源流兩大支系
（一）
吳氏自一世季扎之後，傳至六世為彌庸。彌庸的後代有從吳地遷河南者，傳至第五十世有吳祭者，定居河南固始，隨王潮、王審知於唐僖宗乾符四年提兵入閩，遂定居莆田縣。吳祭為吳氏入閩之始祖，死後葬莆田黃石山。 吳祭生有四子，其子孫分居漳浦、雲霄、莆田、崇安、連城、詔安、泉州、廈門等市縣。
（二）
迄自唐代則有唐太史兢公，為江南始祖，其來孫簡公，因仕蜀而居閩州。簡公之子宣公，字機蔡，於後晉天福元年，由蜀地攜眷渡江而南，乃江西臨川、南豐、祝家山等處居焉。
按宣公之孫文福，編有實錄，雲：「吾祖宣公，隨父任居蜀閬州（今四川閬縣）蘭臺谷巫錫山，娶盂知祥嫡妻何氏女。五代後，唐潞王清泰元年甲午（民國前九七八年），外祖知祥即蜀主位，不一年而殂，太子孟昶即位，封宣公為駙馬宣成公，祖母為孟氏夫人。吾祖夫婦，有深遠之慮，攜捲回籍，於後晉高祖天福元年丙申（民國前九七六年），時吾年四歲，吾祖年六十有三，偕祖母與父綸公，叔經公、紹公，閤家渡江，徙今江西撫州府臨川縣之石井，留二叔經公居此，又與父綸公、三叔紹公，易居江西建昌府南豐縣嘉禾驛梓口李家莊，後又徙居祝家山金斗窠將軍出洞形居焉。時後漢乾佑元年戊申（民國前九六四年）九月……按綸公次子宥公，居祝家山，遷山塘隱居，即今福建汀州寧化。宥公次子坤二公，由寧化遷永定。
坤二長子泰甫公，為宋執事郎中，生子二：長四五郎，傳梅縣、大埔、豐順等處；次四六郎，傳廣東、江西等處。坤二公第三子吉甫，宋進士，任廣東博羅縣知縣。長子五四郎，傳下九子：長千一郎，傳永定大坪裡、石門、岡下等處，次千二郎，傳永定大坪裡、高陂、塘下等處；三千三郎，傳小新村、條魚、竹寨等處；四千四郎，傳豐田、赤逕等處，五千五郎，傳勝運、水槽逕、洪山塘等處；六千六郎，傳漳州、雲霄等處，七千七郎，傳廣東斷鐵背、雲坪、及海豐等處，八千八郎，傳河源、梅縣等處。
又吉甫長子五四郎之長孫六四郎，生下九子：長念一，傳梅縣南口，奇峰、嵩山等處，，次念二，傳蕉嶺、高思、豐裔、徐溪等處，三念三，傳梅縣、珠王坑、松溪、鬆口、蕉嶺、徐溪等處；五念五，傳平遠、東石、畲腦等處；七念七，傳梅縣、葵嶺等處。
又泰甫公之玄孫伯五公，開基龍川李埔柏樹下。後傳至法猷公，遷興寧烏池油寮圍。法猷公生下九子，各散居於興寧、五華、龍川等處，及遷徙各省，不可勝記。
吳氏入閩主要的宗支
根據歷史資料及典籍譜牒，有記載的各個朝代吳氏入閩主要的宗支，考略記載歸納以下：
一、 閩中興化府莆田縣孝義堡始祖吳莊，原籍河南上蔡，公元前遷居入閩。
二、 莆田錢埔始祖吳祭，原籍河南光州固始縣善舉鄉，唐中和四年遷居入閩。
三、 安溪始祖吳福仁，原籍紹州東府，唐時入閩。
四、 惠安大吳始祖吳仁祿，原籍河南光州固始， 唐僖宗中和二年遷居入閩。
五、 南平橘溪始祖吳遂，原籍河南汝寧信陽， 唐僖宗中和元年遷居入閩。
六、 浦城始祖吳睿，原籍海州（今江蘇連雲港）唐德宗貞元八年前入閩。
七、 寧化石壁村始祖吳宥，原籍江西南豐人，宋初入閩。
八、 連江東塘始祖吳省元，原籍江蘇南京，宋代入閩。
九、 龍溪，梅溪、清溪、洛溪，四溪始祖吳昭，原籍宣州寧國（今屬安徽）宋代入閩。
十、 同安白礁始祖吳通，原籍河南濮陽，宋代入閩。
十一、晉江象畔始祖吳闋，原籍河南光州固始，晚唐隨王審知入閩。
十二、晉江倉邊始祖吳昌生、原籍蘭陵古錫梅里，元至正間入閩。
十三、晉江錢頭始祖箕疇，原籍浙江錢塘，明嘉靖入閩。
福建吳姓五大派系
