1949年10月頭上，國民黨“國防部”中將參謀次長吳石從臺灣匆匆來到香港，與中共華東局對臺工委在港負責人萬景光（小萬）接頭。事畢，吳石的好友，軍界元老何嘉受萬的委託，送他到啟德機場，目送他離去。沒想到，這一別，成老友永訣。
中共中央統戰部工商處處長的萬景光
回到臺灣，1949年10月6日（民國三十八年），吳石度過了55週歲生日，也是他人生中的最後一個生日。
吳石與太太商量著，去臺北照相館合影留念。這些照片成為他與家人在一起的最後影像。就時的時局來說，大陸，中國人民解放軍已經是摧枯拉朽之勢，大膽猜測，吳將軍也許此時也很樂觀，解放或許就在眼前，作為暗戰功臣，他也將享受勝利的喜悅。這是吳石將軍自由之身時，最後一張照片，索幸的是，它是一張家庭合影。
事實上，解放軍以後陳兵海峽，對臺灣的解放戰役早已經提上了作戰日程。而根據現在不斷解密的檔案來說，許多中共隱蔽戰線的人員，也放鬆了警惕，甚至有半公開的社會動作行為。如果不是突然出現的東北亞那場“寒冷的戰爭”，今天的臺灣或許真如吳將軍預期的那樣。
現在基本上都以“密使一號”指為吳石的代號，其實，有兩點還是要說明的，第一，這個代號也許是以慰英靈，作為傳奇小說類文章而起的一個“傳奇”名稱，沒有檔案材料證明有此代號；第二，現在很多材料將吳將軍稱為中共“特別黨員”。這個也是個謬誤，吳石將軍只是從大義及思想上進入了中共情報系統，但並不是中共黨員。
對吳石提供的情報的重要性，參與過吳石案審理的李資生在《臺灣大間諜案破獲始末》文中寫道：“吳石是一個忠誠過度的情報員，他以參謀人員的立場，猜測中共目前需要的情報，而加以有意的收集。他並且懂得情報的要次，特別注重數字、圖表，使得朱小姐（朱諶之）轉送過去的資料，都對中共具有極大的價值。”
在國民黨保密局在“吳石案”檔案的《綜合檢討》中，對中共華東局派遣來與吳石聯絡的朱楓（朱諶之）頗多分析。《檢討》中評價朱楓“黨性堅強，學能優良”，被捕瞬間吞金企圖自殺，證明其早有應付事變的準備。“匪幹此種維護重要工作，不惜犧牲個人生命的紀律與精神，誠有可取法之處。”
同時，該《檢討》還做出了分析，這次之所以能破獲吳石案，皆因朱諶之與蔡孝乾等聯絡，暴露身份，犯了“橫的聯繫”的嚴重錯誤。
1950年3月1日晚，吳石被捕。國民黨保密局二處處長葉翔之出馬，負責主審。葉翔之後來執掌了臺灣情報系統，成為臺灣情治系統極具影響的人物。
葉翔之
從吳石的獄中手記可以看出，他被捕後從3月5日到4月7日遭到頻繁提審，“隨時被訊問，均是使人神經異常緊張，心境異常刺激”。
彼時，著名報人龔德柏（死硬反共分子，但和蔣氏也不對付，被蔣關押七年之久）也被入獄，關在4號牢房，恰恰與吳石將軍所關押的3號牢房相鄰。保密局監獄前身是日殖民地時期的軍人監獄，一間5平方米不到，空氣流通很差。這樣條件惡劣而狹窄的地方，而當時，國民黨為了穩固臺灣的政局，抓人如麻，導致各個監獄關押人溢為患。這樣的小牢房，第一晚睡了4人，第二晚增至6人，第三晚又增一人，以後均為七八人，甚至達到了10人。睡覺成了大問題，只能站著痛苦的捱過時光。
龔德柏
龔德柏後以其獄中經歷寫了《蔣介石黑獄親歷記》，其中對關押人犯睡覺問題，以及對“吳石案”有關的人和事便有零星的記敘。“幸而只一星期，救星下降，即國防部次長吳石經醫生檢驗，血壓高至二百餘度，非得安眠，有即日腦溢血而死之危險。但吳為要犯，非明正典刑不可。”那之後，牢房進行了調整，一間只住七八人了。
而震動國民黨軍政高層的“吳石案”的審訊依然頗為艱難，在國民黨情報機構認為，“對吳石的偵訊是最困難的事”。
