明代的州、县划分完全以户粮多寡为标准。洪武十年五月“核户粮，州改为县者十二，县并者六十”；洪武十七年八月“诸州民户不及三千者皆改为县”。这虽使得行政区划间基本平衡，但也决定了地方最重要的任务就是征收赋税钱粮，上层统治者考察州县官吏是否称职也以此为首要标准。然而外任官员因相比京官不受重视，升迁也困难得多，成化以后，朝野上下重内轻外之风渐成。至隆庆四年（1570），大学士高拱上疏奏明这一情况：
有司由甲科者十之一二，而杂行者十之八九；诠除者十之四五，而迁谪者十之五六。彼其才既不堪，而又自知其前路之短，多甘心于自弃。……以甘于自弃之人，处僻远之地，艳可渔之利，而共囿于无可忌惮之风。此所以善政无闻，民之憔悴日甚，而皆驱之于盗贼也。
自认受人劣视的州县主官因受上级督抚、三司、府官、巡按等的重重管束、牵制掣肘，日常行政被严重干扰。上级对下级督政，几乎都是“日夜从事，唯急催科”，这些官吏又如何顾得上仁民爱物。为完成各自赋税指标和“带征”之数，多是“入门即征租税，以图加收，日夜敲扑，急于星火”。追逼之下，民不堪命。
基层里甲
州县政府之下的城乡基层为里甲编制。万历《大明会典》载洪武十四年诏命：
诏天下府县编赋役黄册，以一百一十户为一里，推丁多者十人为长，余百户为十甲，甲凡十人。岁役里长一人，管摄一里之事。
里长、甲首负责地方催征钱粮、勾摄公事、理乡间诉讼、主持乡饮酒礼、祀里中社稷鬼神、约束邻里等事。明初时里老尚还考选任用，且“下有益于民事，上有助于官司”；然自仁、宣时起，却常有刁徒充任里老而假公济私，作威乡里。如海瑞所言：
今老人以钱神为使鬼，希图差勘，瞒官作弊，以肥私囊。间有投诉，此行酒食，曰吾饱吾腹矣；彼私贿赂，曰吾丰吾袖矣。至两词具备，狐疑莫决，彷徨四顾，不能出一语以相正焉。嗣是公道不昭，贞邪莫辨。
巡抚监察州县行政，又每以里老的意见为擢升贬谪之据，而致考课之时，地方长官反向里老邀求行贿，更助长其气焰，“使得凭藉官府，妄张威福，肆虐闾阎”。
明代胥吏政治
胥吏本是台面下隐藏着的问题，然而中国历史上政治、法律的败坏却也多就出在台面之下。胥吏虽出身流品低微，却有极大的政治影响力。 州县长官因升谪调迁，每至一处纵有心善治，洞悉辖区内的人文政事也总须一年半载，少不得依仗这些明习法令、熟谙政情的胥吏。他们却往往借其所长，“百端作弊，无所不至”，还伙同地方上的宗藩豪绅，对百姓肆意盘剥。一个受重重牵制的七品小官，伴以一群自甘堕落的胥吏，多数行政上的文法事务又尽付与之，民生之多艰也可想而知了。
土地与赋役制度的严重纰漏
嘉靖以后，土地登记与税赋征收已缺乏有效管理，从统计数据到行政执行的重重纰漏，使得财政制度陷入积重难返的尴尬境地。明代的国家册籍制度，以黄册登记人丁，鱼鳞册登记田亩。国初虽然规定了严格的调查办法与更新程序，但任何时代都难避免因土地兼并和逃避赋税引起的核查失实。洪武二十六年（1393）核查全国土田8,507,623顷，时至弘治十五年（1502），登记在册的仅有4,228,058顷。 层出不穷的舞弊取巧使得黄册和鱼鳞册已然淆乱不清，形同废弃。
晚明土地制度的另一弊端所在，是所谓军屯制。据万历《大明会典》载：“军士三分守城，七分屯种。又有二八、四六、一九、中半等例。皆以田土肥瘠、地方冲缓为差。”[13] 这种以卫所守军耕种的屯田法，对于免去百姓负担与转运粮饷的困难在一定时期收到了效果。但好景不长，广大军士的耕作劳动及其收获逐渐被他们的直接统治者——各级将吏、地方长官任意占种侵夺，屯田制遂遭破坏。至正统八年（1443），实行军屯制仅几十年后，廷臣惊呼：
沿边各将吏广置庄田，私设屯军，改挑渠道，专擅水利，又纵下人占种膏腴屯田，是使军士怨嗟，民政废弛。
万历十年（1582），张居正当国清丈田地，仅在辽东清查出的被侵占屯地计8,390顷，屯粮199,840余石。而这一数字，较之永乐初年的辽东屯田最高额253,000余顷，已经占其三分之一以上。
明代的税收结构均以田亩数字为依据，田土耕地的统计严重失实，也就造成了赋役派征已无基础可言，更谈不上有针对性的宏观调节了。赋役制度一经确立就僵化不变，在基层的运作又全凭胥吏上下其手，“特以法久弊生，时移事改。或贪墨之吏，务瘠民以肥家；或奸诡之徒，争舞文以玩法。”中央政府虽意图加强对地方财政的控制，但粮长制几行几废，反受其害。成化以后，政局多有动荡之势，直至崇祯年间，各种赋税粮饷的加派、预征、带征从未断绝。
至于徭役的征派，因是计丁派役，而人口数目又不是税收基础，官员向来无意保持数据的真实，往往肆意篡改，是以越到明代后期徭役的名目也越是繁多，形成农民阶级的沉重负担。这些财政制度上的纰漏，滋生了更多的地主豪绅与官僚胥吏的贪贿盘剥，农民破产流亡，最终酿发了直接摧毁朱明王朝的农民大起义。
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