明末清初是一個災禍肆虐、人禍橫行的混亂時代，這邊李自成率領大順軍剛滅了崇禎皇帝，那邊又與滿清爆發了山海關之役，結果大順軍戰敗，吳三桂引領清軍將李自成從北京驅逐。李自成作了幾天皇帝夢，被迫從北京撤出，計劃退居西安再圖發展，不料滿清八旗兵與歸降明軍對他的追擊非常瘋狂，逼得李自成只得率大順軍主力退出西安，轉戰於藍田、商州、內鄉，最後抵達至荊襄一帶堅持戰鬥。在邊打邊走的過程中，李自成計劃與張獻忠部會師於武昌，然後引兵向南、合力抗清。可惜，另有打算的張獻忠早有自己的打算，退居四川另圖發展了。李自成無奈只得在武昌對大順軍進行整編，重新設置48部，將原來集中作戰方式改為分散流動作戰。
大順軍整編完成後，又轉戰至咸寧、崇陽、通城一帶。不久後李自成在通城九宮山遭村民誤殺身亡。那麼，李自成死後，他遺留下來的數萬大順軍結局怎樣，他們和鄭成功收復臺灣有什麼關係嗎？
隨著崇禎帝和李自成的相繼去世，全國政治勢力的鬥爭逐漸從農民階級和地主階級的矛盾轉變為滿漢之間的民族矛盾。被打敗的大順軍和偏安殘喘的南明政權迫於滿清的軍事壓力開始聯合抵抗清軍，李自成的侄子李過（後更名為李錦），成為大順軍的新領導人。應該說此時大順軍與南明政權的合流既是形勢所迫，也是民族矛盾的驅使，是雙方的明智選擇。但雙方真正合作之後，南明弘光政權卻有人不能忘掉大順軍推翻明朝統治的仇恨，於是，在合作過程中，他們一面利用大順軍對抗清軍，一面希望借刀殺人。可惜，弘光政權這種損人害己的做法，最終遭到報應，很快就被殘暴的清軍剿滅。
弘光覆滅後，又出現了南明隆武政權，大順軍繼續與隆武政權合作，隆武政權雖然也與大順軍有嫌隙，但他們知道雙方合作抗清的重要性，所以聯盟誠意更強一些。隆武政權改編大順軍為忠貞營，並令李過改名為赤心，高一功改名為必正，郝搖旗改名為永忠。脆弱的隆武政權在鄭芝龍降清後很快瓦解，大順軍和大西軍又聯合南明永曆政權抗清。
南明永曆政權對大順軍也有些許顧慮，所以他們要求李過（李錦）的家人作為人質，隨永曆帝行動。李過的家眷除了婦幼之外，還有少量護駕的大順將士隨護，後來有的人還擔任了永曆帝的偵騎兵。永曆帝被吳三桂用弓弦勒死後，其身邊隨行的人，有少部分返回，其餘多數都留在了緬甸邊境地區。據說，現在緬甸果敢地區的果敢族就是當年永曆帝隨從者的後裔。另外，有學者從李過（李錦）後人的保存的《李錦家譜》及口傳資料證實說，李過受李自成之命領軍，後從雲南迴歸陝西米脂的途中隱居到了陝西富縣太平村。但仍有一些李自成的其他後人留在雲南，如雲南騰越就有李自成族人後裔，雲南彌勒亦有李自行後裔，還有李自綱之墓，貴州畢節亦有李自成家族的後裔，這些印證了大順軍西路軍曾聯明抗清的事實。
從南明的史料記載看，大順軍確實在抗清鬥爭中起到過重要作用，並真心支持南明永立帝朱由榔政權，只是難以得到南明政權的真正信任。在抵抗清軍的前線，南明湖廣總督何騰蛟將大順軍的荊夔十三家軍分散安置在湖北和湖南，混編到南明軍中，使得原本軍紀頗好的大順軍逐漸沾染了明軍腐化的作風，期間雙方還時有摩擦發生。後因李過、高一功退隱，大順軍由李過義子李來亨任主帥率領，轉戰於鄂、湘、陝、豫、川一帶。永曆十七年（1662），永曆政權潰敗後，郝搖旗被清軍擒獲害死，劉體純與清軍苦戰力竭自殺，最後只剩下李來亨率領的五萬人據守於大巴山脈茅麓山寨抗清，最後在內奸出賣下，被清軍攻破山寨，全家自焚而死。餘下三萬大順軍隱退四處，繼續堅持抗清鬥爭。
李來亨死後，在大陸上抵抗滿清的正規軍幾乎殆盡，殘餘的大順軍只得分散主力，與逐漸興起的鄭成功部結盟。這樣，鄭成功的隊伍慢慢成了抗清的最後力量。史載，鄭成功聰明睿智、意志堅強，但有時處事過於自負、剛愎自用，導致李定國希望與其共同發起的廣州會戰失敗。後期，迫於清軍的壓力和抗清的總體形勢，鄭成功決定退居臺灣保存實力，以解決幾十萬兵馬的糧餉物資供應。
其實，鄭成功與其父鄭芝龍早年間就與臺灣有過聯繫，明朝天啟年間，鄭芝龍曾派人屯駐於此，後因其投靠滿清，才放棄了臺灣。十七世紀初，荷蘭人發現臺灣無人控制，便趁機佔領臺灣、澎湖等地。期間，鄭成功曾試圖派少量人馬收復臺灣，但由於荷蘭人駐守堅固，無法攻克而沒有拿下臺灣。後因形勢所迫，鄭成功決定舉全軍之力攻打臺灣。據荷蘭與中國史料記載：當時攻打臺灣的先頭部隊有很多北人，他們不是江南人，也不是鄭成功的水兵，戰術多采取大順軍的人海戰術和前後三排橫隊攻城戰術。所以有學者猜測，當年鄭成功打臺灣的攻城部隊中，有不少陝西等地的北方人。
進入新世紀後，有臺灣學者發現，在臺灣彰化縣秀水鄉有一所名為陝西國立小學的學校。據調查，這所學校所在的陝西村村名已沿用三百餘年，其住民的祖上都是早年追隨鄭成功攻打臺灣的陝西人，村民的祖墳有很多墓碑落款都清晰地刻有祖籍陝西的字樣，應該是鄭氏父子統治臺灣時所立。據調查，該村原住民有張、吳、林、李四戶大姓，都自稱陝西長安人。另據觀察陝西村人的面向，很多都明顯地體現出陝西關中人下顎寬厚、形體高大的體貌特徵。
由以上分析可見，李自成死後，數萬大順軍呈現了逐漸減員的狀態，有戰死的，有逃亡的，還有一些分散到一些偏遠地區改頭換面的，最後就只剩一些追隨鄭成功赴臺灣的大順遺兵了。這支當初顛覆了明王朝的農民起義軍，怎麼也想不到最終會流落到寶島臺灣，併成為那裡的永久住民！
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