吳姓最早入閩始於漢。據《漢書》載：漢武帝元鼎六年（公元前111年），餘善叛亂稱帝，漢武帝派橫海將軍韓說與東越衍侯吳陽，一齊殲滅餘善。吳陽被封為外石侯，食邑1000戶。外石侯吳陽，應是最早進入福建的吳氏先人之一。據閩清縣《龍崗吳氏族譜》記載，入閩始祖吳德興，於晉永和十年隨兄學士吳向協鎮越國，遂由江蘇入閩，卜居侯官縣五都龍坪村。有一支裔孫遷至閩清溪演，成為當地望族。唐、宋及其以後，因隨軍、任職、戰亂、投親、避禍或逃荒等，入閩的吳氏日益增多，族支繁雜，很難逐一細述。入閩後，其裔孫又輾轉移居漳州的，主要有：
莆田沈埔吳祭派
吳祭，字孝先，號道成，河南光州固始善進鄉人。唐中和四年（884年），因中原戰亂，偕兄弟一行三十餘人，往福建侯官避亂，後又遷莆田縣北隅，再徙居黃石水南沈埔。吳祭兄弟六人，稱入閩六祖。吳祭裔孫分佈於莆田、仙遊、漳浦、雲霄、詔安、東山、平和、龍海及廣東等地，為江南一大望族。
象畔吳闕名（進士公）派
吳闕名，唐垂拱進士，吳潛之後裔，唐光啟元年（885年），吳潛之五世孫吳尚智，因中原戰亂，從河南光州固始攜眷隨王緒軍隊入閩，寄跡福州南臺，次徙興化塘下（今莆田黃石）。後吳尚智之子吳闕名（進士公），攜眷由興化黃石塘下移居泉州晉江南關外二十四都龜湖象畔嘉埭拓址，開宗發祥，為入閩吳氏象畔始祖。支分南安、晉江、安溪、雲霄、詔安、東山和廣東潮陽、普寧等地，蔚成閩南、粵東一大望族。
寧化吳宥派
吳宥，字承順，宋進士，敕贈文林郎，誥封中憲大夫，吳宣之孫。吳宣，字守德，娶四川節度使孟知祥之女為妻，授吳宣為駙馬都尉，封宣城公。後為避禍，吳宣攜家人移居江西南豐，生三子：長吳綸、次吳經、三吳紹。吳綸生十子，次子吳宥於北宋天聖五年（1027年），從江西南豐移居福建寧化，為入閩吳氏寧化始祖。吳宥生四子：坎一、坤二、震三、巽四。坤二生三子：泰甫、興甫、吉甫。吉甫生二子：五四郎、五五郎。五四郎生九子：千一郎、千二郎、千三郎、千四郎、千五郎、千六郎、千七郎、千八郎、千九郎。千九郎生二子：長六四郎、次六五郎。吳宥的裔孫遍佈於寧化、長汀、連城、上杭、龍巖、永定、南靖、漳浦、雲霄、龍海、詔安及廣東梅縣、大埔、興寧等地。被尊為閩粵吳姓客家始祖。
龍巖吳十二郎派
吳十二郎，念一郎之子。南宋時，念一郎因避亂，自河南開封徙居漳州華葑社（今華安縣）。子十二郎，於南宋寶祐六年（1258年）遷連城席湖再遷龍巖龍門裡儒爐官宅坊，為入閩龍巖始祖。十二郎生子十四郎。十四郎生子三：十六郎、十八郎、二十郎。十六郎生仁甫、天佑、祖受。仁甫居龍巖大池，天佑（玄佐）及祖受之子祖松（肇基）移居南靖。
吳氏四溪吳昭派
祖父吳潛，字毅夫，號履齋，宣州寧國人，宋嘉定十年（1217年）進士，殿試一甲狀元，拜右相兼樞密使，因反對趙祺為太子，被貶為廣東潮州府任循州安置。宋景定三年（1262年），逝於循州。其子吳極、孫吳昭，遷居福建泉州，運吳潛葬於南安二十八都芹山之湖尾山，面對仙洞山。吳昭生四子，長吳勳，居號龍溪；次吳篤，居號梅溪；三吳然，居號清溪；四吳烈，居號洛溪。故稱吳昭為四溪公。衍傳南安、晉江、同安、安溪、龍海、雲霄等地。
晉江吳氏各支糸
羅山小浯塘彬山派系
按小浯塘吳氏族譜記載，其先祖由河南光州固始，隨王審知昆仲入閩，至由何處遷入史無詳載。按照衍傳次序和五世仰齋之孫，七世沙泉生於萬曆壬子（1612）年按世推算，彬山公約生於洪武至永樂年間，三代人皆當明朝的大官小浯塘肇基祖彬山號三致政，祖妣王三泰，彬山生二子，長大理寺少卿，次承務郞（後石，官通判）二世少卿拓基大浯塘，即吳英將軍之支派。彬山次子後石（承務郎通判）為小浯塘和古坑二鄉之共祖，後石生二子，長子致政分居古裡（坑）、次子剛直仍居小浯塘，後由小浯塘再析出英墩山前和荊山吳氏。
