《孔子世家谱》是孔氏家族的总谱，传统谓之“大谱”，以其历时之久、纂辑之广而被誉为谱牒之冠，成为世界上连续传承时间最悠久、记录最完整、资料最详谨、内容最广泛的家族谱牒。2005年，更被吉尼斯世界纪录列为“世界最长家谱”。
民国《孔子世家谱》
历史上，早期的孔子后裔情况可散见于各种史籍及孔氏著述。如《左传》、《史记》、《汉书》、《后汉书》、《后汉书》李贤注、《南史》、《宋书》、《晋书》、《元和姓纂》、《新唐书·宰相世系表》等书，以及曾被裴松之《三国志注》、刘义庆《世说新语》所引用的《孔氏谱》和唐黄恭之《孔子系叶传》，是谱今已亡佚。除此之外，孔氏家学著作《孔子家语》、《孔丛子》、《连从子》也记有孔氏早期世系的传承情况。
历史上这种最初的孔氏谱牒创建于何时、又由何人所编纂，由于年代久远，后世已经无可考辩，但孔氏家传古谱的最初样式，当是仅记录宗子一系。所以至北宋神宗时，孔子第四十六代孙孔宗愿，感慨“吾族家谱，但次承袭一人，疏略之敝，识者痛之”，于是其搜集史料，支庶兼采，汇集成册，于宋神宗元丰八年（1085）首创历史上第一部孔氏阖族修谱，以“用广流传”。家之有谱，犹国之有史。自此以后，历代续修不止，遂蔚为大观。
自孔宗翰《元丰谱》（又名《阙里谱系》、《阙里世系》）之后，孔氏谱牒虽增修不断，但此后直至明弘治二年（1489）四百余年的时间内，未见有孔氏增修阖族通谱的历史记录。明弘治二年，孔子第六十一代孙、代袭衍圣公孔弘泰，率族人孔承懿续修了谱牒，名曰《孔氏新谱》，并制定了甲子年（六十年）一大修、甲午年（三十年）一小修的修谱制度。明天启二年（1622），六十五代衍圣公孔胤植又主持大修了孔氏宗谱，在此之前的孔氏谱牒均延续的是手抄形式，难以传世，故此次修谱首次采用了刊刻的形式，同时还规定了此后小修则书之，大修则刊印的制度。每三十年的小修，仅作登记，以俟大修。《天启谱》以后，孔氏谱牒又分别经历了《顺治谱》、《康熙谱》、《乾隆谱》、《民国谱》、以及距今最近的2009年修谱。孔氏谱牒虽经历史上多次增修，但保存至今的却仅有天启、康熙、乾隆、民国四部而已（不计2009年新谱），其中，《天启谱》还是残卷。
康熙《孔子世家谱》
《天启谱》：明天启二年（1622），六十五代衍圣公孔胤植主持大修孔氏谱牒，时主要纂修人为孔弘颙、孔弘颢等人，定名曰《孔氏族谱》。是谱共八卷，计刊印九十八部，由衍圣公孔胤植作序。
《顺治谱》：清顺治十年（1653），六十六代衍圣公孔兴燮主持大修《孔氏族谱》二十三卷。是谱今已亡佚。
《康熙谱》：清康熙二十一年（1682），六十七代衍圣公孔毓圻主持大修《孔氏族谱》，历时三年而成。此次修谱时，七位纂修人之一的孔尚任认为，始祖孔子被誉为“素王”，司马迁编撰《史记》的时候早就将孔子列入诸侯一级的“世家”，因此倡言更名为《孔子世家谱》，这个建议得到衍圣公孔毓圻的批准，自此孔氏谱牒始定《孔子世家谱》之名。是谱凡二十四卷，共刊印一百部，孔氏大宗主、衍圣公孔毓圻作序。同时，在此之前的孔氏谱牒只收录曲阜一带的六十户，但孔氏后裔在历史上却徙出者众多，这次修谱还特撰《流寓记》，罗列了一些当时能够寻访得到的外地族人。
《乾隆谱》：清乾隆九年（1744），七十一代衍圣公孔昭焕主持增修《孔子世家谱》，时主要纂修人由孔传斌、孔继汾等二十四人组成。是谱计二十四卷，刊印一百二十部。由于此次修谱时恰逢清廷文字狱之时，触犯颇多，嗣后又于乾隆四十七年（1782）作了改刊。改刊本减至二十二卷，共刊印一百六十五部。