《臺灣大間諜案破獲始末》一文中這樣記敘：“當他初來的時候，他一度想用參謀次長的威嚴來嚇人。可是，當主管人員把一切情況暗示給他以後，他馬上改變態度，從此，他就很誠懇、很明白地說明自己的經過。但他一貫的老脾氣，就是吞吞吐吐，不肯直截了當地講，除非把一切證據都提出來，他很難得承認，尤其是牽涉到第三者的時候，他總帶著‘好心’來替別人洗刷。所以，我們說吳石‘誠意’‘坦白’，是在偵訊人員有計劃的盤問中，使他不能不誠實，不能不坦白。嚴格地說，對吳石的偵訊是最困難的事。”
1950年3月10日，作為連鎖反應，保密局破獲“臺灣郵電總支部案“，抓捕了計梅真(計淑人)，錢靜芝（此二位華東局女幹部也於同年秋被殺害）等35人。其中劉建修成為了吳石的同室獄友。
劉建修以後被判處15年有期徒刑，他熬過了漫長的臺灣白色恐怖時期，其在2009年8月的口述，讓我們一窺吳石將軍生命的最後細節。
劉建修說：他因“郵電案”被逮捕，關進保密局的看守所“南所”。牢房的面積很小，裡面已經關了兩個犯人，年紀大的那人就是吳石，只是當時劉建修還不知其名。吳石有些胖，身材不高，臉形是圓的，頭髮很短，像個光頭。
在白天，吳石通常一半時間在看書，其餘時候就躺著，看書時就坐到光線照得到的地方。他一直在讀同樣的書，劉建修看到，有《中國文學史》《中國史綱》《世界史綱》。
房裡另外一個人大約40歲，個子高大，聽口音是山東人。劉建修進來兩三天以後，聽到那山東人說，他是上校，在國防部某單位工作，因為金錢方面出了問題，所以從半年前起就被關在這裡，不過他的問題已查清楚，沒有事了，大概一星期後就可以回去。那人還說，如果吳石和劉建修有事要向家人交代，他可以幫忙傳話。
劉建修始終沒問山東人姓什麼。當時他心裡恐懼，也害怕有“竊聽器”，所以任何話都不敢講，只是用耳朵聽。有時看守會把山東人叫出去，這種情形發生好幾次。
大約過了幾天，山東人和吳石互相在“咬耳朵”。劉建修覺得，是怕他聽到。接下來的幾天，他們都這樣講話。兩三天後，看守喊山東人的名字。他收拾幾件衣服，弄成一個小包袱，就走了。
又經過兩天左右，吳石在晚上被叫出去。整晚只有劉建修一人在房間睡覺，直到天亮，吳石都沒回來。他的書堆在地板上，劉建修看到，那本《中國文學史》封面有毛筆寫的“吳石”兩字，字很端正，劉建修這時才知道他的名字。
直到第二天下午，門才被打開，兩個特務很粗暴地把吳石丟進來，那門又立刻關上。劉建修去查看他的情況。吳石被凌虐得很厲害，躺在地板上不動，也不講話。他沒有穿長褲，身上到處是傷，皮膚是紅的、紫的，腿也腫得很大。
吳石一直躺著，過了一兩小時，才慢慢坐起來，靠著牆壁，仍然沒有開口。之後，飯送來了。吳石指著他的那盆菜，很虛弱地對劉建修說：“吃吧，吃吧。”可是他自己並沒有吃東西。劉建修問吳石的情形，吳石說：“我被用刑了。”劉建修問：“什麼事啊？”吳石說：“沒什麼事。”
接下來幾天，看守每天會叫吳石出去擦藥。不管是白天、晚上，他都躺著不動，也不看書。三五天後，吳石好一點了，有時坐起來看書，讀的還是那本《中國文學史》。劉建修覺得吳石看著不像“壞人”，很同情他。劉建修自己是個社會主義者，臺灣曾發生“2·28”事件，所以很痛恨蔣家政權。他猜想，吳石應該也是反對國民黨的，但他不敢多問。
吳石也問他是哪裡人、在哪裡工作等等，他說了，吳石點點頭，又問：“你是不是蔡孝乾的案子？”他說不知道。他後來覺得，吳石判斷得不錯，但他當時真的不知道蔡孝乾是誰。
過了一兩個星期，有一晚上，吳石又被叫出去，也是第二天下午才抬進來。這次吳石更加痛苦。他睡了一天一夜，沒有動，眼睛閉著，一直髮出呻吟的聲音。劉建修不敢打擾他，而且很害怕，覺得這也是他將來的遭遇。每次飯菜送進來，他都會勸吳石：“還是要吃一點，不吃不行。”吳石勉強爬起來，吃一點點，喝一些湯。劉建修看到這個樣子，心裡很難過。又過一陣子，吳石的身體有些恢復。
