能够消灭美军的航母编队，这是山本五十六在太平洋战争爆发前就一直梦寐以求的事情。从珍珠港、珊瑚海、中途岛直到第二次所罗门海战（美方称之为东所罗门海战），山本做梦都希望南云率领的“航空机动部队”能够完成这一项“光荣使命”。但是，当南云忠一在1942年10月真正完成了这一项“光荣使命”后，却被直接解除了第3舰队司令官的职务，回国担任佐世保镇守府司令官，这其中究竟发生了什么呢？
海战中鱼雷击中航母的瞬间
1942年10月26日，爆发于南太平洋圣克鲁斯群岛附近海面的“南太平洋海战”，美方称之为“圣克鲁斯海战”，这是太平洋战争中美日的第四次航母对决，美方参战的兵力是金凯德的第16特混编队和莫雷尔的第17特混编队，有航空母舰2艘（大黄蜂、企业），战列舰1艘（南达科他号），巡洋舰6艘，驱逐舰14艘，有舰载机87架，由金凯德少将统一指挥。日方参战兵力主要分为两部分，由近藤信竹指挥的“前进部队”和南云忠一指挥的“机动部队”，下辖母5艘，战列舰4艘，重巡洋舰4艘，轻巡洋舰2艘，驱逐舰31艘，有舰载机269架。
美军舰队上空密集的防空弹幕
耐人寻味的是，在这场驻特鲁克IJN倾巢出动的海上决战中，山本五十六在战前却特意指定由近藤信竹统一指挥，而没有再让南云忠一指挥。
而在这场海战中，南云忠一的表现也非常的“奇葩”。可能是自中途岛以后输怕了，南云在开战前的“搜索敌舰”阶段表现的非常胆小（说得好听点叫做谨慎），为了不让自己被敌人发现，他一直强调隐蔽前进，而且只要被美军发现，他就立刻调头“北撤”，他这一来来回回，忽北忽南的举动，把山本看得云里雾里，以至于他直接干涉南云指挥，要他“不顾天气和敌情，率领部队坚决与敌决战。”
可是，让山本五十六都没有想到的是，他前脚给南云下达决战命令，后脚就发生了“筑摩”号遭到美军部署在图拉吉和圣克鲁斯群岛的水上飞机的事情。南云不经请示，再次调头“北撤”，这一举动无疑把山本气的“肺炸”，怎奈不便临阵换将，山本只好耐着性子，再次电令南云忠一率领机动舰队“南下决战”。南云被逼无奈，不得不再次调头南下，他也就这样“半推半就”地率领机动部队走上了战场。
中弹后的“大黄蜂”号
相对于南云的“奇葩”，美军方面的表现就要勇猛多了。25日，在正式海战爆发前的一天，哈尔西给金凯德发出了著名的命令—“进攻、进攻。再进攻”
挂弹起飞的日本战机
26日，双方航空母舰正式开始对决开始后,南云的表现反而比之前“勇敢”了许多，日军在开战之初被美军击伤了“瑞凤”号航母的情况下，持续发起进攻，5时20分，日军出动21架轰炸机，20架鱼雷攻击机和21架战斗机，共计62架战机扑向美军的“大黄蜂”号，由于当时日军的攻击机群与美军的返航机群正好在同一航向上，导致“大黄蜂”号上的雷达无法进行分辨，直到日军逼近到50海里时，美军才发现了日军。“企业”号立刻躲进了雷雨云中，让攻击的日军失去了目标。但是，倒霉的“大黄蜂”号此时却暴露在晴空万里之下，成为了日军集中攻击目标，“大黄蜂”立刻被命中了4颗炸弹，2条鱼雷，还被一架“神风特攻”飞机撞击，全舰烈火冲天，船体倾斜，浓烟滚滚，通讯中断，失去动力。不过美军“天顶星”级的损管小组再次大发神威，居然将“大黄蜂”的火扑灭了，并且可以由“诺斯安普顿”号巡洋舰拖拽下返航。
掠海攻击的日本鱼雷攻击机
不过在美军接下来的反击中，日军的“翔鹤”号航母也被击伤，最后还是近藤信竹派出“隼鹰”号参战，才将“大黄蜂”彻底打瘫在海上（美军为防止其落入日军手中曾经试图击沉它但没有成功，最后还是被追上来的日军驱逐舰用鱼雷击沉），同时也将“企业”号航母重创（被命中6枚250公斤炸弹），迫使其退往努美阿抢修。
美军“埃塞克斯”级航母群
至此，南太平洋海战，日本以“杀敌一千自损八百”的“惨胜”收场。从10月27日到11月11日“企业”号重新返回战场前，美国在太平洋战场上已经没有航空母舰可供使用。不过这对于日本来说几乎已经没有任何意义，因为美国新锐的“埃塞克斯”级航母即将开始“下饺子”，南云忠一这个从珍珠港一路打过来的“老兵”，也因为这场海战中的“奇葩”表现而被山本解除职务。
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