故事從崑崙派何足道上少林開始。覺遠大師解救張君寶和郭襄，荒山之中，郭襄，張君寶，無色禪師夜聽覺遠大師頌九陽真經。
襄陽大戰後十三年，蒙古開始進攻南宋，襄陽城首當其衝，是年郭襄與郭破虜二十九歲，蒙古軍來勢洶洶，郭靖堅守襄陽。
黃藥師數年之前把秘籍送到黃蓉手上。楊過託人將玄鐵劍送至襄陽贈予郭襄，告知玄鐵劍為練劍神器，讓她好好修煉，終可名揚天下。
蒙古軍攻打襄陽時郭襄正在西川遊歷，元軍聲勢浩大，襄陽城危在旦夕，郭靖黃蓉把玄鐵劍分別鑄成倚天劍和屠龍刀，又將九陰真經與武穆遺書分別藏於刀劍之中，讓人埋在桃花島的洞內。黃蓉命人在武林之中傳播“寶刀屠龍，號令天下，倚天不出，誰與爭鋒”的口號。自王重陽華山論劍奪得九陰真經之後，江湖中已甚久無寶物出現，學武之人一定熱衷武藏，號令天下的寶物豈同泛泛。
襄陽城破，郭靖奮勇殺敵，終因寡不敵眾力竭而亡，黃蓉在郭靖身邊自殺。屠龍刀落入元軍手中。耶律齊學全了降龍十八掌，突圍成功。襄陽突圍之後，耶律齊感於年歲已增，南宋搖搖欲墜，樹立傳人，故傳下降龍十八掌。武修文與朱子柳之子逃往崑崙山，創立朱武連環莊。
郭襄聽聞襄陽戰事，從西川歸來，可惜襄陽城已破，父母殉國。郭襄悲痛交集，接著又在江湖上游歷了十一年。
何足道回西域後苦修武學，廣收門徒，光大崑崙派。
張君寶、郭襄、無色禪師三分九陽。郭襄四十歲在峨嵋出家，創立峨嵋派。張君寶在武當山修行十餘年，遍遊天下，後改名張三丰，六十歲時才開始收徒，創立武當派。無色禪師光大少林，少林成為當時武林第一大派。
襄陽大戰後數年，南宋滅亡。抗元運動此起彼伏，明教開始崛起。此時江湖上開始出現一批青年才俊，崆峒派創立七傷拳的木靈子，明教的陽頂天，百損道人（玄冥二老的師父），少林三渡。
郭襄五十八歲，張三丰五十五歲，陽頂天以大九天手打傷小昭的爺爺，二十餘年後，小昭的父親韓千葉赴光明頂報仇。
郭襄六十二歲，張三丰五十九歲，二十五歲的成昆收十歲的謝遜為徒。
郭襄六十三歲，張三丰六十歲在武當山收徒，十一歲的宋遠橋拜入門下。
郭襄六十五歲，張三丰六十三歲，新任明教教主陽頂天迎娶成昆師妹，為日後陽頂天失蹤埋下伏筆。
郭襄七十三歲圓寂，傳位與風凌師太，告訴其屠龍刀秘密並囑咐尋找屠龍刀。張三丰七十歲，聽聞百損道人死去，以為玄冥神掌失傳。
兩年後，張三丰七十二歲，二十三歲的謝遜出師，前往西域，受封明教護教法王，是為金毛獅王。同年，十歲的方姑娘拜入風陵師太門下，是為日後的滅絕師太。
張三丰七十六歲，五十餘歲的渡厄挑戰同樣五十餘歲的陽頂天，渡厄戰敗，被打瞎一隻眼。回少林閉關。
張三丰七十六歲，黛綺絲從波斯來到明教光明頂，受封紫衫龍王，韓千葉來光明頂找陽頂天，接著黛綺絲和韓千葉成婚，便是後來小昭的父母。
張三丰七十七歲，成昆與師妹在明教秘道約會，害死陽頂天。十五歲的滅絕被風凌師太決定立為新掌門，開始傳授峨嵋九陽功。
二十八歲的謝遜回到中原，成昆來訪，發生成昆師徒反目成仇事件。
張三丰八十歲，宋遠橋出師。謝遜遍訪名師，苦練三年武功，找成昆報仇不敵。殷天正在江南創立天鷹教。二十五歲的楊逍與峨嵋的孤鴻子比武，奪取倚天劍又扔下，氣死孤鴻子。倚天劍落入元朝官府中。十八歲的方姑娘心傷師兄之死，出家為尼，改名滅絕師太，開始仇恨明教。
張三丰八十一歲，謝遜奪取七傷拳拳譜。成昆拜空見為師，改名圓真。
張三丰八十五歲，謝遜偷襲打死空見神僧。範遙為尋陽頂天成為苦頭陀，進入汝陽王府。風陵師太去世，傳位於滅絕師太。並囑咐尋訪屠龍刀，告訴其中秘密，要其光大峨嵋。二十三歲的掌門滅絕師太開始尋訪楊逍下落，為師兄報仇，並於汝陽王府取回倚天劍。
張三丰八十八歲，丐幫幫主金銀掌史火龍因苦練降龍十八掌，內力不濟傷身，而攜妻遍訪深山尋找靈藥。
張三丰九十歲，倚天屠龍記故事開始。
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