1.古裡（坑）吳氏肇基始祖一致政，按古坑吳氏族譜以後石為一世祖，以一致政為二世始祖，三世祖淳齋公，淳齋生四子，長子太白、次子太宜、三子太旺、四子太修，分別為房派。四世太白長房支祖，太白生二子，長處軒（止）、次盛軒、五世盛軒生二子，長性讓、次性治、六世性治生保居，七世保居生三子，長良厚、次良弼、三良雲、分三支傳衍長房。二房太宜派下僅知傳至八世二房一是茂樂、二房二是內庭，太修生二子、長仰齋為迴龍派之祖，次春齋為仰北派之祖、五世仰齋生五子，長秀山、次子次山、三子春山、四子明山、五子尾四叔。
2.錦塘（小浯塘）支祖剛直（二世）生三世祖（名闕）、三世祖生樂齋、樂齋生五子、長、次、三、四傳今小浯塘派系，因族譜散失，僅知三子生子二，長為星源，次為紫源，六世星源生起受，七世起受生八世祖為光祿大夫。樂齋五子愛塘曾居漳浦為官，後子孫再析山前及荊山。小浯塘及古坑通用諱行是：夢皇得士世，甫兆宗榮泰，君恩萬年春，燕翼繩祖武。
3.山前一世祖及荊山一世祖皆屬五世愛塘之後裔，愛塘生六世華墀，原系郡庠生，曾居漳浦任職，後回居本邑吳內，因不適居住而遷山前及荊山，世系難承接。山前一世祖義齋。義齋生子二，長樂靜，次逸靜（止）二世樂靜生子二，長恆素、次懷素（止）三世恆素生子三，長忠順（止），次敦悔，三敦質（止），四世敦悔生五世曜宗、曜宗生四子，長逸泉、次濱泉、三清泉、四季泉、六世季泉生三子，長居初，次名失，三居宇，七世居初生茂動，居宇生佔公（止），八世茂動生榮陽，九世榮陽生玉華玉質、十世玉華生會寬，玉質生會明，十一世會寬生秉劂，秉檜，十一世秉檜分居臺灣麥寮城山為吳氏一世祖。即臺灣吳哲誠之支也。英墩山前（城山）吳氏自編字行是：從十二世起，秉元銘標金榜欽，明文思允恭克讓。
4.荊山吳氏屬五世愛塘派下，因族譜散失，僅有荊山留厝房耋老口傳開基祖建石公（其中二世至八世失稽），僅知九世已公生三子，長士德，次仁鐤，三仕雲，十四士德生四子，長志悅，次志旭，三志然，四志老，士鐤生子二，長志果，次志的，士雲生子二長志懷，次志哉。已公號修行，生於順治己亥年（1659）正月廿五日。荊山吳氏自十世起自編字行：士志成光，文章華國，禮義傳家，有道曾孫，祖武克繩，本枝百世，奕葉重新。現傳人口409人。
錢頭吳氏箕疇派系
據池店錢頭（塘）吳氏家譜記載：其始遷祖箕疇自浙江錢塘析居晉邑，因不忘祖籍地，仍以錢塘為住居地名，以示不忘故土。始祖遷徙至晉江錢頭是在明嘉靖年間，其中由浙江首遷地無法詳敘，其或近或遠蓋莫知也，但傳說錢頭之吳，出自泉郡觀下房，份為三大支，中國最後一名狀元吳魯出於錢頭。吳魯之曾祖元固、元固生靜軒、靜軒（吳魯之祖父），靜軒生廷椊，廷遙、厚宇、棟宇四子，厚宇即吳魯之父，厚宇生拔堂，且園（魯）、沂堂、兆基四子。其中次子吳魯字肅堂號且園（1845-1912）最出色，是光緒十六庚寅（1890）恩科狀元，也是晚清著名愛國詩人、學者、書法家、現衍人口671人。解放前旅居菲律賓的有吳毓如、吳紫熊、吳毓普、吳紫鈞、吳燕忠、吳燕約、吳鍾榮、吳奕彬、吳奕霖、吳庭美、吳紫璇。吳紫桐近年僑居宿務。僑居新加坡的有：吳紫廉、吳紫勝、吳章霖、吳紫漢，僑居馬來西亞的有：吳紫德。旅居香港七位連眷，澳門四位連眷。原字輩，廷士元亨利貞鍾毓，新編字輩：紫綬金章綿世澤，祥麟威風振家聲。
