九江之稱，最早見於《尚書·禹貢》中“九江孔殷”、“過九江至東陵”等記載。九江稱謂的來歷有兩種，一是“九”為古代中國人認為
九江區劃
的最大數字，“九江”的意思是“眾水彙集的地方”，“九”是虛指；二是“以為湖漢九水（即贛江水、鄱水、餘水、修水、淦水、盱水、蜀水、南水、彭水）入彭蠡澤也”，即九條江河彙集的地方，“九”是實指。長江流經九江水域境內，與鄱陽湖和贛、鄂、皖三省毗連的河流匯集，百川歸海，水勢浩淼，江面壯闊。[1]
夏、商時期，九江境地分屬荊州、揚州；春秋時分別屬吳國、楚國，有“吳頭楚尾”之稱；戰國時多有變更：周元王三年（前473），越滅吳，屬越；周顯王三十五年（前334），楚敗越，屬楚。[1]
商代設艾侯國，建都於修河上游，所轄範圍大致為今修水、銅鼓、武寧、永修一帶；武王克商後，除艾侯國，設艾監。春秋後期至戰國期間，在分封諸侯國之外，出現了縣邑，江西境內有番（pó）、艾2邑，其中艾邑轄區範圍大致與艾侯國、艾監相等。[1]
秦王政二十四年（前223），秦滅楚，以其地設3郡，其中九江郡轄區範圍包括今江西大部，郡治設在壽春（今安徽壽縣）。[1]
漢高帝六年（前201），設豫章郡，治南昌；領縣十八，九江境內有五，依次為：第三彭澤（治今彭澤西南，包括湖口、彭澤、都昌及安徽東流一部）；第五歷陵（治今德安）；第七柴桑（治今九江西南，包括市區及九江、星子、瑞昌等地）；第八艾（治今修水渣津附近，包括修水、銅鼓2縣）；第十四海昏（治今永修東，包括永修、武寧、靖安、安義、奉新5縣）；第十六鄡陽（治今都昌南，包括都昌縣和波陽縣各一部）。同時，設立尋陽縣，治所在今湖北省黃梅縣西南，其江南轄區一部在今九江境內。永元十六年（104），分海昏設建昌縣。中平年間（184～189），分艾縣置西平縣；二年（185），析海昏、建昌置永修、新吳（今奉新）2縣。建安四年（199），析艾、海昏設西安縣。[1]
三國時屬孫吳，柴桑隸武昌郡，尋陽隸廬江郡。各縣分屬武昌（柴桑）、豫章（艾、海昏、建昌、永修、新吳、西安、彭澤）、鄱陽（鄡陽、歷陵）、廬江（尋陽）4郡。
西晉太康元年(280)，改西安縣為豫章縣。元康元年（291），分揚州之豫章、鄱陽、廬陵、臨川、南康、建安、晉安，荊州之武昌、桂陽、安成10郡為江州，治豫章（今南昌）。永興元年（304），分廬江郡尋陽縣、武昌郡柴桑縣合立尋陽郡，治尋陽縣（江北），屬江州。
東晉咸和年間（326～334），先後將尋陽郡治、尋陽縣治由江北遷至柴桑；鹹康六年（340），又將江州州治由豫章移駐尋陽。至此，州、郡、縣三級政權同治尋陽。義熙八年（412），尋陽郡改名為江州郡；省尋陽縣，併入柴桑。
南朝宋永初二年（421），廢鄡陽，併入彭澤縣。元嘉元年（424），廢歷陵，併入柴桑縣；二年（425），廢海昏，併入建昌縣。梁太清二年（548），分彭澤置太原僑郡，轄晉陽、和城、天水3僑縣及彭澤；分柴桑置汝南僑縣；尋陽郡治遷入湓城（今九江市區）。太平二年（557），分江州為二，立西江州，領尋陽及太原、高唐、齊昌、新蔡4僑郡。陳永定三年（559），置豫寧郡，治豫寧縣，轄艾、建昌、永修、新吳、豫寧5縣。天嘉六年（565），罷西江州，尋陽郡還隸江州。
隋開皇三年（583），彭澤易名龍城縣。九年（589），廢除梁、陳二代所設的僑郡、僑縣：廢太原郡，並晉陽、和城、天水、彭澤4縣為龍城縣；廢豫寧郡，並永修、豫寧、新吳、艾4縣入建昌；廢尋陽郡，並柴桑、汝南2縣立尋陽縣；十八年（598），改尋陽縣為彭蠡縣；龍城複名彭澤縣。大業二年（606），廢州設郡，形成郡、縣兩級行政建制；廢江州，改置江州郡；改彭蠡為彭城縣，隨後又改為湓城縣。三年（607），江州郡改為九江郡；復設豫寧縣。
唐初，江西地區屬江南道。武德四年（621），分湓城置潯陽縣；廢郡復州，江州領湓城、潯陽、彭澤3縣。五年（622），分湓城縣置楚城縣；割鄱陽縣雁子橋之南境置都昌縣；復置西平縣，與豫寧縣並存；設置浩州，轄彭澤、都昌、樂城、廣晉4縣；復置永修縣；析建昌設龍安縣（今安義境內）；八年（625），廢浩州，省樂城併入彭澤縣；廢湓城入潯陽縣。貞觀八年（634），廢楚城並潯陽縣。永淳元年（682），析建昌復設新吳縣。長安四年（704），析建昌置武寧縣。景雲元年（710），改武寧為豫寧縣。開元二十一年(733)，分江南道為江南西道，轄洪、饒、虔、吉、江、袁、信、信、撫8州、37縣，其中江州轄潯陽、彭澤、都昌3縣。天寶元年（742），改江州為潯陽郡。乾元元年(758)，確立州、縣兩級建制，改潯陽郡為江州。寶應元年（762），豫寧複名武寧縣。貞元十六年（800）分武寧建分寧縣。
