中二高中生
1、在柯南剧场版第3部——《世纪末的魔术师》中发现的。
当时，怪盗基德假扮的白鸟一直在跟踪柯南，并观察柯南的行动，于是，柯南在厕所里和博士联系都被他看到了。
剧情的最后，怪盗基德为了还“柯南救他的鸽子”这个人情，变装成“工藤新一”的样子替他解围，柯南也因此逃过了小兰的怀疑。
说明这时候怪盗基德已经明确知道柯南的身份了。
2、后来，在柯南剧场版第8部——《银翼的魔术师》的开场白里：
柯南说知道他真实身份的人除了博士，还有爸妈，平次，小哀，最后他还提到了基德。
再次确认了这一点。
3、至于怪盗基德是什么时候知道的。
在TV版第76集《柯南vs基德》中，基德第一次见到柯南（其实这不是第一次见面的~）就觉得柯南这个孩子不简单，基德只要调查就能知道新一失踪和柯南出现是同一天，再加上小五郎突然变成了名侦探，以基德的智商自然就会明白了。这也是青山所说的基德知道的原因。
4、配图是TV版900多集的剧情，这时候基德和柯南对“新一“这个身份的讨论已经毫不遮掩啦。
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干物妹小菜
官宣：网上查加个人推理，真实度可能有待大神们进一步考察。
怪盗基德原名黑羽快斗，感兴趣的可以看看由他衍生出来的动画《魔术快斗》。
在名侦探柯南第219集，介绍过一次基德与成年新一的一次较量（回忆），不过那次双方并没有真正交手，但彼此印象深刻。而动画版第76集是两人的第一次交手，正所谓英雄惜英雄，个人感觉凭借第六感基德应该就察觉到了柯南身份的不同（纯属个人瞎懵）
而真正表露基德发现柯南是新一的应该是在剧场版3《世纪末的魔术师》，基德伪装成白鸟警官，发现柯南给阿笠博士打电话，之后就借机自己打扮成新一帮助柯南，由此可见基德当时要么是已经知道了柯南的身份，要么就是在利用小兰测试柯南的身份，无论哪种，他都得到了想要的答案。
个人猜测，在柯南的衍生剧《黑羽快斗》中，有柯南的客串，忘记是哪一集了，快斗查看录像，发现录像中柯南的出现，就有了新的对策，可见基德对于柯南是十分了解的。
至于基德具体从什么时候开始发现柯南就是新一的，目前还没有官方答案。
一句话：柯南这么多年了还没长大，大家也不用着急，等我们老了估计他还是现在的模样！
电影动漫专区
真人电影怪鸟传说故事的100天之前新一挑战结束后去多罗碧加乐园游玩的时候发现。
少年锦时153
在剧场版第3部《世纪末的魔术师》里他第一次表明他知道新一的身份，因为他扮成新一出现在兰面前，让本来怀疑柯南是新一的兰解除了疑惑。
不过他是什么时候知道的，有两种说法，一是TV版第76集《柯南vs基德》，二就是剧场版的M3。
73是说在他们第一次见面（TV版76集）里当时基德发现柯南不简单，所以就调查了一下，发现新一消失的同一天柯南出现了，所以知道的。（其实他们第一次见面是TV版的219集，当时新一还不是柯南，不过他们没正式碰头）
伊森藤堂
《世纪末的魔术师》剧场版，飞行船上
Coconutzero
99年剧场版《世纪末的魔术师》
小蔡890
X平凡之路
世纪末的魔术师
