清康熙二年（1663年），清军攻打厦门、金门二岛。先是郑成功之子郑经撤走了所有的守军和家眷；接着清军大肆屠戮，把岛上夷为平地，剩下的百姓全部内迁。道光《厦门志》记载说：“冬十月，官军大搜两岛，墟其地而还”“凡庵观庙宇神佛诸像俱被损坏，以为鬼也”。岛上南明之“旧将、残兵、官员、绅士无船可泛海者，或投诚、或逃遁，流离失所，死亡殆尽”，尚有数十万遗民，“多遭兵刃”，活着的被强迁界内。一时间，“男妇系累，童稚成群，若驱犬羊，连日不绝”。当时，清廷与占据台湾的郑成功集团对峙，为了断绝据守海岛的郑军给养渠道，下旨海禁迁界，将东南沿海的居民集体内迁到海岸线30里以内，称迁界。直到 1681年，清廷取消迁界令，百姓得以重返家园。此后近20年的时间里，厦门岛是一片荒无人烟的废墟，民谚称“嘉禾断人种”。厦门的历史像被一把快刀无情腰斩。20年的空白，足以斩断一座城市的过去和未来。所以我们说厦门的最近一次诞生，是1681年。到了民国初年 （1913年），厦鼓人口发展到11万，拥挤在鼓浪屿和厦门岛西南角，两地隔鹭江相望。渔民聚居在沙坡尾和筼筜港附近，岛内大部分地区还是稻田和乡村社会。1949年，厦鼓二岛人口20万，1980年为49万，2009年达到120万。短短一甲子，人口净增百万。一座小城市迅速成长为大城市。
清廷迁界时，意大利派往中国的传教士利胜往返金门尧、厦门两地照顾遭劫教徒，得以目睹了此项野蛮政策带来的巨大破坏性, 并将其见闻写入书中。依照利胜的记载，清军烧毁了一切， 冲天的大火持续了数周，厦门城甚至三天都不见太阳。
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