希臘和土耳其隔愛琴海相望，但兩國關係一向不好，矛盾重重。主要表現在以下幾方面：
一、歷史恩怨。土耳其的前身是奧斯曼土耳其帝國，1460年，土耳其通過武力征服了整個希臘地區。土耳其對希臘實行殘酷的壓迫統治，不僅把希臘人視為二等公民，還在宗教信仰上予以歧視，所以數百年來希臘人一直以各種手段反抗土耳其人的統治。1821年，希臘獨立戰爭爆發，土耳其進行了殘酷的鎮壓。1822年，土耳其在希俄斯島對希臘人進行集體屠殺，把全島3歲以下的嬰兒，12歲以上的男性和40歲以上的女性全部殺害，造成近5萬人死亡，並將剩餘的5萬人賣做奴隸。1830年，希臘贏得戰爭，取得獨立。
一戰時，奧斯曼帝國站錯隊，帝國陷入崩潰。希臘則想趁著奧斯曼帝國分崩離析的時候，好好找土耳其人算算總賬，甚至拿下首都伊斯坦布爾，完成“偉大理想”。這時土耳其國父凱末爾橫空出世，多次以少勝多擊敗希臘，並徹底把希臘人趕了出去，贏得了土耳其的獨立。
所以希臘和土耳其兩國曾互相傷害過，創傷到現在仍未癒合，有很深的歷史恩怨。
二、愛琴海爭端。大家可以看看現在希臘和土耳其的地圖，會發現一個很奇怪的現象。土耳其和希臘隔著愛琴海相望，但希臘卻基本佔據了整個愛琴海域，而且把海岸邊境線劃在了土耳其的家門口。愛琴海域大約有2500個島嶼，希臘佔據了2400多個，土耳其僅僅有80多個。土耳其肯定對這種“欺負到家門口”的現實狀況極為不滿，想進一步謀求在愛琴海的利益。但對於鐵一般的既成事實，土耳其是有賊心沒賊膽，更何況希臘是根本不會答應的。但愛琴海的爭端，必然是兩國一個潛在矛盾點。
三、塞浦路斯問題。塞浦路斯問題是目前橫梗在希臘和土耳其兩國之間最大的矛盾。島國塞浦路斯曾是英國殖民地，1960年獨立，成立塞浦路斯共和國。該島人口希臘族佔70%，土耳其族佔10%。但獨立之時，在英國的操控下，規定塞浦路斯由希、土兩族組成聯合政府，希族人任總統，土族人任副總統，並同意希臘和土耳其在島上駐軍，維持秩序。
英國此舉完全是在複製“印巴問題”，希臘和土耳其很快在塞浦路斯發生衝突。1974年，土耳其出兵塞浦路斯，佔領北部37%的領土，並將土族居民全部北遷，自此塞浦路斯長期處於南北分裂狀態。1983年，在土耳其的支持下成立“北塞浦路斯土耳其共和國”，以希臘族為主的塞浦路斯堅決反對。目前只有土耳其一國承認北塞浦路斯。塞浦路斯的南北分裂也是希臘和土耳其兩國對抗的直接體現。
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