顺治元年（1644年）十二月，清军出击潼关，李自成军列阵迎战，清军因主力及大炮尚未到达，坚守不战。顺治二年（1645年）清军以红衣大炮攻破潼关，李自成采取避战的作战方式，经邓州、襄阳，入湖北，“声言欲取南京，水陆并进”，试图与武昌的明朝总兵左良玉联合抗清，左良玉东进南京去南明朝廷“清君侧”征讨马士英病死途中。四月李自成入武昌，但被清军一击即溃。五月在江西再败，后在湖北通山县南九宫山，带着少数人马的李自成与忠于明朝的农民程九伯肉搏，一度坐在后者身上，但李的刀被血渍和泥水黏在刀鞘里，程的伙伴就用铲子攻击李自成的头致死，尸首不知何处。《绥寇纪略》则记载李自成在通城县九宫山上的元帝庙内，被乡民用锄头打死。自成战死后，农民军悲怒交集，立即扫荡九宫山区，对当地民众予以报复性打击。李自成死后，其余部不下四、五十万人，分两支进入湖南。一支由郝永忠、刘体纯等率领抵达湘阴，共十余万人；一支由高桂英( 李自成夫人 )、高一功、李过率领抵达常德，约三十万人。”吴三桂为了斩杀高桂英，进入澧州境内后，见人就杀，见屋就烧，甚至跳入池塘，躲在荷叶下的人也都被其部下照荷叶一刀，不能幸免，尽遭涂戮；复兴场、谢家塔等集镇都被焚烧殆尽，谢家塔则烧了七天七夜，依然余火不灭。然而，《明史》却记载，李自成死于湖北通城（不同于通山）。大顺军余部称李自成为先帝，其妻高氏为太后，李锦推举李自成三弟李自敬为首领。
另说李自成兵败后脱逃，在湖南省石门县夹山寺削发为僧，名奉天玉和尚，至康熙十三年（1674年）圆寂于该寺。又说李自成隐居到甘肃兰州青城。何璘《书李自成传后》曾记载：“李自成实窜澧州。因旁询故老，闻自成由公安（今湖北省公安县）奔澧（今湖南省澧县），其下多散亡，至清化驿（今澧县境），随十余骑走牯牛坝（今临澧县境），复弃骑去，独窜石门夹山寺为僧，今其坟尚在云。”《湖南通志》载，何璘号十樵，系宛平举人。在乾隆十一年（1746）调任澧州知州，因修澧志，得九溪卫教授孙某所告，谓石门夹山寺已故和尚奉天玉即李自成，经过一番实地考察和考证，撰写《书李自成传后》一篇，以纠正《明史》李传所记。根据湖南常德人周新国、周波所著《武陵藏珍-沅澧流域历史文化图说》一书及书中收集到的流散在澧水流域的文物说明，何璘所记“李自成禅隐夹山寺”应是可信的。1981年考古工作者在石门夹山风景区夹山寺清理了奉天玉大和尚墓，经专家考证奉天玉大和尚即为李自成，并在墓葬的基础上修建了一座陵园。1993年10月28日全国李自成学术研讨会在石门召开，会上肯定李自成兵败禅隐夹山寺，化名奉天玉，并圆寂于此。
但后来也有文章指称，1979年后通山与石门两地相互争夺李自成安葬地，是经济利益所致，其论据也是以此为目的编造而成。另有一说是奉天玉和尚比较可能是李自成的弟弟李自敬。
湖北省东南的通城县和通山县各有一座九宫山。《明史》、《乾隆御批纲鉴》、《绥寇纪略》皆记载李自成死于通城县。1955年，通城县重修李自成墓，郭沫若题写墓碑。通山县一名教师引当地程氏族谱，得出李自成死于通山县九宫山的说法。此说，得到郭沫若在内的众多学者支持。郭沫若声明注销原题词，迁移墓碑。目前中国大陆主流观点认为李自成被杀于湖北省通山县九宫山。在通山县九宫山牛迹岭的一处清代无名墓葬，被认为是李自成墓或李自成部将墓地。1988年，列为第三批全国重点文物保护单位。
《明季北略》持此说法。丁玲自称李自成后人，也持此说法。
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