對於清修《明史》，《劍橋中國史》指出了兩個問題。
正史編纂者可以得到的許多資料如今已不復存在（主要是乾隆毀掉）。凡是涉及晚明時期明帝國與滿洲和蒙古的關係的題目，其論述必然是偏頗的。
正因如此，《明史》雖然修了百餘年，卻依然存在諸多問題。不過，隨著各種資料和地下文物的挺身而出，明史記載的內容已有多次被推翻。上世紀70年代，西安挖出一塊石碑，上面文字重塑歷史，再一次推翻了明史記載。
1643年，李自成攻克西安，秦王朱存樞投降，被李自成授予“權將軍”，從軍至北京。在北京城下，朱存樞還曾為李自成起義軍勸降守軍。
《明史·列傳·卷四》：無子，弟誼漶由紫陽王嗣。薨，子存樞嗣。李自成破西安，存樞降於賊，偽授權將軍，妃劉氏死之。
這段記載非常明確指出，明朝秦肅王朱誼漶死後，庶長子朱存樞襲爵，後來投降李自成。後來，跟隨李自成討伐吳三桂，一片石之戰失敗後，李自成軍將他殺死。
300多年以來，人們對這一段歷史深信不疑，然而考古發現卻徹底推翻《明史》這一記載。
1978年，在陝西西安市南郊地區，考古專家挖掘了一座明朝古墓，根據墓誌銘的記載，墓主就是朱存樞。
這就奇怪了，朱存樞被李自成帶到北京之後，為何又被葬於西安？在那個兵荒馬亂的時代，將朱存樞的屍骨從北京運到西安，這幾乎不可能。難道朱存樞在北京實際沒有死，而是逃回了西安？
根據出土的“大明秦世子暨妃張氏合葬壙志”記載， 明史記載可謂胡說八道，因為朱存樞根本不可能投降李自成。
世子諱存樞......世子崇禎二年三月初五日以疾薨逝，享年四十。妃張氏，萬曆四十七年三月初六日薨逝，無出。崇禎三年十月初十日良吉，合葬西安府成寧縣鴻固原之次。
這一段介紹透露了三條關鍵信息：一是朱存樞身份不是秦王，而只是世子，二朱存樞於1629年（崇禎二年）去世，三朱存樞沒有後代。
1629年，李自成剛剛參加起義，朱存樞就已經去世了，又怎麼會在1643年投降李自成？可見，明史這一段記載100%錯誤。所以，不少學者由此指出，明史又一記載被推翻！
令人不解的是，《明實錄》中有朱存樞弟弟朱存極襲封的確切記錄，朱存極繼承秦王了，就意味著朱存樞不可能是秦王，李自成自然不可能俘虜秦王朱存樞。既然如此，為何《明史》卻還會搞錯，這對於編修百餘年、自詡無懈可擊的《明史》而言，實在不可思議。
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