
也就是說，高考成績將由三門必考的原始分+三門選考的賦分組成，並以此為高考總成績，進行排名（次位），按照排名高低進行錄取。
至於您所擔心的科目難度問題是確實存在的，從浙江新高考執行三年以來，就很明確地說明了難度決定了考生的選科趨向，而人數又會影響了單科科目的賦分成績。
因此，很多人在批鬥新高考改革的賦分制度不公平。儘管這樣的“不公”並非賦分制所致，可畢竟問題是現實存在的，所以可以理解——但是，這裡有一個不得不提的問題：大家都只看到難度和賦分成績，卻忽略了用它們換取而來的專業覆蓋率。
目前，許多不瞭解新高考錄取規則的考生和家長，依然持有傳統高考的錄取觀點：“我都上不了一本線，還要什麼專業，分數才是關鍵！”
關於這樣的絕對錯誤的認知和言論，小編已經解釋了無數回了，這裡用另外種方式給讀者說明清楚：
第一，為適應新高考改革，全國已經撤銷二三本了，不會存在上不了一本線的好學校一說。新高考的“第一段線”的作用，不是區分學校優劣用的，而是為區別考生排名層次用的，第一段即為排名位於最前層次的考生們，第二段第三段同樣的是針對考生排名而言的。
第二，新高考的錄取模式改用“專業+學校”的方式，很多人認為這個和傳統高考的“學校+專業”一模一樣。新高考只看專業，不看學校，後面的“學校”一欄，只是為了確定相同名稱的專業來自不同學校，以確定專業代碼。
第三，關於新高考的錄取原則，這是與傳統高考最大的區別——不再只是看分數，很多人不相信這一點。新高考的錄取是以“分數+科目選擇”的雙重標準，這是變相的把科目組合分開錄取的一種方式（儘管不是很徹底，但由於專業的選科要求，讓這種唯分數論已經站不住腳了）。
選科是自己選的，學習是給自己學的，如果家長們還持有以分數為唯一標準的觀點去選科和填報志願，定會讓孩子吃大虧。
玖抒教育
首先需要說明的是，我並不是浙江、江蘇、上海等已經實施新高考政策省市的考生或家長，但是我和題主有相同的疑問個思考！
題主說的問題是客觀存在的，現行高考模式下，分文理科按照分數從高到低列即可知全省考生的排位情況，列出一分一段表。分數相同時，又根據固定的科目權重進行比較，很容易實現公平公正。而且可以為志願填報提供極大參考。
按照新高考政策，6選3出現了20種不同組合，是保留文理科大類還是分20種組合分別排列？若保留文理科大類，不同選科組合帶來的最終分數其實不好比較。若分20種組合分別排列，這對院校的錄取和考生的填報都會形成新的挑戰！
實踐中，浙江、上海已經取消了文理分科，不分科目組合按照最終成績排序。這樣一來造成的後果就是避難就易，物理棄選率高達67%以上！個人認為，這樣並不合理也不利於國民素質提高——人人都為了考高分進行功利性的選科，學習難度大的理科肯定選得少。
這應該也是11個省市原定於今年啟動的新高考“按兵不動”的原因之一。高考改革是高考進步的必要之舉，只是目前還有許多細節不完善。心疼改革區考生家長一秒鐘。
期待高考政策早日得到完善和改進。歡迎留言交流和批評指正！
高考錦囊
題主的問題描述，概括起來有三點。
1、新高考的成績怎樣計算？
2、新高考的成績計算方式，如何保證學生之間的公平競爭？
3、既然採用的是新的高考計分方式，那麼往年的錄取數據（位次排名、成績）還有沒有參考價值？
第一個問題，新高考成績採用的是等級賦分制。
所謂等級賦分制，顧名思義就是先把學生的原始成績按照從高到低進行排序，然後對不同的等級賦予相應的分數。
等級賦分制的本質是，根據學生的相對成績，來計算最終的成績。
對於成績劃分等級，在國外的大學之中比較常見。比如一般會將學生的成績劃分為A+/A-/A/B+/B等等級。
