至正二十八年（1368年）正月，朱元璋在应天府称帝，国号“大明”，年号“洪武”。为了巩固自己赤手空拳打下的江山社稷，更好地护卫京师安全，遂从各地军队中抽调数万精锐士卒，组建了十二卫，每卫人数约为5600人，驻扎都城，看守各处城门、宫门。大名鼎鼎的锦衣卫，就是在这样的环境下诞生的。
虽然，十二卫中的士卒皆为能征善之卒，却多数出身贫寒，也许由于身为皇帝亲兵，待遇福利极好的缘故，曾经的勇猛也极易迷失在帝都繁花之中。因此，燕王朱棣率兵攻打应天府时，十二卫并未起到应有的作用。
1402年，朱棣称帝后，为了进一步加强自身的守护力量，又在原来十二卫的基础上，扩充到了二十二卫。后来，到了宣宗皇帝朱瞻基继位时，又将二十二卫扩充到了二十六卫。分别是：锦衣卫、金吾左卫、金吾右卫、金吾前卫、金吾后卫、旗手卫、羽林左卫、羽林右卫、羽林前卫、羽林后卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫、腾骧左卫、腾骧右卫、腾骧前卫、腾骧后卫。
由此可见，孝陵卫不在二十六卫之列，自然属于南京的杂牌军，只是因为所守的乃是帝王之陵，所以表面规格较高，设立了卫的编制。其实，所有士卒并无多少事情，晒太阳、打苍蝇、混日子的时候较多。
据史料记载，朱元璋当初选择帝陵之地时，通过风水大师观察山形水势，认为大帝孙权墓地之侧，便是一块风水宝地。所以，于1376年（洪武九年），朱元璋令人在此动工为自己建造陵寝之所。经过长达5年的工期，动用10万军卒、民工，消耗无数财力、物力，最终主体竣工。建成后的帝陵，雄伟壮观，气势恢宏，仅陵园围墙周长就长达90余里。次年八月，马皇后病逝，九月葬入陵墓。当时，由于马皇后谥号为“孝慈”，因此朱元璋将陵墓命名为“孝陵”，以作为对马皇后的纪念之情。
此后，为确保孝陵安全，防止盗墓贼的挖掘，朱元璋于1398年（洪武三十一年）6月16日，正式组建了孝陵卫，下设五所，分别是：左、右、前、后以及牧马所。同时，守陵将士皆可世袭。此外，文官还为孝陵卫编写了一句守陵誓词(未见史料记载，只有民间传闻)，大意是：“世代尽忠，生死相伴，永不相背”之类，如同现代企业文化建设的内容。
但是，朱元璋还未来得及确定孝陵卫指挥使人选，就于1398年（洪武三十一年）6月24日驾崩。
此后，便发生了历史有名的“靖难之变”。当时，由于朱元璋将女儿宁国公主朱长宁嫁给了开国功臣汝南侯梅思祖之子梅殷。因此，梅殷被封为驸马都尉、荣国公。但是，在燕王朱棣率师南下之时，却率领大军于淮河之地对抗燕王。因此，燕王极度不爽。不久，当朱棣攻破南京后，便令其妹劝说梅殷返回朝廷。然而，回归不久的梅殷，却在一次上朝的途中，被不甚挤落金水桥下而亡，从而也成为了一段宫中悬案。
为此，宁国公主常常缠着皇兄朱棣向其要人。无奈之下，朱棣为了安抚妹妹，便任命其子梅永贞为第一任孝陵卫指挥使，负责守护孝陵。
之后，梅家连续有四代七人世袭孝陵卫指挥使一职。接着，同为开国元勋之后的萧逊，也曾担任过一任该职。此后，便一直由梅家之人担任孝陵卫指挥使之职。
到了明代中后期，由于朝廷曾经划拨给孝陵卫的屯田制度发生巨变，卫卒生活困苦，因此造成大部士卒逃离。随后，又由于北方战事频发，卫卒又被调离部分，因此到了1546年（嘉靖二十五年），孝陵卫将士仅有1749人。
后来，到了1645年5月10日，南明弘光帝听闻清军即将攻打南京，随带领部分亲信大臣逃离南京。接着，于当月15日，大将多铎率领清军来到了南京城郊外。此时，于京郊要道，原大明公、侯、伯、大学士、尚书等数百位王公大臣，跪伏于地，等待清军的授降。
对此，大将多铎依旧非常谨慎，并没有贸然进入南京城，而是派遣一支小股军队入城查探，确认满城皆降后，方才率领大军来到南京城下受降明朝官员。
然而，这时的孝陵卫士卒仅余数百之数。期间，当多铎闻听孝陵卫有数百士卒誓死不降时，心下大怒，择日令一路大军前去平剿（兵数不详）。
据《明季南略》记载：当年7月29日戊寅，南京孝陵卫，营旧有四十八营,乃神乐观武生所管,至是以清兵入,遂纠众，乘夜每人束柴一把，突烧城门。清帅发兵，出一矢射毙二人。营兵发砲，不伤清兵一人，遂败。止剩营兵十八人，清以五十人而围之，不克而死。再益兵，再败，俱三百人具毙，营兵仅存一人，清兵只存三人。三人围一人搏战，已而，营兵以勾刀破清兵一人腹，肠出外尤未断也，其人忍痛杀清兵一人，始死。清兵只存二人，乃走遁。
但是，根据《明史·兵志二》记载：明朝的军制实行的是卫所制，一卫约为5600 人；一卫则下设5个千户所，每个千户所约为1200人；一个千户所则下设10个百户所，每个百户所约为120人；每个百户所则下设总旗2个，每个总旗约为60人；每个总旗则下设小旗10个，每个小旗约为6人。
所以，《明季南略》上记载的营旧有“四十八营”一说应该有误，因为明朝前期的每营军队人数则是3000人。再根据以上资料推断，此“四十八营”，应当为“四十八小旗”才对。也就是说，当时的孝陵卫人数，最多只有288人。
这时，再以《明季南略》的记载意思，当清军攻进孝陵之时，末代孝陵卫指挥使梅春的残存力量，仅余18人，而清军人数却有350人。在力量如此悬殊的情况下，孝陵卫18死士依旧誓死不降，先杀清军50人，接着又杀清军297人。而此时的孝陵卫士卒独剩1人，面对剩余的3名清军，该士卒依然勇猛不减，在被破腹断肠的的情形下，还能凭借一腔热血，奋勇击杀1人。剩余的两名清兵，心下胆怯，立即逃离。直到这时，孝陵卫的最后一名勇士的高大背景，方才缓缓倒下。
由此可见，当时的孝陵保卫战是何等的惨烈。当那些拿着朝廷俸禄，富贵荣华的公卿们，得知孝陵十八卫英勇大战清军的事迹后，会不会羞愧万分呢？但是，无论结果如何，孝陵十八卫的忠勇之志，却会传承给一代代的华夏儿女，进而激励后世子孙不亡国耻，抵御侵略。
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