清康熙年间，地方行政建置发生了一次大的变革，将明朝所设的卫所撤销，一律并入州、县，结束了“军政分管，土流并治”的格局。康熙二十六年（1687年），将威清卫和镇西卫合设一县，以威清卫的“清”字和镇西卫的“镇”字作县名，珠联璧合而有“清镇”。
清镇建县后，分为清、定、镇、安四里，每里各管五甲。在县东南部的清里和定里，大抵是当年威清卫所管的地盘。县西北部的镇里和安里，以镇西卫及其所属的威武、赫声两千户所辖地为主。
设卫之前，清镇是土司地区。为了控制土司，首先在贵阳城中设贵州卫，并于洪武二十一年（1388年），在通往云南的驿道上设置威清站转运军事物资，“站街”之名由此而得。清镇实为贵阳的西大门，战略地位重要，于洪武二十三年（1390年）将宣慰司的一片领地划出，设立威清卫指挥使司。威清卫城在今清镇市城区，城墙周长七百九十六丈，设有四座城门，东城墙上设有五座炮台和一千六百多个垛口，是贵州都指挥使司管辖的一个重要军事城堡。为何站与卫都以“威清”命名？是因为这里在宋代为清州，威镇清州，故名“威清”。
卫是明代驻军的基本建制单位，卫之下设千户所、百户所，合称“卫所”。威清卫屯堡的命名方法简单明了，以千户所名称加百户所番号，直接标明是某千户所的第几屯。例如：中千户所第一百户的屯堡称“中一”，第二百户屯堡为“中二”，依次为“中三”、“中四”、“中五”，直至“中十”，今中八农场即为当年中千户所的第八屯。其余各千户所亦按此法命名，分别为“左一”至“左十”，“右一”至“右十”，“前一”至“前十”，“后一”至“后十”，所以至今还留下中八、左五、右六、后五等地名。
时间过去了240年，到明末又增设镇西卫。那是在明熹宗天启二年（1622年），贵州宣慰司土官安邦彦与四川永宁（今叙永）宣抚使奢崇明联合举兵反明，在西南引起很大震动，波及贵州、四川、云南三省，把贵阳围得水泄不通。朝廷调集数省兵力进剿，战火绵延七年之久。崇祯三年（1630年），贵州宣慰使安位请降，朝廷下令削去“水外六目地”，分设镇西、敷勇（在今修文）二卫。镇西卫在威清卫西北60里的鸭池河附近，地控进入“水西”三大渡口之一的鸭池渡，其任务是镇摄“水西”土司，故名“镇西卫”。镇西卫城是一座周五里的石城，简称“卫城”，俗称“卫上”，即现在的卫城镇所在地。
由威清卫到镇西卫的设置，是一个将土司地改为卫所屯地的复杂过程。两卫合设清镇县，建县的基础是卫所，清、定、镇、安四里的设置，表明它由威清、镇西二卫合成，体现了“安”、“定”的良好愿望。
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