前情提要

• NBT：QIIME 2可重複、交互和擴展的微生物組數據分析平臺

• 1簡介和安裝Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司機上路指南Experienced

• 4人體各部位微生物組分析Moving Pictures

• Genome Biology：人體各部位微生物組時間序列分析

• 5糞菌移植分析練習FMT

• Microbiome：糞菌移植改善自閉症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：乾旱對土壤微生物組的影響

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：腸道菌群促進帕金森發生ParkinsonDisease

• 8差異丰度分析gneiss

• 9數據導入Importing data

• 10數據導出Exporting data

• 11元數據Metadata

• 12數據篩選Filtering data

• 13訓練特徵分類器Training feature classifiers

• 14數據評估和質控Evaluating and controlling

• 15樣品分類和迴歸q2-sample-classifier

• 16縱向和成對樣本比較q2-longitudinal

• 17鑑定和過濾嵌合體序列q2-vsearch

• 18序列雙端合併read-joining

• 19使用q2-vsearch聚類OTUs

命令行界面q2cli

QIIME 2 command-line interface (q2cli)

https://docs.qiime2.org/2019.7/interfaces/q2cli/

注：最好按本教程順序學習，想直接學習本章，至少完成本系列《1簡介和安裝》。

本指南介紹了<code>q2cli/<code>，它是QIIME 2 Core發行版中包含的QIIME 2命令行界面。教程廣泛使用q2cli，因此建議在開始教程之前先閱讀本文檔。本文檔尚在開發中，將來會擴展。

基本用法 Basic usage

<code>q2cli/<code>包含一個qiime命令，該命令用於從命令行執行QIIME分析。運行qiime查看可用子命令的列表：

<code>qiime/<code>

將列出幾個子命令，包括插件命令（例如<code>feature-table/<code>,<code>diversity/<code>）和內置命令（例如<code>info/<code>,<code>tools/<code>）。

您可以通過運行<code>qiime info/<code>來發現當前安裝了哪些插件以及有關QIIME部署的其他信息：

<code>qiime info`/<code>

向任何命令提供<code>--help/<code>以顯示有關該命令的信息，包括該命令定義的所有子命令，選項和參數。例如，要了解有關<code>feature-table/<code>插件命令的更多信息，請運行：

<code>qiime feature-table --help/<code>

這將列出<code>feature-table/<code>插件提供的操作（子命令），以及有關插件本身的信息（例如引文，網站，用戶支持）。

嘗試使用<code>--help/<code>瞭解其他命令。例如，內置工具命令中有哪些可用操作？

開啟命令行補全Enable command-line tab completion

如果將Bash或Zsh用作Shell，則可以啟用製表符補全功能，這將大大提高QIIME 2命令行界面（command-line interface，CLI）的可用性。啟用製表符補全功能後，按Tab鍵將嘗試完成您鍵入的命令或選項，或者根據到目前為止鍵入的內容為您提供可用命令或選項的列表。這減少了您必須執行的鍵入操作的數量，並使命令和選項更易於發現，而無需將—help傳遞給要運行的每個命令。

提示：當前僅在Bash和Zsh Shell中支持QIIME 2 CLI選項補全。要檢查您擁有什麼Shell，請運行<code>echo $0/<code>。您應該在輸出中看到<code>-bash/<code>或<code>-zsh/<code>(例如我看到的是<code>/bin/bash/<code>)。

請選擇適合對說明對應的Shell，方可啟用製表符補全。

Bash

運行以下命令以啟用製表符完成：

<code>source tab-qiime/<code>

每次打開新終端並激活QIIME 2 conda環境時，除非將其添加到您的<code>.bashrc / .bash_profile/<code>中，否則都將需要運行此命令。

Zsh

運行以下命令以啟用製表符完成：

autoload bashcompinit && bashcompinit && source tab-qiime

除非將其添加到<code>.zshrc/<code>中，否則每次打開新終端並激活QIIME 2 conda環境時，都需要運行此命令。

驗證標籤頁完成 Verify tab completion

要測試選項卡補全功能是否正常運行，請嘗試鍵入以下部分命令，而無需實際運行該命令，請按Tab鍵（您可能需要按幾次）。如果製表符補全有效，則命令應自動補齊<code>qiime info/<code>。

<code>qiime i/<code>

Reference

https://docs.qiime2.org/2019.7

Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R. Dillon, Nicholas A. Bokulich, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley,Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.Nature Biotechnology. 2019, 37: 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9

譯者簡介

劉永鑫，博士。2008年畢業於東北農大微生物學，2014年於中科院遺傳發育所獲生物信息學博士，2016年博士後出站留所工作，任宏基因組學實驗室工程師。目前主要研究方向為宏基因組數據分析和植物微生物組，QIIME 2項目參與人。目前在Science、Nature Biotechnology等雜誌發表論文十餘篇。2017年7月創辦“宏基因組”公眾號，目前分享宏基因組、擴增子原創文章400餘篇，代表博文有《擴增子圖表解讀、分析流程和統計繪圖三部曲(21篇)》、《Nature綜述：手把手教你分析菌群數據(1.8萬字)》、《QIIME2中文教程(18篇)》等，

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