安海星塔吳仕衟派系
安海星塔吳氏始祖仕衟公，舊譜載其贅居安平皇恩坊，遂從外祖姓。仕衟生子五，長子昌達分居廣東潮州，次子昌經分居漳州，三子昌華傳今安平星塔吳氏派系，四子昌元（未詳）五子昌豐，二世昌華生子四，長原榮傳仁房，次原芳傳義房，三原茂傳禮房。四子原銘（未詳），二世昌豐傳原綸，原綸傳四世復寶，復寶生子二，長祖蓋，次祖善。三世原榮傳四世復振，復振生子二長祖康、次祖榮。三世原芳傳四世復恩，原茂生子三、長復來，次復元，三複魁。三昆仲列在四世。現星塔吳多數屬仁義禮三房之後裔。星塔吳氏新編（從十四世起）字行是：應運開宗紹祖翰，策銘際泰欽英賢。（人口1347人）。
後垵五處土（平庵）派系
五處土生子一、即二世來生，來生生子三長元瑛，次元瑤，三泗治。元瑛生子四，長子陽生分居松茂。次子陽午無傳，三子陽盛（分東二房），四子陽江（分東三房）。四世陽生生子三，長保弦，仍居松茂，次保勝號六學士（傳永寧、寬仁）三保訓，分居湖邊。三世元瑤，分後垵西長西二西三西四房、泗治（本支子孫由南京發回索上再移塘市）。由後垵、松茂、湖邊遷出的有：湖邊保訓六世孫石斉公由石獅遷居龍湖錦輝埔肇基。陳埭湖尾（美）吳由松茂分居，池店溪頭吳由石獅後垵分居（100人），內坑白垵頂吳始祖吳耀南由湖尾吳析出，傳至現今人口188人。
安海後垵榮昌派系
後垵吳氏僅知其十世祖榮昌（明和）生於嘉靖丙午（1546）年，十一世日寵（諱參伯號明照）國斌（諱戊官號朝東）生於崇禎乙亥年（1635）十月初十日亥時。十二世憲爾。十三廿懋猷，懋敦（世芬）、懋修（正櫃）懋章（諱昭字世忠），懋寧（諱世萃）。至於從十世榮昌以上至一世，通未詳。據先人傳說，後垵吳由宋埭頭（近井林）分衍，又曰高茂。傳說一支析臺灣麥仔寮，族譜亦被帶往。後垵字行是：榮日憲懋、守惟昭穆，子孫興旺，嘉成祖德，臺鼎澤長，世奕文章。
科任慈沙派系
科任（霞江）吳氏始祖慈沙，慈沙生子二，長孫儒，次炫（未詳），三世孝仰，四世子淵，五世燕儀。燕儀生子二，長翼高，次翼珍，以下分二支派衍傳。科任吳氏於宣統元年仲夏上浣，由里人陳玉苑重修譜序載：“尚存上段所述，下段腐失不全”。故霞江建基之始誠難稽，唯聞本山西田令祖墓傳下平海將軍平海侯，後裔又分夷分石井，古安，或分裡東等。科任吳氏字行：慈孫孝子，燕翼詒謀，書香踵起，丕顯公侯，家存詩禮，世立勳猷，魁登仁進，益文章華，國追念祖，春秋永耀，德業長留，宗大光厚。
新塘湖格濱江派系
湖格吳氏一世祖濱江，生子二，長梅林居湖格，次子（名未詳）分居南靖，二世梅林生子六長次子（名未詳）分為長二房，三子開基三為三房，四子開基四為四房，五子（名未詳）分為五房，六子（名未詳）分為六房。三房基三生行質，行質生庵口，五世庵口生子四，長嘉行，次善行，三子（名未詳）分居泉城，四子（名未詳）分居深滬。六世善行生子四，長碧齋分下間頂角，次篤齋分二柱下間，三子柔齋分三柱，四子實齋分四柱下間。四房基四生庵口角，庵口角生樸庵，樸庵生子九，為一觀二觀三觀四觀五觀六觀七觀八觀九觀。五房傳至七世為一君，六房傳至七世為南湖。湖格吳氏字行：江梅開質心行一洽天廷金欲必，勝克岐陽祖澤肇端則錫福光明，永長得承紹恢宏志士炒匹顯達，榮耀宗邦寧察俊秀振卿侯弼拔，萃超闢為國器保有珪璋世良實。
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