目前只知道他们主要研究药物，但因为是黑手党嘛，所以最开始应该和那些黑帮没什么两样。研究药物估计就是为了卖钱啊像电视上出现的疯狂博士一样，到后面应该是为了用药物来控制黑帮界或者地球。不过按照黑衣组织出现过的剧情来看，他们的野心貌似并没有那么大。
简单来说就是为了获得更多的金钱势力吧。
当结局Boss出现后，也许有更惊人的秘密存在，毕竟柯南每次都是这种出其不意的结尾
绿绿的圊圊草原
其实之前看柯南就在想既然想要将柯南杀死那何必大费周章的再浪费药，可以直接杀死，总之目前也找不到黑衣组织的幕后老板也找不到证据，可是并没有直接杀死而是让新一变为了柯南，那么这个动机就值得人们深思了。而我个人想到过几个原因。
首先，当场研制这种药也是黑衣组织幕后老板所要求的。他是个很有野心并且心肠歹毒的人，他不仅想害人而且还想要统治整个世界。他想将警察这些正义的力量打倒，但是怎么打倒呢，而且怎么才能让警察自己觉得自己一无是处呢？所以幕后大老板就想到他要做一些手段，所以就要求研制一种杀人于无形的药物，让这个被害人在被服用药物后直接化为乌有，不留一丝痕迹，虽然警察也知道有人失踪，可是又能怎么样，就是找不到这个人，尸骨都找不到，就会让大家感觉很可怕，不知道该怎么定义事件，而且就算大家心知肚明就是所谓的黑衣组织的人做的坏事又能怎样，因为无法找到证据，没有证据能够说明就是黑衣组织的人做的坏事，所以这个幕后大老板就可以肆无忌惮了。
另一种可能性就是幕后大老板想要长生不老，所以才命人研制这种药物，当时这种药物已经研制出来了，可以药效如何大家并不知道，那怎么办吗，所以就用人体来做实验，而且每个人的反应都不一样，所以蔓延到了新一这边，恰巧被他撞上，因此他也就成为了一个实验者。
据灰原父母的描述推测，该💊最终目标是长生不老，但这个不是随便就能实现，甚至根本不可能，所以这是个伪命题最终还是要过程中得到的其他东西。💊的研究方向是锁定在人体,目前主角灰原吃药变小也就是说它还不完善，如果放弃之前的伪命题根据现有的线索思考那么答案就很明显是生物兵器、人体改造！组织覆盖很广国外也有支部，其行迹神秘同时还干预国政，如果只是一般也犯不着那么拼，除非是个跨越世纪惊天野心的大计划，这也响应了那句"我们即是上帝也是恶魔"。灰原的父母是科学狂人，才华不必说可有些行为在现今科学界未被认可（违反自然打破常规）后来无意中接触组织，研究和想法打动了组织高层，在其资助下开始了研究，随着不断研究二人与组织的分歧不断扩大以致决裂，但组织绝不会让他们停止然后离开，从看到他们的研究时组织已经有了自己的计划，甚至以此勾画了"美好"的蓝图。后来在他们夫妇失踪以后，组织又胁迫灰原姐妹继续研究。因为计划庞大，不止要强大的科学技术还要科技技术相补助，也就是为什么后期要找那些厉害的电脑程式技术员。可能越往后作者的精力也开始跟不上，但又想设定一个庞大世界观，所以导致内容也开始两极分化有种朝生化和高达的方向走。不过还是期待，因为柯南是我第一个影响深刻的人物我一定会等到结局！
风华盛代
想要制造长生不老药！因为小哀的父母（原制造者）当时给小哀的留言说明他们是自愿的并且很希望成功同时说明制造的是好药但是是禁药！而且试吃的人一般死了，但是有三人没死，但是他们都是变小（年轻）了，说明那些黑暗组织可能想制造长生不老药，或者与不老或长生有关联的某种药！
任融梦影
琴酒应该是拿柯南试药，以为柯南被灌药后会死，但是没想到，居然变小了，幕后以琴酒为代表的黑暗组织，应该是那种拿人钱财替人消灾的组织，只不过，干的都是刺杀政府要员这种勾当
