天地生靈分為六界：人、神、仙、妖、魔、鬼。所有靈魂都在這六界間往來輪迴。
新仙界，魔尊重樓與神將飛蓬激烈決鬥。此前二人因兩界牴觸而多次交手，逐漸惺惺相惜。這一次戰鬥曠日持久，神魔之井沒有了守將，以致魔界入侵。神兵來捉拿飛蓬問罪，飛蓬因此分心，佩劍被打落人間，成為蜀山鎮妖劍…
千年之後，重樓在渝州的永安當內終於找到飛蓬的轉世景天。去蜀山鎖妖塔內強行取走被封印的魔劍，希望景天在擁有它後能夠再與自己一戰，而此舉也導致鎖妖塔頂坍塌，塔上封印被解除。
而此時的景天早已不是當年的飛蓬將軍，幾經轉世之後，成為永安當的一位夥計，執著於對古物的收藏，並幻想著能夠富甲天下。
一天深夜，唐家堡堡主孫女唐雪見為給爺爺修補一隻損壞的紫砂壺而闖入景天的住處，因此與景天邂逅。景天為雪見修好了壺，也從此對雪見暗生情愫。地震來襲，景天不慎觸碰了雪見身上帶的毒蒺藜。為了解毒，二人約唐家堡外竹林相見。而景天到唐家堡時卻驚聞雪見已被逐出唐門。無奈之下回到永安當，遇到重樓。故人重逢，重樓感慨昔日飛蓬竟然淪落至此並將魔劍交給了景天。卻不知魔劍裡藏有古姜國公主龍葵的劍靈，劍靈顯聖，景天害怕而逃出永安當，竹林與從唐家堡攜五毒獸花楹出逃的雪見相遇。魔劍依然緊隨景天不離。
景天與雪見相約同行，大渡口兩人遭到大批霹靂堂弟子圍攻，危機時刻蜀山派棄徒徐長卿與其未婚妻苗女紫萱趕到將二人救下。
原來，鎖妖塔頂坍塌時，正值紫萱設計協助狼妖赤炎逃出鎖妖塔，以此達到讓徐長卿愛上自己的目的長卿在與赤炎交手時中了火毒，紫萱在為長卿解毒時被蜀山掌門清微誤解，長卿因此被逐出門牆。一旁窺視的重樓從此對人界的情愛充溢了好奇，開始了對紫萱的好感。這一次正是長卿與紫萱在前往蓬萊的路上，希望蓬萊掌門商風子出面解釋此事。之後長卿獨回蜀山。此處劇情與《仙劍奇俠傳三外傳·問情篇》密切相關）
蓬萊派，由邪劍仙變化的清微正在作亂，被紫萱識破。那是蜀山五位長老將自己的邪念封入鎖妖塔，以達到功力大增的目的不想邪念修成一體，成為了邪劍仙，於鎖妖塔混亂之際逃出，此刻邪劍仙化作清微道長，欲從商風子口中探知八十年前五長老的舊事。邪劍仙對紫萱下手，重樓出現救下了紫萱，趕走了邪劍仙。為阻止邪劍仙迷惑長卿，紫萱獨自前往蜀山，路上被霹靂堂堂主羅如烈捉走。
雪見回到唐家堡看爺爺，卻驚聞自己非唐家骨肉。更為驚訝的唐家有人與霹靂堂裡應外合，用爺爺的屍身煉毒。雪見氣苦而離開，景天找不到雪見，渝州城隍廟獨自過夜，遇龍葵鬼魂從魔劍中化出。原來早在春秋時代，姜國在與楊國的交戰中落敗，姜國太子龍陽為護妹妹龍葵竭力戰死，屍身被投入鑄劍爐，龍葵也因此投鑄劍爐自盡，其室女之血使得爐中魔劍天成。龍葵在千年的幽禁中，出於自保而產生了一體雙靈。姜國太子龍陽，同樣也是景天輪迴中的一世。
還是渝州竹林，景天找到雪見。龍葵的協助下御劍飛行，來到德州的霹靂堂，地牢裡救出了紫萱。四人共同前往蜀山阻止邪劍仙，路過安寧村，萬玉枝家借宿。萬玉枝為丈夫治病被眾人誤解，因而計劃破壞。景天等人追至古藤林方知事情原委，決意搶回土靈珠協助萬玉枝救人。古藤林裡眾人驚遇羅如烈，卻不是對手，關健時刻一隻叫做精精的猴精冒死偷回土靈珠，臨死前將“飛龍探雲手”傳給了景天。
