日本作為一個島國，他與鄰國的領土爭端都是圍繞著島嶼展開的。
日本與鄰國共有三處領土爭端，分別是南千島群島（和俄羅斯有主權爭議，由俄羅斯實際控制。日本稱其為北方領土）；獨島（和韓國有主權爭議，由韓國實際控制。日本稱其為竹島）；釣魚島（和中國有主權爭議，由日本實際控制。日本稱其為尖閣諸島）。
日俄領土爭端：南千島群島,位於勘察加半島與北海道之間,群島南部齒舞、色丹、國後和擇捉四島。第二次世界大戰結束後,這些先在前蘇聯,後在俄羅斯聯邦管轄之下。其中,南千島群島包括:伊土魯樸島(日本稱擇捉島),約3200平方公里;庫納施爾島(日本稱國後島),約1500平方公里;施科坦島(日本稱色丹島),約250平方公里;齒舞諸島(日本稱齒舞諸島),約100平方公里。
長期以來,日俄兩國在四島歸屬問題上互不讓步,有過不少爭執或衝突。在上世紀五六十年代，日本和蘇聯談判。蘇聯同意歸還兩個比較小的島嶼，即色丹島和齒舞諸島。但要求美國撤軍，日本不得要求擇捉島和國後島的主權。日本主張的是北方四島的主權，要求美國撤軍，更是無稽之談。
進入新世紀，2006年8月16日,俄國巡邏艇向接近爭議地區的日本漁船鳴槍示警,打死一個漁民,此漁民則成為這一爭議地區的第一個犧牲者。2009年7月3日,日本參議院一致通過“促進北方領土問題解決特別法”修正案,明確記載“北方領土為我國固有領土”。2010年11月1日,俄羅斯總統梅德韋傑夫登上國後島。這是俄羅斯國家元首首次視察俄日之間存在爭議的島嶼。當天,日本首相菅直人發表講話,稱俄總統此行“非常令人遺憾”。隨後，俄羅斯在北方四島加強部署軍事力量。普京更是宣稱：俄羅斯雖大，沒有一寸土地是多餘的，領土爭端沒有談判，只有戰爭。
日俄兩國不斷較勁的原因有二：其一,北方四島擁有豐富的自然資源,其被譽為“魚類寶庫”,水產品豐富。礦產資源同樣豐富,蘊藏16億噸石油,黃金儲量約1867噸,白銀9284噸,另有397萬噸鈦,2.73億噸鐵,1.17億噸硫,每年可提取36噸稀有金屬錸。其二,北方四島擁有很高的軍事價值。其北接俄堪察加半島,南臨日本北海道,是鄂霍次克海和太平洋之間的一道天然大門。
日韓領土爭端：獨島是一座位於東海中央的火山島。它是由東、西兩個小島和34塊岩礁組成,總面積不過18.6平方千米。兩島四周懸崖峭壁,航船難以停泊,只有東島南部有點灘塗;西島呈錐體狀,海拔174米。而東島要比西島更低一些,海拔高度為99.4米。由於溼潤的氣候條件和長期風化的作用,這裡的火山岩土壤上生長有屬於31科75種草本植物,近期又發現蒲公英、野玫瑰等品種。獨島位於日本海寒流和暖流交會處,四周海域是一片豐饒的漁場,海底還蘊藏著比較豐富的油氣田。為了豐富的自然資源,日韓兩國不惜相互指責。目前，獨島控制在韓國手中。
中日釣魚島爭端：釣魚島，亦稱釣魚臺、釣魚嶼、釣魚山，是中國東海釣魚島及其附屬島嶼的主島，是中國自古以來的固有領土。釣魚島長約3641米，寬約1905米，面積約3.91平方千米，最高海拔約362米，地勢北部較平坦，東南側山岩陡峭，東側岩礁頗似尖塔，中央山脈橫貫東西，周圍海域面積約為17.4萬平方公里。
1972年美國撤離琉球時，將釣魚島“行政管轄權”混合琉球“交給”日本，而據中國古代史書記載中國一直對釣魚島擁有領土權。因此，釣魚島爭議也由此而生。釣魚島實際為日本非法管轄，日本為了控制合法化，2012年拋出了釣魚島國有化。隨後遭到中國的強勢回應，開展了對釣魚島及附屬島嶼常態化監視、監測。中國海監執法船在釣魚島海域堅持巡航執法，漁政執法船在釣魚島海域進行常態化執法巡航和護漁，維護該海域正常的漁業生產秩序。中國還通過發佈天氣和海洋觀測預報等，對釣魚島及其附近海域實施管理。
釣魚島的自然資源非常豐富。這些海域中埋藏著足夠日本消耗320年的錳、1300年的鈷、100年的鎳、100年的天然氣，以及其他礦物資源和漁業資源，獲得這些海域，將使日本由資源小國而成為東亞的資源大國。東海的油氣儲量大約77億噸，亦足日本使用近百年。控制了釣魚島，海岸線和專屬經濟區將擴大，也就名正言順地擁有更多的資源能源。
另一方面,釣魚島的地理位置非常特殊。它處在第一島鏈,一旦被其他國家佔有,可以被用來圍堵中國大陸,對亞洲大陸各國形成威懾之勢。再者,此島可以被西方國家用作工具來阻礙中國海軍的遠程發展。
釣魚島自古以來都是我國的領土，這都是有歷史文獻記載的。它巨大的經濟價值和戰略價值，讓日本垂涎三尺，由於歷史的原因，日本現在實際控制。但是中國政府和民間保釣的決心和行動一直在進行著。
此外，日本和中國及韓國在日本的專屬經濟區範圍上有不同見解。中國和日本在東海上的專屬經濟區劃界有分歧；且中國認為衝之鳥島不能算是島嶼，只能算是岩礁，因而不認為衝之鳥島附近海域是日本的專屬經濟區。2012年，聯合國大陸架委員會承認衝之鳥島北方面積約31萬平方公里的海域為日本的大陸架，但衝之鳥島南方海域是否為日本大陸架則暫時擱置。
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