高產魚池中，由於魚類的放養密度大，需要投餵大量的餌料，容易造成池水富營養化；當水溫達20℃以上時，藍藻的繁殖速度快，每10小時可以增殖一次。因此，當水溫達到藍藻繁殖最佳的28～30℃時，很容易引發藍藻爆發。
1.藍藻對魚類的危害：
⑴藍藻大量死亡時會產生藍藻毒素、羥胺及硫化氫等有毒有害物質。當1升池水中含有50萬個藍藻群體時，就會引起魚類死亡。
⑵通過三個途徑造成池水嚴重缺氧。A藍藻在魚池中大量繁殖時，易在水面形成一層翠綠色的膜，俗稱“水華”，會影響空氣中的氧氣溶入水體中。在夜間光合作用停止時，藍藻的呼吸又會消耗水體中的氧氣。B藍藻大量死亡（如使用硫酸銅殺藻）後，腐爛時會消耗水體中大量的氧氣。因此，親魚培育池使用硫酸銅殺藻的次日，經常會出現嚴重缺氧而造成親魚死亡的事件。C藍藻大量繁殖抑制了其他有益藻類（如綠藻）的生長、繁殖。而這些被抑制的藻類，是池水中氧氣的製造者。因這些藻類被抑制，又間接地造成了池水中嚴重缺氧。
2.防治措施：
⑴生物法。
①放養食藻魚：最常見的是放養濾食性白鰱，能達到一定的控藻效果。每畝需要放養300餘尾。放養羅非魚控藻的效果優於白鰱。最近，有人在河豚養殖池試放鮻魚，在冬末初春藍藻還處於休眠期時放養，此時藍藻沉澱在池底，鮻魚具有刮食的習性，因此控藻效果大大優於花白鰱。此法特別適用於城市景觀小水體控藻，每100立方水體只需放養20尾魚種。魚池中採用此法，不但可以控藻，每畝還可以增收數百元。
②種植水生植物：魚池中種植一些鳳眼蓮（水葫蘆）、滿江紅、水花生、水蕹菜等來控制水體中的氮磷含量。其中鳳眼蓮去除氮磷的效果最佳。
③投放微生物：魚池中投放光合細菌、芽胞桿菌等微生物，可降低池水中氮磷的含量來達到控藻目的。
④其它：投放一定數量螺螄可以吃掉一部分藍藻。
⑵使用化學殺藻劑。最常用的是硫酸銅（濃度 1.0毫克/升以上）和螯合銅（濃度0.5～0.7毫克/升以上），但使用一段時間後，藍藻容易復發。其他殺藻劑有新潔爾滅（濃度 1毫克/升以上）、二氧化氯（濃度 1.0毫克/升以上），滅藻精（用量每畝100～200克）等。
⑶排水法。藍藻喜歡強光，在晴天的中午，排去30釐米～40釐米的表層水體，可有效地降低池水中藍藻的數量。
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