1、作用和使用期不同
波爾多液是一種保護劑，一般在果樹萌芽前使用，主要以預防病菌侵染危害為主，而石硫合劑是一種即可殺菌，又可殺蟲的優良藥劑。一般於病害開始時使用，或在蟎類、介殼蟲、蚜蟲類發生期使用。
2、兩者各自配方不同
波爾多液是由硫酸銅、生石灰和水配製而成，其劑型有等量式、半量式和倍量式3種。其硫酸銅、生石灰和水比例分別是1:1:100、05:1:100、2:1:100.果樹上一般使用倍量式，既硫酸銅、生石灰和水比例是2:1:100，施用時無需再稀釋。石硫合劑是由硫磺粉，生石灰和水配製而成的，其配方是：硫磺、生石灰和水，比例為2:1:10—15，使用時可根據具體情況稀釋。
3、兩者對貯藏的要求不同
波爾多液隨配隨用，不能久存。因為硫酸銅與生石灰髮生化學反應，生成硫酸鈣和氫氧化銅沉澱，影響防病效果。而石硫合劑可貯藏在陶瓷壇內，在其表面滴灑一層廢機油作保護層，加蓋密封能存放15—20天。
4、兩者各自配製方法不同
波爾多液只要先把硫酸銅溶解於水，而後倒入乳化好的生石灰中攪拌均勻，濾去雜質即可使用。而石硫合劑則應熬煮。熬煮方法是：先用水把生石灰溶解，加水煮沸，然後慢慢加入調勻的硫磺粉，邊加邊攪拌，直煮至藥液由淡黃色變為褐色，再轉至深赤褐色為止。值得注意的是，煮熬時間不宜過長，以免降低藥效。熬製時不能用銅鍋，應用生鐵鍋。
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