一天，看守把門打開，喊劉建修的名字，說：“出來！”這次輪到他了。特務分成3組，每組兩個人，輪流審問，2至4小時換班一次。用刑是非常可怕的。“那些特務沒有人性，不是人，簡直是禽獸、魔鬼。”他被抬回牢房時，也是不能動，只能躺著，連續幾天都是這樣。吳石自己也很虛弱，但會對他說些鼓勵的話，並且叫他吃自己那一盆食物。劉建修沒有吃，實在是吃不下。但他還是很感謝吳石，因為從吳石的眼神、口氣，他覺得吳石是關心他的。
吳石將軍的獄中手記
在臺灣保密局監獄裡，吳石將軍度過了3個月零11天的痛苦歲月。因為遭受酷刑，一隻眼睛失去光明。他早已心知肚明，並沒有指望走出這深牢大獄。他斷斷續續草就了遺書，遺書寫在《元趙文敏九歌書畫冊》的背面，為行草所書。多少年後，他的親人好友讀到了這2000多字的遺書。
將軍這樣記述自己，就讀保定軍校與留學日本，均得以第一人卒業。任事以還，忠慎勤清，絕不絲毫苟且，一息偷安。朋友多以“十二能之人”看他，因為嫻熟中外古今兵學，通文學，能詩、能詞、能書、能畫，會英語、日語，能騎、能射、能駕、能泳。“不圖今日竟陷此悲境，不能自保其身，亦可痛也。”
抗戰期間，吳石就長沙會戰敵情研究給蔣介石的報告
另，他回憶了自己29歲與夫人王碧奎結婚，壯年氣盛，家中事稍不當意，便辭色俱厲，但碧奎對他忍讓有加，親切相待。30年夫婦，極見和睦。此次累及碧奎，感覺真是有負於她。“提及兒女，至為傷心。”他最鍾愛的小兒子才6歲，從未久離膝下，朝夕擁抱調笑，讓他忘憂。春天剛報名入私立幼稚園，還沒見到他入學就被捕。“不知父子尚有見面之日否？思之不禁淚涔涔下矣。”
而後，繼續記述道，他一生清廉，生活簡樸，唯一的資產就是書籍。希望諸友好能為他設立小規模圖書館，以作紀念，讓他愛書與好讀之美習傳諸後人；希望兒輩知自立，為善人，謹守清廉儉樸家風。
最後他寫道：“十餘年來風塵僕僕，又因抗戰八載以迄於今，戎馬關山都無閒逸之境，致讀書養性功夫，大大欠缺，而有今日失足。夫復何言，夫復何言！”
1950年6月10日，一個陰霾滿天的日子。下午4時，由蔣鼎文上將任審判長，韓德勤中將、劉詠堯中將等任審判官的“特別法庭”在國防部軍法局開庭。審判是在秘密狀態下進行的，貼牆站著一溜頭戴鋼盔、全副武裝的國民黨軍警。
審判後立即用刑車押送著吳石將軍等四人，匆匆送往“馬場町”刑場。這是河邊的一片坡地，空曠而荒涼，早在日據時代，就是處決犯人的場所。
海風泣蒼，吳石將軍、陳寶倉將軍、聶曦，朱楓在此就義。
“吳石中兩槍斃命，朱諶之中六槍始斃命，血流遍地，事後分裝入四具薄棺掩埋。”
當時情形，唯有香港《星島日報》第二天在頭版顯要位置做了報道，在當時頗為轟動。報道的大標題為《轟動臺灣間諜案四要角同被處死》，還特別加上一個意味深長的副標題《吳石臨刑前從容吟詩》。報道透露，吳石事前早知難免一死，遺書早在獄中草就，當堂只寫詩一首。至於這首詩寫了什麼，《星島日報》未透露一字，之後也無後續報道。
時間推移到今天，這首當年的詩（由吳石將軍家人透露）終於破雲而出，讓我們看見一個偉大的胸懷。
天意茫茫未可窺，遙遙世事更難知。平生殫力唯忠善，如此收場亦太悲。五十七年一夢中，聲名志業總成空。憑將一掬丹心在，泉下差堪對我翁。
1950年8月10日，因“吳石案”受牽連的吳石副官王正均、作戰參謀林志森就義。至此，因“吳石案”直接被戕害已達6人。而因“吳石案”受牽連者彼時已逾200人。最後的總人數有多少，至今沒有明確。
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