五代南唐順義七年（927）升蒲塘場為德安縣。升元元年（937），析建昌、武寧、奉新置靖安縣；二年（938），升湖口戍為湖口縣。三年（939），江州設奉化軍；升赤烏場為瑞昌縣；改潯陽縣為德化縣。
北宋太平興國三年（978），升星子鎮為星子縣；七年（982），設南康軍，治星子，轄星子、都昌、建昌3縣。天禧四年（1020），分江南路為東、西二路，江州屬江南東路，轄德化、德安、瑞昌、湖口、彭澤5縣；改分寧縣為寧縣。開寶八年（975），江州降為軍事；寧縣複稱分寧縣。大觀三年（1109），江州升為望郡。
南宋紹興二年（1132），江州改屬江南西路；九江境內各縣隸屬：德化、德安、瑞昌、湖口、彭澤屬江州；星子、都昌、建昌屬南康軍；分寧、武寧屬洪州。建炎二年（1128），合江、池、饒，信4州為江州路。四年（1130），升分寧縣為義寧軍。隆興元年（1163），廢義寧軍，復為分寧縣。
元代行省下設路、州、縣。至元十二年（1275），於江州置江東西宣撫司；十三年（1276），改為江西大都督府，隸揚州行省；十四年（1277），罷江西大都督府升江州路，改南康軍為南康路，轄縣未變；十六年（1279），江州路改隸黃蘄等路宣慰司；二十二年（1285）復隸江西行省；二十三年（1286），於武寧縣置寧州，轄分寧、武寧2縣。元貞元年(1295)，升建昌為州，屬南康路。大德八年（1304），升分寧縣為寧州。至正二十一年（1361），朱元璋攻下江州，改江州路為九江府；改南康路為西寧府，次年改稱南康府。
明洪武初三年（1370），降建昌州、寧州為縣；九年（1376），改江西行省為江西等處承宣布政使司，全省分為5道、13府，其中九江道轄九江、南康、饒州3府；九江府轄德化、德安、瑞昌、湖口、彭澤5縣；南康府轄星子、都昌、建昌3縣；寧縣、武寧則屬南昌府，弘治十六年（1503），復升寧縣為寧州。正德十三年（1518），分建昌置安義縣，隸南康府。
清代，九江境內各縣隸屬仍承明制。嘉慶六年（1801），改寧州為義寧州。咸豐四年（1854），太平軍改湖口為九江郡，以九江府為江西省；太平天國失利後，清復原制。
辛亥革命後，廢除府制。1912年改義寧州為義寧縣。1914年，全省設4道，轄81縣，其中潯陽道轄20縣。同年，為避免道、縣同名，改德化為九江縣、義寧為修水縣、建昌為永修縣。1926年廢道，各縣均直屬省政府。1927年設九江市政廳，次年改稱市政府，1930年撤銷，併入九江縣。
1932年以後，江西省設行政督察區，其區劃變更頻繁，數量時有增減。以1935年全省設8個行政督察區，今九江境內各縣隸屬關係為：武寧、修水、永修屬第一行政督察區；都昌、彭澤、湖口、九江、星子、德安、瑞昌屬第五行政督察區。
1949年5月7日九江解放，7月19日設九江專員公署，析九江縣城廂設九江市。1968年4月，成立九江專區革命委員會。1971年2月，改為九江地區革命委員會，1979年改為九江地區行政公署。
1980年九江市從九江地區劃出，升為省轄市，市轄潯陽、廬山、郊區三區，1983年7月27日地市合併，同時實行市管縣體制，現轄潯陽、廬山兩區，九江縣、武寧縣、修水縣、永修縣、德安縣、星子縣、都昌縣、湖口縣、彭澤縣等九縣，代管縣級瑞昌市、共青城市，另設有九江經濟技術開發區和廬山風景名勝區管理局。[1]
2016年5月，撤銷星子縣，設立縣級廬山市，將九江市廬山區牯嶺鎮劃歸廬山市管轄。以原星子縣和九江市廬山區牯嶺鎮的行政區域為廬山市的行政區域，廬山市由省直轄，九江市代管。九江市廬山區更名為濂溪區。 將駐九江市濂溪區賽陽鎮的廬山雲霧茶場（含剪刀峽景區入口）、廬山茶科所，駐蓮花鎮的蓮花林場，駐海會鎮廬山茶場管理範圍劃入廬山市牯嶺鎮管轄。 從九江市濂溪區海會鎮析出高壠、廬山水泥廠、五星、雙壠、銀門、谷山、青山等7個村（居）委會，設立九江市濂溪區高壠鄉，鄉政府駐高壠居委會。將調整後的九江市濂溪區海會鎮(海會、廬星、彭山、長嶺、五洲、光明等6個村、居委會）劃歸廬山市管轄。將調整後的廬山市蓼花鎮更名為廬山市星子鎮。
2017年8月21日，經國務院同意，國函〔2017〕104號文件已同意撤銷九江縣，設立九江市柴桑區，以原九江縣的行政區域為柴桑區的行政區域，柴桑區人民政府駐沙河街鎮廬山北路168號。
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