1965年8月3日，印度尼西亞總統蘇加諾在一個公共場合突然暈倒。這一事件使印尼內部各派政治力量開始認真考慮蘇加諾逝世後的形勢和必須採取的對策。當時印度尼西亞尼第一大黨——印尼共產黨要求在陸、海、空軍和警察部隊之外，立即建立第五軍事力量，即民兵部隊，並加緊在哈利姆空軍基地訓練工人武裝隊伍。到9月底，約2000名左翼青年接受了軍事訓練。印尼陸軍和海軍當局堅決反對建立第五軍事力量。雙方劍拔弩張，大有一觸即發之勢。而總統蘇加諾這時顯然已無法控制局勢的發展。
蘇加諾總統
當時印尼國內另一大勢力就是陸軍集團。隨著陸軍權勢的增長，也使它內部產生新的矛盾。高級將領在雅加達過著奢侈的生活，下級軍官卻因薪餉不足和物價飛漲，甚至養不起妻子兒女。總統府警衛營營長翁東中校就是這些不滿現狀的下級軍官代表。根據陸軍當局的情報，翁東等人在陸軍內部建立了秘密組織，準備採取突然襲擊手段，清除軍隊中依仗權勢、貪汙腐化的高級軍官。這一主張得到印尼共產黨領導的支持。為此，印尼共產黨於1964年11月成立了以夏姆和波諾為首的秘密特別局，負責同翁東等人聯繫。1965年9月初，由於傳聞陸軍成立了稱為將領委員會的秘密組織，並準備在10月5日舉行慶祝建軍節活動時發動政變，於是翁東等人決定採取先發制人的行動。9月30日上午，翁東等一批人在哈利姆空軍基地集會，決定10月1 日凌晨4時由阿里夫中尉率領一個分隊的士兵逮捕納蘇蒂安等7名高級將領。當阿里夫中尉的分隊包圍納蘇蒂安住宅時，納蘇蒂安聞聲從邊門逃出，越牆跳入相鄰的伊拉克大使館內，腳部受傷，後來被他的部下救出。他的女兒被槍擊身亡。陸軍總部將領查伊丹和哈爾約諾因拒捕而被擊斃。陸軍司令雅尼以及蘇普拉普多、巴爾曼、蘇託約（三人均為陸軍總部將領）等人被捕後，在雅加達郊區稱為鱷魚洞的地方被槍決。與此同時，政變部隊分別佔領了雅加達廣播電臺、中央郵電局和獨立廣場等地。10月1日早晨，雅加達廣播電臺一項公告說，由於“在首都雅加達的軍隊內部的軍事行動，並在武裝力量及其他部隊的幫助下”，一個稱為“九•三〇運動”的組織已逮捕了一批屬於“自稱將領委員會”的高級軍官，奪取了首都的重要設施，並使總統及其他重要領導人置於其保護下。公告指出，採取這些行動是為了阻止將領委員會策劃在10月5日發動並得到美國中央情報局支持的政變。公告還說，將在全國出現“反對將領委員會的代理人和同情者的行動”，並預示將成立印度尼西亞革命委員會以確保政府的政策得以實施。當天下午，雅加達廣播電臺廣播了印度尼西亞革命委員會組成人員名單。委員共45人，翁東中校任主席，蘇巴爾佐陸軍中將、赫魯•阿特莫佐空軍上校、蘇納爾迪海軍中校和警察助理高級專員安瓦爾任副主席。委員中有23名軍隊和警察部隊的軍官，其中包括空軍司令達尼中將、海軍司令馬爾塔迪納塔中將和雅加達軍分區司令烏馬爾•哈迪庫蘇馬少將，以及內閣副總理蘇班德里約和萊梅納。委員中有5名共產黨人，但他們都不是印尼共產黨的主要領導人。公告說，革命委員會將取代內閣執政。
但是，就在10月1日這一天裡，雅加達的形勢發生了根本變化。1963年5月被蘇加諾任命為新建立的戰略後備司令部司令的蘇哈托，卻未被列入發動政變的翁東中校等人的逮捕名單。當蘇哈托在10月1日清晨獲知發生的事變後，立即下令部隊包圍獨立廣場，迫使駐守在那裡的兩營政變部隊投降。下午，在萬隆的陸軍西利旺儀師機械化部隊（印尼陸軍最精銳部隊）奉命進入雅加達。晚6時30分，蘇哈托的部隊收復了廣播電臺和中央郵電局。這時，“九•三〇運動”只剩下哈利姆空軍基地這個陣地了。
