邏輯是人類的語言和思維的基本規則與工具。人類的語言除了要有文字和語法等外在的形式之外，還必須建立語意之間的內在聯繫，而建立語意之間內在聯繫的規則就是語言邏輯。比如，“我是大象”或“天空是顏色”等陳述，雖然在語法上是正確的，但在邏輯上卻是不對的。同樣，人類的思維，除了需要有具體的概念之外，還必須要有使用這些概念的工具，將各自獨立的概念建立起有機的聯繫，形成一個有機的概念系統。這種有機的系統所表達的思想和信息，是原來各自獨立的概念所沒有的。我們把建立這種概念系統的基本規則稱為思維邏輯。
作為人類的語言和思維的基本規則與工具，在人類認識的不同階段，邏輯的具體內容和方式有著很大的差異。這一方面，是由於邏輯本身作為人類認識的一部分，會隨著認識的發展而發展；另一方面，則是由於人類的認識在不同的階段需要的相應規則和工具是截然不同的。所以，邏輯和認識是一對相輔相成的概念。如果說邏輯是方法，那麼認識就是目的。邏輯是為認識服務的，而認識卻又可以發展邏輯。邏輯的意義在於認識，而認識的存在則取決於邏輯。
我們知道，人類的認識根據其發展的三個飛躍，可以相應地劃分為三個不同的時期，即圖騰時期、經典時期和綜合時期。
在圖騰時期，人類的認識處於混沌狀態，其思維的基本要素——文字、概念和邏輯都還沒有成形。所以，這一時期的認識主要是一種被動和下意識的認識。與此相對應的，當時的邏輯只是一些簡單的因果關係，並沒有形成完整的邏輯體系。在圖騰時期，人類的認識只是源於一個非常質樸的信念，即模仿自然就能夠重現自然。在這一時期，人類並沒有明確的自我概念，而科學、藝術和宗教也都還孕育在原始人模仿自然的魔法儀式之中。
在經典時期，人類的認識是建立在抽象概念的基礎上，其思維方式是形而上學。此時，人類不僅已有文字和概念，而且還建立和形成了一個與形而上學的思維方式相吻合的邏輯體系，即形式邏輯。形式邏輯根據其認識方法的不同，又可以被進一步細分為歸納法和演繹法。前者是由個別到一般，由具體到抽象；而後者則是由一般到個別，由抽象到具體。形式邏輯，無論是歸納法還是演繹法，都有一個共同的特點，即都是建築於理想的因果關係之上的。所謂理想的因果關係，在這裡有三個具體的含義。
含義1：非此即彼的因果關係，一個事物對另一個事物的影響要麼是100％的，要麼是根本不存在的。
含義2：絕對單向的因果關係，不存在不同事物之間的相互影響。
含義3：唯一確定的因果關係，一旦確定了初始條件，則發生因果關係的路徑和事件都是唯一和必然的，其最終的結果是可以預期和可重複的。
上述這種因果關係，與形而上學非此即彼的思維方式一脈相承。所以，形式邏輯是以形而上學為基礎的邏輯方法，它建立和描述了各種絕對分立概念之間機械的邏輯關係。
在綜合時期，人類的認識建立在整體的基礎之上，其思維方式是辯證的。此時，人類的認識已不滿足於形式邏輯所提供的理想的因果關係。因為，在現實世界中，各種事物及其相關概念之間的實際聯繫並不是理想的，而是複雜和隨機的，因而只具有相對的意義。
比如，在人類社會中關於人的分類，並不具有絕對性。在現實社會中，既有富裕的窮人（負債經營的商人），也有貧困的富人（流動資金短缺且賣不出房子的開發商）。而且，窮人和富人，會因為戰爭、智慧和機遇等原因，發生相互的轉換。正是窮人和富人共同構成了一個有機的社會，由此推動著社會向前發展。這種發展與其原始的狀態，即與最初的貧富，並沒有什麼必然的聯繫，具有一定的隨機性。此外，沒有貧富差別的社會是一個沒有活力的社會，而貧富差別過大的社會則又是一個不穩定的社會。在這裡充分體現了綜合時期的辯證思維，由此構成了一個逐漸地與初始狀態無關，但卻永遠變化和發展的有機系統。
與這種辯證思維相對應的邏輯是概率邏輯，該邏輯是以概率為基礎的一種邏輯方法，它反映了一個有機系統中各種相對概念之間的邏輯關係。在概率邏輯中，允許各種概念、各種事物及其性質以不同的中間狀態和概率的形式存在，其產生和存在的概率都是介於0與1之間的。反之，在形式邏輯中，各種概念、各種事物及其性質只有兩種存在狀態，要麼概率為1，要麼概率為0，既不存在其他的中間狀態，也不允許已經確定的不同狀態發生相互的轉換，其所描述的是一個剛性的機械系統。