安寧村事畢，通過蜀山故道爬上蜀山，揭穿了邪劍仙的陰謀。為封印鎖妖塔，清微委託景天等人尋找五顆靈珠。路過唐家堡，雪見在比武場上連勝三場，奪得堡主之位。然而自己為路遺棄嬰的身份被當眾揭穿在前，景天被暗算中毒在後。幸花楹育成五毒珠，將景天救回。離開唐家堡，來到雷州，龍葵向景天講自己與龍陽太子的故事，因動作曖昧，雪見吃醋離開，遭群妖圍攻，刺史獨子云霆將她救下。雲霆因體內含雷靈珠而帶電，曾經在新婚之夜電死自己的愛妾雨舒，這一次意外發現雪見不怕電，因此有娶雪見為妻的想法。雪見為氣景天答應了景天等人夜探刺史府，長卿作法取出了雲霆體內的雷靈珠。重樓趕到告訴景天穿過神魔之井，去神界取風靈珠。
來到神界，神樹頂層，景天遇見了一直苦戀飛蓬的夕瑤，得到風靈珠。雪見意外發現夕瑤與自己似極，原來昔日飛蓬被貶下界，夕瑤忍不住思念，用神果造出了雪見以追尋飛蓬的轉世，因此雪見屬六界之外，來歷非凡。夕瑤把景天等人送回蜀山，自己也因觸範天條而被剝奪形體，只留精神繼續滋養神樹。用這殘留的精神發出細微的聲音，希望日後能夠時時喚起景天對她回憶（與《仙劍奇俠傳三外傳·問情篇》密切相關）
經神界一行，清微也知道了鎮妖劍是神界之物。紫萱主張入鎖妖塔取劍，清微同意。鎖妖塔內景天等人打敗天妖皇，取回鎮妖劍，回到蜀山驚遇邪劍仙。鎮妖劍被搶走，雪見與清微被殺死。景天痛苦不堪，帶著沉重的心情與紫萱、龍葵前往蠻州繼續尋找靈珠。蠻州，景天意外得知了紫萱與徐長卿的三世之戀。曾經，紫萱與長卿前世無緣，後找到轉世林業平，生有一女林青兒（巫後）卻眼看林業平變老死去。紫萱狠心用靈力將女兒控制住不使其長大，又用水靈珠修煉內丹，只為與長卿廝守。來到古城鎮，發現各自中了迴魂仙夢”景天在夢中與雪見表白，再次經歷失去雪見之痛，回到現實，景天決定去鬼界尋找雪見。
經酆都來到鬼界，鬼差趙無延家裡，景天與雪見終於重逢。雪見懷疑景天誤解自己，欲投輪迴井，被龍葵救回。火鬼殿裡眾人從火鬼王手中搶回火靈珠，這時雪見身體已被邪劍仙奪去。一直追至冰風谷，龍葵為救景天捨棄了剛剛成型的身體。重樓與花楹的協助下，雪見成功復活，霹靂堂羅如烈在搶奪鎮妖劍的過程中被殺死。
為了找水靈珠，景天等人來到安溪的海底城，遇到溪風和水碧。一個是魔界重樓的左右手，另一個是神界的神將，重樓與飛蓬在新仙界決鬥時，兩人不打不相識，決意私逃，安溪建海底城保護了許多人。如此一來兩人行蹤暴露，把聖靈珠交給景天后，兩人釋放全部靈力鎮住海底火山，並相約來世相見。離開海底城，聽聞劍冢魔爐之火重燃，似與鎮妖劍有關，於是又來劍冢，鑄劍廳遇邪劍仙。景天被邪劍仙所傷，危在旦夕，龍葵再入鑄劍爐，用自己的千年修為救回了景天，並修復了鎮妖劍。
回到蜀山，鎖妖塔底，眾人合力殺死邪劍仙，蜀山四長老將掌門傳給長卿後死去。紫萱再也無法改變女媧族宿命，將自己的內丹渡給長卿，助其成仙，隨後獻出水靈珠，犧牲自己以重新封印鎖妖塔。重樓趕到卻已無能為力，帶走了雪見以逼迫景天與自己一戰。新仙界，景天與重樓決鬥，終於在招式上勝重樓半式，重樓很欣慰，答應復活龍葵。景天與雪見、龍葵回到渝州開了新安當，也終於實現了自己的富貴夢。
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