新高考的高考成績，就是語數外的原始成績加上三門選考科目的等級賦分成績。
舉個例子，你在高考中選考了化學，在所有選考化學的考生之中，你的成績排名是前百分之三，那麼你的高考成績就在91分---100分這個區間，然後，按照具體的名次等比例的折算成具體的成績。
以中國教育在線的一張圖為例，說下成績是怎麼轉化的。
比如小華的高考原始成績是61分，該成績對應的排名區間是上圖中的C+這個區間，根據開始設定的成績這個成績對應的轉化成績區間是【61---70】。
然後假定在這個區間上學生成績遵循簡單的線性分佈，也就是簡單的一元一次函數。
在具體的計算過程中，採用到數學上的內插法（又稱插值法）。
計算如下：
其中假設小華轉化以後的成績為x，式子中的69分代表處在C+這個區間的原始成績的對於的最高，而58代表處在C+這個區間考生成績的最低分，等式的右側70是C+這個區間對應的轉化分的最高分,61是該區間轉化分數的最低分。【注：61分是該考生的原始成績】
通過計算就可以得到考生該科目的轉化成績。
當然，不同的省份轉化成績的標準可能會有所不同，比如海南省高考成績是先設定第一名成績是滿分900分，然後按照對應的等級和排名進行轉化。
但是，不論採用哪種轉化標準，具體的計算過程和背後的原理都是一樣的。
第二個問題，等級賦分制等否保證學生之間的公平競爭呢？
新高考採用3+3的模式，考生從6門科目或者7分科目之中，選出不同的組合，會有20多種組合。不同的考試科目，學習的難度不同，因此也就是沒有太大的可比性。
而等級賦分制，剛好能避免這個問題，因為等級賦分制主要是根據學生的成績分佈，來確定學生的最終成績，這樣可以有效避免考試內容、考生形式等帶來的考生原始成績的差異。
在一些比較成熟的考試，比如SAT、GMAT等都採用的是等級賦分制。
當然等級賦分制，並不是沒有任何問題。
等級賦分面臨的最大的問題，就是考試成績的管理。比如，在剛過去的18年高考之中，河南有幾名考生懷疑自己的試卷被掉包，雖然最後被證明是考生自導自演的一場“鬧劇。但是，在調查結果還沒有公佈之前，有很多人覺得學生的試卷很有可能被掉包了。其實，這背後反映的是考生和家長對於高考組織和管理部門的極度不信任。
從河南、陝西出現多起冒名上大學事件，再到自主招生考試中考生、家長、輔導機構，甚至是高校招生作弊，讓很多人對高考的公平性產生懷疑。
而新高考考生看到的成績是轉化以後的成績，考生對於自己高考成績更難有合理的預判，如果對於成績的等級和轉化，沒有完善的管理和監督流程，可能會給一些人以可乘之機。
第三個問題，採用新高考以後，往年的錄取數據還有參考價值嗎？
新高考“成績為基礎，以就業為導向，以發展為目標”的原則，這一點和原來的高考“成績優先，遵循志願”還是有很大的不同。
說成大白話是，原來的高考不論是選擇學校還是專業成績都是主要的參考依據，而新高考更加註重學生的興趣和專業選擇。
採用新高考的省份，高校會提前發佈招生專業目錄和選考科目要求，如果高校的專業對於選考科目沒有要求，那麼考生就可以根據自己的成績狀況和興趣來選擇；如果高校的專業對於選考科目有要求，那麼如果想要報考這個專業，在選擇考試科目的時候就要考慮到高校的專業招生規定。
也就是說，新高考由於考生選考科目不同，高校對選考科目的要求也不同，實際上已無傳統意義上的名次號。
原來的平行志願是以院校為單位進行投檔，而新高考是專業類別為主要參考，所以對於往年的錄取數據不能盲目的對比。
對於往年的錄取數據，要結合其他渠道的數據來進行綜合的分析，進而判斷目標院校的綜合實力、報考熱度、專業實力等。