《民国谱》：民国十九年（1930）十月，七十七代衍圣公孔德成主持增修《孔子世家谱》，修谱人员由孔传堉、孔繁朴、孔广彬等六十六人组成。是谱历时七年而成，于民国二十六年（1937）十一月告竣，计四集、一百零八卷、一百五十四册，铅印，孔氏大宗主孔德成为之作序。这次大修，也是自乾隆九年（1744）以来，《孔子世家谱》近二百年以来的首次大修。这次修谱的一大变化是在遵守祖制严“内、外”孔之别的前提下，突破旧例而改成了全国谱系，属于孔氏有史以来规模最大的一次的阖族大谱。
2009年新修《孔子世家谱》颁谱现场
《2009年谱》：1996年10月2日，孔德成先生之堂弟孔德墉赴台拜见孔氏大宗主孔德成先生，依照历史惯例向孔德成先生申请续修《孔子世家谱》，获得孔德成先生的允准和授权。1998年3月，孔德墉在香港注册成立《孔子世家谱》续修工作协会，由孔德墉任会长。2009年9月24日，历时十年的《孔子世家谱》续修告竣，于曲阜孔庙大成殿前举行了颁谱典礼。 2009版《孔子世家谱》共搜集140多万孔子后裔资料，再合《民国谱》所录后裔，新谱总人数近200万。此次增修，首次跨越性别、民族与地域，收入了女性、少数民族、港澳台及海外孔子后裔。
孔氏谱牒不但起到了凝聚孔氏族人、实现儒家教化的历史作用，更成为中国谱牒文化的最佳典范和传统文化的有益补充。纵观不同历史时期的孔氏谱牒，无论是从内容到体例，均是由简单粗略渐次充实完善的发展过程，以致成为今日详尽完备的煌煌巨著，不愧为世界谱碟之冠。就历史情况来看，早期的孔氏谱牒基本都是个人所为，而且衍圣公也鲜见参与者。其间仅见五十一代衍圣公孔元措作《孔氏祖庭广记》、五十四代衍圣公孔思晦立《中兴重立孔氏宗支图》。后世随着衍圣公政治地位的逐步提高、和孔氏宗族规模的日益扩大，自明朝弘治时期开始，续修工作不仅由衍圣公亲自主持，而且还要专门成立谱局，使孔氏谱牒续修工作逐步完成了组织化和制度化的转变。孔氏修谱时，大宗主要先行条规、榜示，开明修谱事宜，及公布鉴定（总裁）、监修、提调、掌收、编次、校阅、誊录、收发、供应、督刊等修谱组成人员，并制订统一的格册和修谱誓词。开始修谱，要择日告庙，并预备公筵，凡参与谱事者，届期毕集。谱成后也要举行告祭仪式，新谱须由衍圣公钤印，方可颁发。旧谱则同时收回，进行瘗埋。单就历史来看，弘治时期制订的六十年一大修、三十年一小修的制度，虽然其后并没有完全遵守这一规定，但只有衍圣公才有发起续修家谱的资格，已经成为历史惯例和孔氏定制。2012年10月，在最新一次修谱机构的基础上，又成立了《孔子世家谱》常态化续修工作协会，由孔子第七十九代嫡孙、大成至圣先师奉祀官、孔氏大宗主孔垂长先生出任会长，孔德墉担任执行会长，从而使孔氏谱牒的续修工作进入了一个新的历史时期。
除孔氏阖族的大谱《孔子世家谱》之外，历史上由于孔氏后裔族属繁衍，人丁众多，且迁徙外地者甚广，其各支派也均有支谱（或小谱）的修撰。各地支谱的增修，也须由孔氏大宗主衍圣公的批准，并经衍圣公钤印后方可成立。正是藉以这种方式，孔氏大宗主得以完成《仪礼》所说的“合宗收族”，同时，各级官府也主要根据孔氏大宗主衍圣公钤印的有无，来判断是否给予其优免徭役的待遇，从而完成历代政府优礼圣裔的目的。
除各地小宗支谱外，孔氏大宗同样也自有大宗支谱。孔氏大宗自乾隆二十八年（1763）由孔子六十九代孙孔继汾与其侄孔广柞始修大宗户谱《东家嫡系小谱》十卷外，后经乾隆三十九年、嘉庆元年、道光三年、道光二十三年、同治十二年又数修《孔氏大宗支谱》。
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