火影连载时出现过一些出人意料的剧情，而且剧情发生之后，后续的剧情变化也有些让人感到疑惑，岸本总是不按套路出牌。
1.雷影断手
四代雷影刚出场的时候展现出了强者风范，特别是他那一身的肌肉，给人一种战无不胜的感觉。佐助偷袭五影会场的时候，四代雷影跟佐助开战，却主动放弃了一只手：
岸本或许想要展现四代雷影的鲁莽性格以及不计后果的强势，但最终给人的感觉却很蠢。当时很多人以为四代雷影的手臂能再生，结果并不能，他是真的想以一只手臂为代价攻击佐助……关键是佐助也没有被打死啊！身为雷影，如果每次战斗都抱着这种心态，实在难以想象。
2.大蛇丸投诚
大蛇丸是火影忍者前半部里最大的反派BOSS，暗杀了四代风影、三代火影，即便失去了双手的灵魂，也依然强大到让人恐惧。这样一个反派，竟然在后期直接投诚了：
原因是后期出现了太多的反派，比如宇智波斑、宇智波带土、还有计划中即将登场的辉夜，大蛇丸已经没有空间来展现自己，岸本就干脆让他改邪归正了。大蛇丸给出的理由是自己已经看清楚了应该怎么做，这几乎等于什么都没说，太牵强了，引起了很多大蛇丸粉丝的不满。
3.辉夜出现
说到辉夜，这个角色的出现也大出观众们的意料。在火影前中期，辉夜这个角色是根本不存在的，没有任何伏笔或者设定提到过有大筒木辉夜这个名字。
到了后期，岸本临时加入了辉夜的设定，还强行把六道仙人命名为大筒木羽衣来丰富辉夜的人设，但谁也想不到，火影最终BOSS竟然会由这个根本没有任何铺垫的角色来担任。当时几乎所有人都认为六道斑就是最后的敌人了。
4.鸣佐之死
岸本是很喜欢玩假死这个桥段的，宇智波鼬、宇智波斑、干柿鬼鲛都有假死的剧情，不过鸣人和佐助两个男主角假死，却是很多人都想不到的。
后期为了凸显出宇智波斑的强大，岸本让斑直接杀死了佐助，还抽出了鸣人体内的九尾，火影两大男主角同时陷入死亡危机。这一手法倒是十分有效，很快便吸引了大批火迷的关注，很多早已弃坑的火迷听到这个消息也回归了，想要看看岸本怎么画死两大男主的……
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