不管什么样的故事，似乎都有正面人物和反面人物，并且通常都会以正面人物当主角，而反面人物通常都会设定的很神秘，要么就是有一个超强团队。然而，拥有神秘和超强团队的反面人物，就要数柯南里的黑衣组织最强了。因为，已经演了八百多集的柯南，对黑衣人组织还是处在雾里看花的程度，说白了就是，至今还没能掌握到人家一丁点儿有用的线索。
于是，黑衣组织成了柯南里最神秘的代表，就连剧情也是在演到黑衣组织的时候，通常都会烘托一种神秘、紧张又刺激的氛围。可是他真的有那么神秘吗？因为貌似在柯南里，除了主角柯南外还有很多人都知道黑衣组织的存在。除了各个机构派遣的特工人员不说，就连许多平民也都知道这个组织的存在。
而这些人里还大多都是平民，除了主角柯南是因为没死成，而知道这个组织外，还有柯南的邻居阿笠博士，当然，他会知道也是因为柯南告诉他的，甚至包括服部平次也是因为柯南的原因，知道这个组织存在的。而除了这两个人外，连身为平民的柯南的父母工藤优作和工藤优西子，也知道这个组织的存在，并且他们会知道，却不是因为柯南告诉的，甚至在柯南父母出场的时候，柯南的爸爸还亲口说过，他是从朋友哪里知道这个组织的，并且还能轻而易举的弄到解药。
可在后来的剧情来看，这个说法显然是不成立的，因为逃出来的灰原哀就是毒药的研制者，并且她自己也否定了这个说法。解药的说法是不成立，而工藤优作知道黑衣组织的设定还是在的，所以在剧情一开始，除了柯南这个意外就已经有很多人都知道了他们的存在，并且还再不断增加。
因为，除了柯南告知的那几个人外，在最新的剧情里又出现了一个叫世良真纯的女高中生侦探，并且从她的种种表现来看，她不仅知道柯南的真实身份，也知道黑衣组织的存在，而她那个神秘的领域外姐姐，似乎就和黑衣组织有着某种说不清联系。
然而，在绯色那几集结束后，显然连本堂瑛右也知道了黑衣组织的存在。而这么一看，黑衣组织的保密系统，还真不怎么样，毕竟从一开始就号称神秘的他们，居然会让这么多的平民知道，就真的算不上神秘了吧？
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