糞便（雞糞、豬糞、牛糞、羊糞等）含有豐富的氮、磷、鉀等養分，而且富含有機質，是培肥改良土壤的優質有機肥資源。但如果直接施用鮮糞便，會產生作物傷根、病害、草害等負面影響；如果按傳統自然堆漚發酵，也存在不可避免的幾個弊端。
傳統糞便堆漚的缺點與問題
1.堆漚時間長，一般需要4-6個月，氣溫低時時間更長，而且堆漚發酵效果差；
2.長期堆置既佔場地，又對周圍環境造成汙染；
3.自然堆漚發酵的糞便呈爛溼狀、惡臭，難以運輸，也很難直接施用；
4.自然堆漚發酵不能很好地清除糞便裡的病原菌、蟲卵等有害物質。
益生菌發酵有機肥的作用
益生菌含有大量的功能性菌群（光合細菌、乳酸菌、酵母菌等多種複合菌群）及其代謝產物，具有加速分解轉化糞便物質的作用，能夠提高發酵轉化率，縮短髮酵時間，提高發酵效果，減少甚至消除發酵過程中的惡臭問題，減輕環境汙染，而且益生菌能夠殺死或抑制糞便中病原菌及蟲卵的生長與繁殖。
益生菌發酵有機肥指導
需要注意的是，用戶為了增加有機肥養分含量（例如磷、鉀等養分含量），希望能將化學磷肥和鉀肥添加入原料中一起發酵，這種方法不僅會因為化肥加入降低微生物發酵作用影響有機肥質量，而且發酵過程中會造成化肥養分的損失，因此不建議在發酵有機肥時添用化學肥料，除非是C/N比值過高的原料發酵可適當添加1-5%的尿素。
若想增加發酵後的成品有機肥養分，可在有機肥充分腐熟發酵成功後，向有機肥中添加需要比例的化學磷肥和鉀肥後，再裝袋包裝即可，一般添加量也不可超過有機肥的10%。
簡易田間堆置或有機肥廠水泥地面發酵
按照1噸原料的具體操作步驟：
1.製備如金益生菌激活液，按照如金益生菌原液：營養劑：水=1：1：8的比例，配製10公斤益生菌激活液，取5公斤使用。具體配製為：先用少量熱水將1公斤營養劑溶化，然後加涼水將溫度降至30-35℃，倒入如金益生菌原液1公斤，加足水量攪勻。
2.製備“混合稀釋液”，將上一步得到的5公斤益生菌激活液倒入100-150公斤水中（用水量視原料乾溼而定，控制堆制時含水量在40-50%即可），注意水溫不得超過30℃以上。
3.將1噸糞便原料與秸稈等配料及腐殖質混勻，直接在地面堆制，一般堆成梯形，高不超過1.5米，堆底寬不超過5米，噴灑如金益生菌“混合稀釋液”，攪拌均勻，控制含水量在40-50%，進行幾天好氧發酵至料溫達到40-50℃時（一般夏天2-3天，春秋天5天左右），堆垛壓實，用塑料布或防雨布密封（周圍要壓實防漏氣）進行厭氧發酵。
特別提醒：
（1）應根據原料的溼度調節加水量，較干時，配製“混合稀釋液”時多加水，反之用水量減少；噴灑“混合稀釋液”時也應注意可分幾次噴灑，防止一次噴灑水分過多。
（2）密封發酵。厭氧發酵時，如密封不嚴，易進入空氣引起高溫，影響有機肥質量。
4.倒堆：由於堆表面和堆內溫度不同，發酵腐熟程度不同，應適時倒堆。倒堆次數應由堆內溫度高低決定，一般從堆制開始，到堆內溫度達到60-65℃時為宜。必須嚴格控制溫度，當堆內溫度超過70℃時，說明堆內缺水，應及時進行補水倒堆，繼續進行發酵腐熟；當堆內溫度不足40℃，說明堆內水分過大，也應進行倒堆來降低水分，倒堆次數一般不低於2次。
5.發酵時間與溫度。一般發酵時間為春秋季20-25天，夏季15-20天，冬季30-40天。發酵的最適宜環境溫度為25-35℃。
6.發酵完成標準。發酵好的堆肥氣味為有曲香味而不臭。
益生菌發酵有機肥的應用效果
益生菌發酵豬糞縮短髮酵時間效果
使用益生菌發酵豬糞時間為，春秋季20-25天，夏季15-20天，冬季30-40天，與傳統豬糞+秸稈發酵相比，能縮短5天以上，比傳統鮮豬糞堆漚能縮短10-30天。
益生菌發酵豬糞提高有機肥養分含量和微生物菌數效果
使用益生菌發酵豬糞後，其有機質、鹼解氮、速效磷和有效鉀含量都明顯提高，增加比例分別為17%、28%、18%和22%。
另外，使用益生菌發酵豬糞後，獲得的生物有機肥中有效功能活菌數（cfu）可達到0.25億/g以上，國家生產標準為有效活菌數（cfu）不低於0.20億/g。
益生菌發酵豬糞增進土壤肥力效果
與施用傳統堆漚的豬糞相比，用益生菌發酵的豬糞基施改土後，土壤pH可降低0.25個點，緩解土壤pH過高問題，調整率為3.36%。
施用益生菌發酵的豬糞後，土壤有機質、全氮、速效磷和有效鉀含量都明顯提高，增加率分別達4.49%、5.51%、25.8%和1.4%。
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