明末將領當中，袁崇煥的下場最慘，他沒能像盧象升、孫傳庭那樣戰死沙場，而是被皇帝凌遲處死。雖然崇禎疑心較重，但他並不是傻，更不會無緣無故殺掉可用之才，如此等同於自斷手臂。
處死袁崇煥之前，崇禎給他定了兩個罪名，一是未經朝廷同意，私自與後金（滿清的前身）議和，二是假傳聖旨，仗著手裡有一把尚方寶劍，擅自把與毛文龍處死。
暫且不討論袁崇煥的議和行為，是真實存在，還是皇太極使出的離間計，只算殺死毛文龍這一條罪名，就夠他喝一壺的了。毛文龍比袁崇煥大8歲，袁崇煥為考取功名埋頭苦讀時，毛文龍已經跟著李成梁在遼東當差，資歷相對較深。
早在天啟年間，毛文龍就當成為一品大員（左都督），加封太子太保，更牛掰的是，還得到了皇帝賞賜的尚方寶劍，可以說是位極人臣，朝中炙手可熱的將領。而袁崇煥最高官職為兵部尚書兼右副都御史，頂多與毛文龍旗鼓相當，甚至還略遜一籌。
同為朝廷倚重的名將，且不在一個地方任職，表面上並沒有多大的利益衝突，為何袁崇煥不惜假傳聖旨，都要對毛文龍痛下殺手呢？此處讓人甚是不解，仔細分析的話，應該有兩點原因。一、毛文龍居功自傲、飛揚跋扈，私吞不少軍餉；二、毛文龍目中無人，曾得罪過袁崇煥。
平心而論，雖然毛文龍身上有很多缺點，但他並非一無是處，能力還算可以，據《明史》記載：“前後大小三十餘戰，斬首共一千九十七級數逾，上捷者共五次，總獲器械、弓箭等件共五萬。”鎮守東江數年，與後金軍隊多次交手，也算是戰功卓著。
公元1629年7月，袁崇煥以閱兵的名義，來到毛文龍所在的地盤，兩人把酒言歡，場上氛圍十分融洽，看起來好像是多年未見的好哥們。殊不知，袁崇煥已安排好一切，一步步將毛文龍引入全套，趁他不注意時讓隨從立馬拿下。
此處有一個很搞笑的事情，袁崇煥仗著手中有尚方寶劍，才敢放手一搏，而毛文龍也有御賜的尚方寶劍。隨後，袁崇煥假傳聖旨，宣佈毛文龍十餘條罪行，將其斬殺，並說道：“只殺毛文龍一個人，其他人都沒有罪。”
遠在京城的崇禎，得知毛文龍被袁崇煥所殺，差點氣暈過去，恨不得立馬問罪於袁崇煥。考慮到還要靠他鎮守遼東，崇禎暫時控制住情緒，違心稱讚他的舉動，並且下旨說：“你做得對，朕要重重賞賜你。”次年6月，崇禎命人將袁崇煥關入打牢，不久後處以凌遲，不知袁崇煥死前是否後悔殺掉毛文龍之事。
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