比如，關於空間概念。牛頓的絕對空間就是根據形而上學的思維方式運用形式邏輯建立的。其中，空間和物質這一對概念被絕對化了。空間就是空間，物質就是物質，兩者之間既不存在相互作用，也不能進行相互滲透和相互轉換。牛頓的絕對空間觀，要求在所有的參照系中只有一個優越參照系，其空間拖拽係數k等於1，而其他參照系的空間拖拽係數ki都等於0。反之，馬赫的相對空間觀，則是根據辯證的思維方式運用概率邏輯建立的。在馬赫看來，空間和物質這一對概念的對立，只具有相對的意義。一方面，空間可以影響物質的運動；而另一方面，物質又可以反過來決定空間的分佈。於是，某一具體空間的分佈，取決於所有物質對該空間的拖拽概率。根據概率邏輯，所有物質對某一具體空間的拖拽概率之和是歸一的。這說明該空間是真實和確定的，而任何單個物質對該空間的拖拽概率則是介於0與1之間的。
通過以上對比我們可以看出，概率邏輯是以辯證思維為基礎的邏輯方法，它描述和建立了各種相對概念之間有機的邏輯關係 。
又比如，按照形式邏輯，實驗對理論的驗證有以下兩個推論。
推論1：驗證的結果是非此即彼的。實驗可以絕對驗證或否證理論，兩者必居其一。
推論2：驗證的結果是單向的。實驗能夠判決理論，理論卻無法影響實驗的結果。
作為對比，根據概率邏輯，實驗對理論的驗證有兩個與形式邏輯完全不同的推論。
推論1：驗證的結果是亦此亦彼的。實驗對理論的驗證結果可以有無數個，只是這些結果的存在概率是不同的，而且它們的集合是歸一的。
推論2：驗證的結果是雙向的。實驗可以對兩個以上的理論做出傾向性的判決，理論亦可以通過提出新的定律和新的統計方法來改變實驗的驗證結果。
除此之外，概率邏輯與形式邏輯還有一個重要的差異，
概率邏輯不再是決定的邏輯，該邏輯具有一定的隨機性和不確定性。比如，儘管人是由其父母生養的，但人的一生卻並不是由其父母所決定的。首先，父母並不能決定孩子的基因，因為他們所獲得的基因，在一定的範圍內是隨機組合的，這也是為什麼即便是親兄弟，他們在長相、性格和智力等方面也是有差異的；其次，孩子的成長，除了先天因素之外，還會受到後天的影響，而後天的影響，由於涉及的變數很多，因而是不可預見的；最後，孩子作為一個相對獨立的個體，具有一定的主觀能動性，比如個人愛好和自由戀愛等。這種屬於非決定論的概率邏輯並不會導致不可知論，因為它只是認為，由於事物的產生和發展是多因素的，而我們掌握的信息不充分，所以現實世界以隨機的形式呈現在我們面前。相對於邏輯的對象，邏輯的結果具有一定的偶然性；相對於邏輯的背景，邏輯的結果又具有決定的必然性。在這裡，邏輯的對象就是我們的認識內容，而邏輯的背景則是現實世界。正是由於我們的認識內容總少於現實世界，我們的認識結果才呈現出一定的隨機性；而且，兩者的差異越大，認識結果的隨機性也就越顯著。比如，天氣預報就只能用概率的語言預測未來的天氣，因為影響天氣變化的因素遠多於氣象站收集到的信息。
隨著人類的認識範圍擴展到微觀世界、宇觀世界和高速世界，人類的認識內容與現實世界的差異亦會相應地增大。因此，人類的認識及其結果，就需要藉助概率的邏輯和語言來描述。比如，需要用概率的語言來描述微觀粒子的波動性，因為該波動性是由離散的量子對微觀粒子的無規則碰撞產生的。這就是為什麼現代人要用概率邏輯取代形式邏輯的原因。
形式邏輯雖然比較容易建立和掌握，但作為認識的工具，其適用範圍比較窄，只適用於宏觀尺度的經典情況。當人類的認識超出了宏觀尺度時，形式邏輯就不得不讓位於概率邏輯。自然界是一個不斷演化著的世界，由於我們對這一不斷變化著的世界只具有相對的認識，所以自然界呈現在我們面前的，是必然性與偶然性相結合的產物。只有實現絕對的認識，才能夠徹底地看清自然界的本來面目，而無知卻始終是與無序如影相隨的。
因此，形式邏輯是理想的，具有簡潔性；而概率邏輯是現實的，具有精確性。由於世界是有機的，以及我們的認識是相對的，所以概率邏輯比形式邏輯具有更大的適用範圍，是一種更高級的邏輯。
不過，儘管概率邏輯較形式邏輯有很大的進步和發展，能夠更精確地描述我們所認識的現實世界，但兩者在本質上卻是相同的，屬於同一類型的邏輯。它們都具有歸一性，都符合傳統的因果關係。正如牛頓的絕對空間是馬赫的相對空間物質密度非常大的一個特例，形式邏輯也只是概率邏輯僅有0和1兩種狀態的極限情況，形式邏輯是一種簡化的概率邏輯。由此我們看到，隨著人類認識的進步，作為認識工具的邏輯也會相應地獲得不斷的豐富與發展。由於這兩種邏輯都只適用於理論的內部發展，因此我們將形式邏輯和概率邏輯統稱為
