劉秀登基後，用了十二年的時間終於克定天下
建武元年（公元25年）十月，劉秀定都洛陽。此時的長安，極度混亂，赤眉軍擁立傀儡小皇帝劉盆子建立了建世政權，擁兵三十萬眾，進逼關中。更始帝派遣諸將與赤眉軍交戰，均大敗而歸，死傷甚重，震動三輔。不久，更始帝向赤眉軍請降，獲封為長沙王，後來為赤眉軍縊殺。
劉秀聞綠林、赤眉兩大軍隊發生了火併，也派鄧禹西入關中，以觀時變。此間，三輔大飢，人相食，城郭皆空，白骨蔽野，赤眉數十萬大軍擁在長安，不日糧草即告匱乏，只得撤出長安，西走隴右以補充糧草，結果，為割據隴右的隗囂所敗。
此時正是嚴冬，“逢大雪，坑谷皆滿，士多凍死”，赤眉數十萬大軍只得東歸，再次折回長安，並擊敗了進駐那裡的鄧禹軍，迫使其退出長安，但此時，赤眉軍也遭受了極大的消耗。
鄧禹的西征軍不利，劉秀遣馮異前往關中，代替鄧禹指揮西征大軍。馮異到後，鄧禹聯合馮異部與赤眉再戰，結果再次大敗，馮異只率少數人棄馬步行才得脫身歸營，而鄧禹則敗走宜陽。馮異收攏打散的部下，堅壁清野，待機再戰。
不久，馮異軍與赤眉軍再次大戰於崤底（今澠池西南），雙方均傾眾而出，一直大戰到太陽偏西。在此之前，馮異提前選精壯之士換上與赤眉軍一樣的裝束，伏於道路兩側，此時見雙方皆已力衰，伏兵殺出，赤眉大軍驚潰大敗，被馮異迫降者八萬餘人。崤底之戰，使得赤眉軍再遭重創，加之糧草已盡，不得已再次轉向東南方，力圖補充糧草和人馬，擺脫困境。
早在崤底之戰前，劉秀鑑於關中大飢，人相食，而隗囂的重兵又陳於西方的局面，料赤眉必向東或南方向運動，遂遣破奸將軍侯進等屯新安（今澠池東），建威大將軍耿弇屯宜陽（今宜陽西），在東、南兩個方向堵截赤眉東歸或南下之路。
不久，劉秀得知馮異在崤底大破赤眉，而赤眉軍主力十多萬眾南下走宜陽，劉秀逐親引大軍馳援宜陽，與耿弇等人會合，共同阻擊赤眉南下。劉秀親率六軍，於宜陽前線將大軍擺開陣勢，大司馬吳漢的精兵立最前，中軍在其後，驍騎兵和帶甲武士分陳於左右兩側。
赤眉軍兵士疲憊，糧草缺乏，士氣低落到了極點，自崤底失敗後一路從關中折向南，至宜陽，迎面撞上劉秀佈下的重兵，兵困糧乏的赤眉軍，根本無力再戰。後面又有馮異的大軍，再回關中已無可能。在已陷入絕境的情況下，尚有十幾萬兵馬的赤眉軍，無奈在宜陽被迫請降，並向劉秀呈上，得自更始帝處的傳國玉璽和七尺寶劍。
赤眉軍投降後，上繳的兵器和甲冑堆放在宜陽的城西，與旁邊的熊耳山（山名，在宜陽以東）一樣高。至此，起自新莽天鳳五年，縱橫山東十餘年的赤眉軍，終被劉秀吞併在血泊之中。
與赤眉軍在關中激戰的同時，劉秀在關東（即函谷關以東）亦派遣以虎牙將軍蓋延為首的諸將，對梁王劉永進行東征。劉永，西漢梁孝王劉武的八世孫，其家世代為梁王，故在梁地素有威名。王莽攝政時，其父梁王劉立因結連平帝外家衛氏，被王莽所殺。
更始帝立，劉永覆被冊封為梁王，據舊地。後更始政亂，劉永遂據國起兵，以其弟劉防為輔國大將軍，招攬周建等豪傑為將帥，攻下齊陰、山陰、沛、楚、淮陽、汝南等二十八城，並遣使，拜董憲為翼漢大將軍、張歩輔漢大將軍，與共連兵，遂專據東方。
更始敗亡之後，劉永自稱天子，在睢陽登基。對於劉秀來說，近在東方睢陽的劉永，是對其威脅最大的軍事集團，劉永所在的睢陽距洛陽近在咫尺，時刻威脅著京師洛陽的安全。自建武二年始，劉秀先後派虎牙將軍蓋延和建威大將軍耿弇，分別平定了割據睢陽的劉永和青州的張歩，特別是耿弇與齊王張歩的戰鬥，極為慘烈，“城中溝塹皆滿，八九十里殭屍相屬”。此間，劉秀還親征海西王董憲，大獲全勝。到建武六年（公元31年）初，關東基本上為劉秀所定。
自建武元年（公元25年）至建武六年（公元31年）初，經過近六年的東征西討，劉秀已經基本上控制了除隴右和巴蜀之外的廣大中原之地，基本上統一了中國的東方，與西北隴右的隗囂、西南巴蜀的公孫述形成了鼎足之勢。
建武五年（公元30年）四月，光武帝至長安，告隗囂將派建威大將軍耿弇等七將軍從隴西攻蜀。隗囂反對，並派大將王元率兵據隴坻（今陝西隴縣西北），伐木塞道，阻止漢軍進攻。四月，漢軍沿渭北平原翻隴山，仰攻隴坻，結果大敗。王元跟蹤追擊，幸馬武率精騎斷後，使漢軍得以撤回。
