袁世凱當上中華民國的首任大總統後，“北洋三傑”中的王士珍因忠於清廷而退隱還鄉，態度曖昧的馮國璋外調南京，只有力主共和的段祺瑞留在北京，因為中央軍事還離不開段祺瑞這個北洋軍中的元老。然而，隨著袁世凱稱帝步伐的加快，兩人的矛盾逐漸激化。段祺瑞得罪了一心想當太子的袁克定，命運很快發生逆轉。
袁世凱的心腹幕僚阮忠樞受袁克定指派，試圖動員段祺瑞再一次聯絡北洋將領，全國通電，擁護袁世凱稱帝。不等阮忠樞說完，段祺瑞便憤怒地打斷他的話，說道：“真是滑天下之大稽！袁大總統早就說過不當皇帝了，你們還敢胡鬧！”
段祺瑞的不予配合，令袁克定火冒三丈，便經常在袁世凱耳邊聒噪，說段祺瑞壞話，挑撥離間。不久，袁克定親自前往河北正定請有忠君情結的王士珍出山。王士珍勉強同意後，袁世凱立即任命王士珍為陸軍上將，委以統率辦事處坐辦，從而架空了段祺瑞。
不久，袁世凱主持會議討論日本強加給中國的“二十一條”。會上大家義憤填膺，段祺瑞更是拍案而起，怒罵道：“小日本欺人太甚，如此條件過於苛刻，絕對不能接受！”會後，段祺瑞以陸軍總長名義，領銜19省將軍通電請纓，稱“天下興亡，匹夫有責”，表示堅決反對簽訂“二十一條”，甚至不惜與日本人決一死戰。
袁世凱稱帝在即，有人勸段祺瑞，哪怕違心地表示一下“勸進”，也可以改善他與袁世凱的關係，否則他的日子會越來越不好過。而段祺瑞則公開宣稱：“當年我領銜通電主張共和、取消帝制，如今卻要我領銜通電取消共和，擁項城稱帝，這種出爾反爾的事我是絕對不會幹的！”隨後，袁世凱免掉了段祺瑞陸軍總長的職務。段祺瑞作為袁世凱昔日的心腹愛將，為什麼轉而反對袁世凱稱帝呢？
事後，段祺瑞對侄兒段宏綱透露：袁稱帝前，他曾五次勸阻，結果三次被拒絕，兩次吃了閉門羹。他勸阻袁世凱稱帝，說此事關係國家安危及袁氏身家性命是萬不能做的。而袁稱帝后，他未公開聲討，則是出於他受袁世凱幾十年知遇之恩。所以，論公，段祺瑞寧死也不參與；論私，段祺瑞從此只有退隱，絕不多發一言。
袁世凱宣佈稱帝后，隨著蔡鍔的揭竿而起並取得軍事上的勝利，看風使舵的各省紛紛宣佈獨立。袁世凱沒想到，他一手培養起來的北洋將領會成為他的敵人，而領銜者竟是他多年的左膀右臂。面對內外混亂的局面，袁世凱想到讓段祺瑞出山穩定局勢。
此時，袁世凱已在憂急之中病倒，他寫了一封親筆信派人送到段祺瑞手中。信中言辭懇切，希望段祺瑞看在兩人多年的交情上，能到中南海一敘。
段祺瑞看完信後，如約來到中南海。袁世凱充滿歉意地說：“芝泉，你能來真是太好了，都怪我當初不聽你的勸阻，鬧到今天這個局面。我老了，身體也不好，還是請你出山，再幫我一次……”見到病榻上的袁世凱，段祺瑞答道：“若取消帝制，我願全力相助。”
袁世凱在公府召開緊急會議，參加會議的除段祺瑞、徐世昌外，還有黎元洪，此三人皆為袁世凱稱帝前一腳踢開的大員。會上，袁世凱首先宣佈取消帝制，恢復“中華民國”年號，復任大總統，隨後任命段祺瑞為參謀總長、徐世昌為國務總理，黎元洪仍為副總統，責成三人穩定局勢。
然而，此時的袁世凱早已不復以前的威望了。南方的革命黨人堅決要求其下野，稱袁世凱復闢帝制已經背叛了民國，沒有資格再任大總統。
袁世凱萬分失望，他已經看出，黎元洪與他貌合神離，徐世昌對南北雙方都起不到作用，只有段祺瑞，既在北洋軍中有威望，且與蔡鍔等人交情匪淺。進可以講和，退可以付諸武力，此時恰逢徐世昌請辭，袁世凱便任命段祺瑞為國務總理兼陸軍總長。
此時，全國各地要求袁世凱退位的呼聲，與此前全國勸進的呼聲一樣強烈，南方革命黨人堅決要袁世凱下臺，否則堅決不進行南北和談。袁世凱決定武力討伐，但段祺瑞堅決主張和談，反對付諸武力。他說：“既然總統堅持用兵，那您就另請高明吧，我辭職！”隨即遞交了辭呈。袁世凱不接受他的辭呈，還想親自佈置對獨立各省的軍事發動進攻，無奈北洋軍已不聽袁世凱指揮調遣。
不久後，袁世凱最寵信的陳宦突然通電全國，怒陳袁世凱罪狀，而這個陳宦在幾個月前臨離京時，還匍匐在大總統的腳下，要求袁世凱一定要稱帝，否則誓不回京。親信的背叛對袁世凱的打擊是致命的。袁世凱終日哀嘆忠義古風不存，連氣帶病，最終憂憤積勞成疾，感染重病不治而病逝。
袁世凱死後，能夠左右民國政局的實力人物只有段祺瑞了。他既是北洋軍的元老，也是民國內閣總理、參謀總長、陸軍總長，手裡有軍隊，又是反對日本“二十一條”和反對“復辟帝制”的急先鋒，可謂“德高望重”。當時段祺瑞想不想當大總統，我們不得而知。當時無論南北兩派由誰出任民國總統，都勢必會帶來南北大動干戈，而令中國重陷混亂，何況北洋軍內部並不團結，馮國璋野心勃勃，虎視眈眈。最終，段祺瑞推舉“首義”都督而非革命黨的黎元洪擔任總統。1916年6月7日，黎元洪正式就職民國總統，恢復國會和《臨時約法》。
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