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本次機構改革，提出要將行政職能迴歸行政機關，根據農業綜合開發辦的主要職責，基本上可以界定為這個單位為承擔行政職能的事業單位，因此也將納入改革範圍。
【1】縣級農業綜合開發辦的主要職責
縣級農業綜合開發辦公室是根據國家農業開發要求，負責全面貫徹執行國家和省、市農業綜合開發的方針、政策，落實項目和資金管理制度；研究制定全縣農業綜合開發規劃、計劃和項目管理辦法；編制全縣農業綜合開發中長期發展規劃、年度項目計劃；加強宏觀調控，引導全縣農業綜合開發健康發展等等。
【2】縣級農業綜合開發辦的大體情況
縣級農業綜合開發辦一般作為事業單位設置，多數設在縣財政局下面，少數設在縣農業局下面。機構級別有的為正科級，有的為副科級。多數的縣級農業綜合開發辦都進行了參照公務員法管理，人員為參公管理人員。根據幹部人事相關制度，參公人員既可以流動到行政機構，也可以流動到事業單位。
【3】縣級農業綜合開發辦的改革方向
本次機構改革，要求對承擔行政職能的事業單位進行改革，縣級農業綜合開發辦一般屬於這類事業單位，所以也會納入改革範圍。改革主要有幾個方面：職能方面，現在承擔的行政職能，要分別劃入農業局和財政局機關。機構方面，行政職能劃轉之後，職能不飽滿的或將撤銷，公益職能依舊飽滿的繼續保留為公益類事業單位。人員方面，根據機構變化情況，機構撤銷的，有可能併入農業局、財政局機關或者劃轉至其他事業單位，機構繼續保留的，可能繼續留在公益類事業單位。
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在已經組織實施的省市縣三級《黨政機構改革方案》和承擔行政職能的事業單位《改革方案》中，明確將農業綜合開發辦公室整合到農業農村局，撤銷單獨設立的農業綜合開發辦公室，和農業農村局合署辦公，或者成為農業農村局的內設科室、股室。最早進行的部委黨政機構改革中，也是將原財政部的農業綜合開發項目管理職能整合到農業農村部，省市縣改革，實現了全國上下相關職能對應統一，有利於農業綜合開展項目管理和監督。
縣級農業綜合開發辦公室基本都是參公事業單位設置，按照“編隨事走、人隨編走”的原則，原農業綜合開發辦公室基本上都是連人帶編，隨職能整合到農業農村局。部分參公人員，可隨職能整合到農業農村局機關，使用行政編制，過渡為公務員身份。由於行政編制短缺，大部分人員，只能保留參公身份與待遇，分流到其他事業單位，包括保留在財政局下屬事業單位，或者整合到農業農村局下屬事業單位。
真寧腔調
在今後的農業綜合開發實踐中，農業綜合開發工作要圍繞一箇中心、兩條主線，三個創新來開展。一箇中心，就是現代農業建設，農業是基礎產業，沒有農業的現代化就沒有經濟發展的現代化。兩條主線，就是以建設高標準農田建設為主線，切實加強農業基礎設施建設，提高農業生產條件 ；以發展農業產業化、規模化為主線，轉變農業發展方式，全面提升農業經濟質量。
三個創新
就是創新資金管理規模，進一步提高項目資金效益和安全 ；創新項目管理模式，進一步提高項目管理水平；創新項目規劃模式，實現土地治理項目和產業化經營項目的有機結合，實現土地治理項目與新農村建設的有機結合。
實現四個轉變 ：由傳統的農業綜合開發理念向現代農業的綜合開發轉變 ；向以人為本，因地制宜規劃項目轉變 ；向生態農業、可持續農業轉變。由單純追求經濟效益向經濟效益、社會效益、生態效益共同提高轉變。
小光講農業
縣級農發辦機構、歸屬情況複雜，有的歸財政局、有的歸農業局、還有政府直屬，不過大部分都是事業單位，名稱有的是局、辦，還有中心。財政管錢不能管項目，項目管理職能應該放到農業部門。至於人員問題，一個字“亂”，都是財政全額單位，去哪也開工資，不存在下崗問題。
2011240180
應該會全部合併到農業農村局，原來農田項目是多龍治水，財政、水利、國土、農業等部門都有噴灌，打井等項目，這回改革全部納入到農業農村部的管理範疇。
但是估計縣級改革應該會有1年左右的調整期，畢竟編制，領導職數會重新核定。
