一、甘丹寺 西藏達孜縣 建於明永樂七年（1409年）
甘丹寺是藏傳佛教格魯派六大寺中地位最特殊的一座寺廟，它是由格魯派的創始人宗喀巴於1409年親自籌建的，可以說是格魯派的祖寺，清世宗曾賜名為永壽寺。1419年，宗喀巴在甘丹寺圓寂，寺內現尚存宗喀巴的肉身靈塔。
甘丹是藏語音譯，其意為“兜率天”，這是未來佛彌勒所教化的世界。因為甘丹寺是格魯派的祖寺，所以甘丹赤巴也是整個格魯派的管理者，地位僅次於達賴和班禪。目前，甘丹寺內還保存著歷代甘丹赤巴的遺體靈塔90餘座。
二、哲蚌寺 西藏拉薩 建於明永樂十四年（1416年）
哲蚌寺由宗喀巴弟子降央卻吉·扎西班丹始建，其門下7位弟子分別住持寺中7個扎倉（經院），此寺為歷代達賴的母寺。
哲蚌寺是我國藏傳佛教格魯派六大寺廟中規模最大的一座。該寺也是一座名僧大德輩出之寺，五世達賴長期駐錫在此，直到受清朝皇帝冊封、布達拉宮擴建以後才搬到拉薩城內。
寺中的甘丹頗章（宮）為二世達賴根敦嘉措主持修建，掌領西藏地方政教大權。
三、色拉寺 西藏拉薩 建於明永樂十六年（1418年）
色拉寺由宗喀巴弟子降欽卻吉興建，後降欽卻吉應召赴北京，受封大慈法王。回藏後將欽賜經像等珍藏於寺內，至今仍存。
寺內有結巴、麥巴、阿巴3個扎倉(經院)。全盛時期，寺中有僧人8000餘，規模略次於哲蚌寺。
四、扎什倫布寺 西藏日喀則 建於明正統十二年（1447年）
扎什倫布寺全名為“扎什倫布白吉德欽曲唐結勒南巴傑瓦林”，意為“吉祥須彌聚福殊勝諸方州”。
扎什倫布寺由宗喀巴最小的弟子、後來被追溯為一世達賴的根敦珠巴在當時的後藏大貴族曲雄郎巴·索朗白桑和瓊傑巴·索朗班覺的資助下興建。
寺院開始定名為“崗堅典培”，意為雪域興佛寺，後被根敦珠巴改成現在的名字，歷時12年建成。
1600年，四世班禪羅桑·確吉堅贊任扎什倫布寺堪布（藏傳佛教寺院住持，相當於漢傳佛教寺院的方丈）時，對該寺進行了大規模擴建。
四世班禪是第一個被冊封的班禪，從此扎什倫布成了歷代班禪的駐錫之地。歷代班禪對扎什倫布寺均有擴建。
五、塔爾寺 青海湟中縣 建於明嘉靖三十九年（1560年）
塔爾寺是宗喀巴大師的降生地。宗喀巴成名後，有許多有關他靈蹟的傳說。
據說在宗喀巴大師誕生後，剪臍帶滴血的地方長出了一株白旃檀樹。明洪武十二年（1379年），宗喀巴母親按兒子來信所示，在信徒們的幫助下，以這株旃檀樹和宗喀巴所寄獅子吼佛像為胎藏，砌石建塔，這是塔爾寺最早的建築。
後來，該塔一再改建易名，成為現在大金瓦殿中的大銀塔，是全寺的主供神物，漢語塔爾寺即由此塔得名。明嘉靖三十九年（1560年），禪師仁欽·宗哲堅贊於塔旁建一靜房，聚僧坐禪。17年後，再建彌勒佛殿一座，塔爾寺初具規模，取藏名“袞本賢巴林”，意為“十萬佛身像彌勒洲寺”。
六、拉卜楞寺 甘肅夏河縣 建於清康熙四十八年（1709年）
拉卜楞寺由第一世嘉木樣活佛創建於1709年，後經歷代嘉木樣修建，現在已經成為甘、青、川地區最大的藏族宗教和文化中心。
拉卜楞寺內藏有各類經卷6萬餘冊，分全集、哲學、密宗、醫藥、聲明、綴韻、歷史、宗教、傳記、工巧、數學、詩詞12類，成為藏書最多的寺院。
拉卜楞寺設有顯宗聞思學院、密宗續部學院、續部上院、喜金剛學院、時輪金剛學院、醫學院等六大學院，為世界上最大的藏傳佛教僧人教學府，其嚴格的入學、教學、考試和畢業制度為藏族聚居區培養了大量宗教人才。
除寺主嘉木樣活佛外，該寺尚有著名的的“四大色赤”活佛系統，即貢唐倉、薩木察倉、霍爾藏倉、德哇倉。
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