劉秀留耿弇守漆縣（今陝西彬縣），馮異守栒邑（今陝西旬邑東北），祭遵守沂縣（今陝西隴縣南），另調吳漢由洛陽西進，在長安集結兵力。隗囂乘勝派行巡攻栒邑，王元取肝縣，均被擊敗。當時，割據河西的竇融已歸附劉秀，進攻金城（今甘肅蘭州），擊破助隗囂的羌族豪強何封等部，隗囂腹背受敵。隗囂大將馬援也在隗囂反漢時歸附於漢。光武帝給其精騎五千，招降隗囂部屬和羌族豪長，從內部分化瓦解隗囂。隗囂逐上書劉秀，表示親善，企圖以此作為緩兵之計，未遂。即派使向公孫述稱臣。
建武六年（公元31年）春，公孫述立隗囂為朔寧王，出兵援隴。秋，隗囂親率步騎三萬，進攻安定郡（郡治高平，今寧夏固原），進至陰架（今甘肅涇川東）。另派部隊進攻肝縣，企圖奪取關中，被馮異、祭遵分別擊敗。次年春，來歙率軍二千，秘密從番須、回中，襲佔略陽，威脅囂所據冀縣。隗囂集中精銳反攻略陽，數月未克。閏四月，劉秀利用隗囂頓兵堅城、士卒疲憊之機，進兵高平第一城，竇融也率河西步騎數萬前來會師。漢軍分路挺進隴山，招降瓦亭守將牛邯等隗囂大將十三人。屬縣十六、軍隊十餘萬皆降，略陽圍解。隗囂率殘部逃奔西城。漢軍佔領天水郡。
適值農民軍餘部復起，京師騷動，劉秀趕回洛陽。同年十一月，岑彭水灌西城時，隗囂部將王元、行巡、周宗率蜀援軍五千人趕到，從高地反擊，漢軍措手不及，王元等突入西城，迎隗囂入冀。時漢軍補給困難，糧食已盡，各部被迫出隴西。隗囂收拾殘部，一時又奪佔隴西數郡。次年正月，隗囂死。部眾擁立其少子隗純為王。
建武七年（公元32年）八月，耿弇、寇恂攻破高平第一城。十月，來歙、蓋延攻破落門，王元隻身逃奔公孫述，隗純等投降。此戰歷時四年，隴西始平定。
平隴戰後，劉秀即從南、北兩個方向，對益州的公孫述展開攻勢。
建武十一年（公元35年）三月，大司馬吳漢率荊州兵六萬，馬五千匹，於荊門與岑彭會合，沿長江西上入蜀；來歙、蓋延率諸軍自隴西南下攻河池入蜀。南線岑彭軍溯江西上，攻克荊門，俘程訊，斬任滿，田戎退守江州（今重慶市嘉陵江北岸），彭遂由三峽，長驅直入江關。沿途郡縣降附，大軍直迫江州。
同年六月，北路來歙軍大敗王元、環安軍，攻破下辨（今甘肅成縣西北）、河池，挺進蜀中。公孫述派人刺殺來歙，劉秀乃派將軍劉尚繼續率軍南下。江州城固糧多，不易攻破，岑彭遂留兵圍困，自率主力直指墊江（今四川合川），攻破平曲（今四川合川東）。
公孫述令延岑、呂鮪、王元、公孫恢率軍拒守廣漢（郡治樟潼，今屬四川）、資中（今四川資陽），另派侯丹率二萬人拒守黃石（今四川涪陵東北橫石灘）。岑彭留臧宮於平曲，拒蜀兵主力延岑，而自率軍折回江州，溯江西上，襲破黃石，倍道兼程二千餘里，迂迴岷江中游，佔領武陽（今四川彭山東），進擊廣都（今四川成都市南岷江東北岸）。公孫述派人刺殺岑彭。劉秀命吳漢率兵三萬趕到前線，接替岑彭指揮。
建武十二年（公元36年）一月，吳漢敗蜀軍於魚腹津（今四川眉山之岷江渡口），進圍武陽，殲滅蜀援軍五千餘人。西上再破廣都，逼近成都。吳漢求勝心切，率二萬步騎進攻成都，兵敗。吳漢隨即改變戰術，乘夜秘撤到錦江南岸與副將劉尚合兵，併力對敵，轉敗為勝。
此後，吳漢根據劉秀敵疲再攻的戰術，與蜀軍戰於成都、廣都之間，殲滅公孫述大量有生力量，兵臨成都城下。十一月，臧宮攻克繁（今四川彭縣西北）、郫（今四川郫縣）與吳漢會師，合圍成都。公孫述招募五千敢死士交延岑指揮，準備決戰。
延岑在市橋（今四川成都市南郊）大敗吳漢。吳漢隱蔽精銳，示弱誘敵。公孫述貿然出擊，蜀軍大敗，公孫述重傷死。延岑見大勢已去，率成都守軍投降。
自建武元年至建武十二年（公元36年），劉秀登基後，用了十二年的時間，終於克定天下，使得自新莽末年以來，四分五裂、戰火連年的中國再次歸於一統。
（本篇完）
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