印尼陸軍精銳部隊西利旺儀師標誌
蘇加諾總統在10月1日早晨獲悉已經發生政變。他考慮到總統府和他的住宅可能不安全，便決定前往哈利姆空軍基地。印尼共產黨主席艾地已在那裡！納蘇蒂安的逃脫和蘇哈托迅速控制了雅加達局勢，對蘇加諾總統的決策產生重大影響。10月1日下午，空軍司令達尼和艾地決定飛往中爪哇開闢第二條戰線，並希望蘇加諾總統同行。蘇加諾拒絕了這一建議。他匆忙任命普拉託諾為代理陸軍司令，同時授權蘇哈托負責恢復治安。但是，蘇哈托不承認普拉諾託代理陸軍司令的職務，他繼續以戰略後備司令部的名義指揮部隊消滅“九•三〇運動”的武裝力量。在達尼和艾地離開後，蘇加諾也在當晚回到在茂物的行宮。接著，蘇哈托下令進攻哈利姆空軍基地，於10月2日清晨佔領該地。翁東等人已事先逃離。“九•三〇事件”就此宣告結束。
蘇哈托少將
蘇哈托少將（左）和印尼軍人
10月2日，陸軍展開一系列反擊行動。一些政黨和團體在陸軍支持下成立“粉碎反革命九•三〇運動統籌團體”，要求取締印尼共產黨。10月5日，印尼共產黨發表聲明，認為“九•三〇事件”是軍隊內部的事務，印尼共產黨並未捲入。”10月8日，雅加達青年學生組織在陸軍當局支持下焚燬了印尼共產黨總部。政變主要領導人翁東、夏姆等人在逃亡途中分別被捕，並被軍事法庭判處死刑。印尼共產黨主席艾地於1965年11月22日在中爪哇被捕並被就地槍決。印尼共產黨副主席魯克曼和約多也遭殺害。陸軍在全國陸續搜捕和屠殺參與“九•三〇運動”的嫌疑分子，估計約有50萬人遭殺害，30萬人被捕。
時任印尼共產黨主席艾地
1965年10月14日，蘇哈托被蘇加諾任命為陸軍司令。1966年3月11日，蘇加諾在陸軍脅迫下籤署了移交權力給蘇哈托將軍的命令。第二天，蘇哈托即以總統名義下令取締印尼共產黨。6月20日臨時人民協商會議要求蘇加諾委任蘇哈托組織新內閣，同時撤銷了1963年臨時人民協商會議關於任命蘇加諾為終身總統的決定。1966年下半年，雅加達等地不斷髮生青年和學生組織的示威遊行，要求蘇加諾交出政權，並攻擊中國共產黨和中國政府支持“九•三〇運動”。1967 年3月12日，臨時人民協商會議終於撤銷對蘇加諾總統的任命，同時選舉蘇哈托為代總統。10月，蘇哈托政府宣佈中斷同中華人民共和國的外交關係。1968年3月12日，臨時人民協商會議選舉蘇哈托為印度尼西亞共和國第二任總統。從此，蘇加諾一直被軟禁在雅加達家中，直到1970年6月21日因腎病去世。
蘇哈托總統
關於“九•三〇運動”的真相，由於主要當事人已死亡，而法庭審訊記錄又沒有完全公佈，因此至今尚難下結論。蘇哈托認為，9月30日發生的事件是印尼共產黨策劃和領導的一場武裝政變，政變分子得到蘇加諾的支持和庇護。但根據當年一些經歷過此事的被蘇哈托監禁32年而倖存下來的高級軍政官員們的回憶錄，以及蘇加諾的副官的回憶錄，加上美國中央情報局公佈的檔案資料，人們有理由認為，“九•三〇運動”是蘇哈托策劃的陰謀，其目的是消滅印尼共產黨等左派力量和陸軍內部反對蘇哈托的派系，為蘇哈托奪取國家最高權力鋪平道路。
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