內邏輯。這種邏輯對於理論之間的比較和轉換是無能為力的，因為不同的理論之間的聯繫是非因果關係的，是不連續的，相對於上述兩種邏輯，是非“邏輯”的。
由於理論是人與自然界相互作用的結果，是二維的，所以若從一維的角度來看，理論的發展是非邏輯的，新理論是無法從舊理論中邏輯（指內邏輯）地推導出來的。因此，在綜合時期，當我們需要解決理論之間的問題時，比如當建立和判別新理論時，僅靠內邏輯是不夠的，還必須藉助另一種思維工具，一種屬於
外邏輯的邏輯。由於這一邏輯被用於建立新理論，所以我們就將這一邏輯稱為構建邏輯。構建邏輯並不是一般意義上的邏輯，它是一種在更大的範圍內關於自然界存在的邏輯與秩序。實際上，我們已經熟知的三個自然哲學定律就是構建邏輯的三個基本法則。
構建邏輯是一種強調非邏輯的邏輯，類似於現代音樂試圖通過打破音律的表面和諧，將音律的和諧隱藏在更深的層次上，使外表的混亂與內在的和諧形成更為強烈的反差，從而具有更高的藝術魅力和欣賞價值。
構建邏輯是一種限制性最小的邏輯，因而也是一種更為本質的邏輯。它能夠為人類的思維提供一個更為廣闊的邏輯平臺和想象空間。
構建邏輯是舊的邏輯體系（舊理論）轉變為新的邏輯體系（新理論）的變換邏輯。該邏輯表明人類的思維具有較大的主觀能動性，是跳躍式的，不受常規邏輯的束縛。
受一維認識觀的影響，科學往往被誤認為是關於自然界的發現和反映（即唯物論），或者是關於主觀意志的體現與延伸（即唯心論）；同樣，受一維認識觀的影響，邏輯往往被人們誤認為僅限於形式邏輯和概率邏輯等這一類的內邏輯，而忽視了作為外邏輯的構建邏輯的存在價值與認識意義。實際上，作為認識和思維的規則與工具，內邏輯僅僅是關於因果關係的一維邏輯，而外邏輯則是關於哲學關係的二維邏輯。
一維邏輯即內邏輯是一種決定和收斂的邏輯體系，它的認識意義在於告訴人們應該如何做，是一種約束型的邏輯，一旦給出邏輯前提，其最終的結果是必然的。這類邏輯的思維模式是：由歸納得出前提，由演繹導致結果。
二維邏輯即外邏輯則不然，它只是向人們提供一個思維框架，它的認識意義在於告訴人們什麼不能做，在此框架內根據人類認識的主觀能動性，可以構建出各種不同的認識結果。所以，二維邏輯是一種開放型的邏輯，在此邏輯平面內無論怎樣開展人類的認識都是被允許的。這種邏輯的開放性是與人類認識的開放性相一致的。
根據自然哲學第二定律——自然界存在著具體的有限性和抽象的無限性，作為任何一個具體的邏輯系統（理論），即人所構建的同構系統，該系統的作用和使命都是有限的，所以其使用的邏輯只能是一種有限的邏輯（內邏輯）；而作為一個抽象的邏輯概念（科學），即人類的認識，則無論是在其發展的廣度，還是發展的形式都是無限的，是一個開放的系統，所以其使用的邏輯是一種無限的邏輯（外邏輯）。
因此，作為一維的內邏輯，形式邏輯和概率邏輯適用於理論內部的發展與完善；而作為二維的外邏輯，構建邏輯適用於理論之間的外部轉換，即適用於舊理論轉換為新理論。構建邏輯的邏輯框架是非常基本的，是以三個自然哲學定律為其基本規則，從而為構建邏輯的應用提供了一個較大的空間。當理論需要轉型時，只要符合三個自然哲學定律，我們怎樣思考都是被允許的。而且，與原來的觀念和理論差異越大，新理論就越富有創造性，越具有較高的認識價值。而靈活地運用構建邏輯的關鍵是綜合，即充分綜合來自各方面的信息，任何新的組合和新的相互作用都是構建新理論的溫床。
概念的產生是邏輯存在的前提，而不同的邏輯對於如何運用概念和建立不同的概念體系，其做法是截然不同的：
形式邏輯是一種非此即彼的邏輯方法，該邏輯將概念絕對化；
概率邏輯是一種亦此亦彼的邏輯方法，該邏輯將概念相對化；
構建邏輯是一種開放性的邏輯方法，該邏輯將概念系統化。
上述三種邏輯對人類的認識所起的作用是互補的，它們分別適用於不同的認識階段。形式邏輯適用於概念的提出，概率邏輯適用於概念的應用，而構建邏輯則適用於概念的更新。
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