解读那些事儿
这个问题其实很简单，九龙寨城本身就已经给我们提供了答案。现在的九龙寨城公园内就有大鹏协府这个景点。答案还不明了吗？清末驻守九龙寨城的是广东水师大鹏协，而清朝协的编制主官是副将。因此，清末驻守九龙寨城的最高长官就是广东水师大鹏协副将。因为九龙寨城属于军事要塞，而非民用，并没有另外设置行政性质的衙门，所有事务都由大鹏协副将处置。
实际上，最初这片土地上只是驻扎了很少一支部队，即九龙汛。英国割占香港岛之后，清政府将九龙汛扩建为九龙寨，筑九龙寨城，并将广东水师大鹏营移防九龙寨城。后又将大鹏营扩编为大鹏协。
《中英拓展香港界址专条》签订时，在中方的力争下，留下了九龙寨城这块飞地。对于九龙寨城，中国拥有主权和治权，并可以保留原有官署及驻扎军队。
此后不久，清亡。九龙寨城自此沦为了一个三不管地带。拥有主权的北洋政府和国民政府管不到，英国政府不想管，香港政府又不敢管。三教九流、黄赌毒都在九龙寨城扎下根来。一时间九龙寨城成为了香港的犯罪中心、万恶之源，也成为了香港人口密度最高、卫生环境最差的区域。 1993年在中国政府的同意下，港英政府出动上万警力，花了一年时间，最终将九龙寨城全部清空、拆迁，并在原址建立了的九龙寨城公园。
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先上一张九龙城寨的鸟瞰图
最近因为观看了刘德华和甄子丹主演的电影《追龙》，刘德华饰演的雷洛在九龙城寨遇险，甄子丹饰演的豪哥带着兄弟在城寨中营救雷洛的精彩片段让我留下了深刻的印象，同时作为祖居平原的北方人，也对电影中的九龙城寨产生了浓厚的兴趣，绞尽脑汁也无法想象世界上竟然有如此复杂混乱拥挤的地方！
那么是什么原因形成了日后臭名昭著的九龙寨城呢？为了弄清城寨的前世今生我查阅了一些资料，正巧对于今天的提问有一些帮助。
根据我所查阅的资料当时驻守九龙城寨的清军是广东水师的大鹏营!大鹏营的长官是赖恩爵，而赖恩培是位从低级水勇一级级拼上来的将领，历任把总、千总、守备、都司、游击等职，后被提督关天培整顿水师才被补为海门营参将，因为自己老家居住新安县大鹏城，因此所部被称为“大鹏营”，所以说当时清朝末期驻守香港九龙寨城最高的官衔应该就是参将了.
九龙城寨是特定历史时期的特殊产物，真实的九龙城寨已经在1993年的大拆除中灰飞烟灭，而我们只能在电影中感受当时城寨的生活场景！
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清朝末期驻守香港九龙寨城最高的官衔，我认为应该是九龙巡检司的通判。
1842年，中英签订《南京条约》，割让香港岛予英国，九龙半岛一下子成为防御英军的最前沿。为了加强防卫，清政府设立九龙巡检司，扩建九龙汛为九龙寨，炮口对准了维港对岸的维多利亚城。由于九龙寨地处平地，无险可守，1846年两广总督耆英上书奏请兴建寨城，进一步增强防卫。经过8个月的工期，寨城于1847年5月完工。
当时的九龙寨城，可以说是一个戒备森严的军事要塞。围着寨城四周，筑有高高的城墙，东、西、南三面设立了32个炮位。寨城共有东南西北四个门，其中南门面向大海。城北筑有腰墙向后山延伸，墙上设有枪眼，城中建有望楼。清政府负责九龙政务的“九龙巡检司衙门”和负责防御的军事机关“大鹏协府”，便在寨城内开设。城内还有士兵营房、弹药库、军械库等十余所建筑。
因为巡检司的设立，那么对应的官职、官衔应该是通判。巡检司为县级衙门底下的基层组织，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，其功能性以军事为主。清末，中国人口大增，相对的县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有通判等官职的设置。大棚协府的对应官职，应该为千总、把总。
1899年4月，英军接管新界时，遭遇当地民众反抗。港英政府借此指责清政府驻守寨城，是新界民众反抗英国管治的原因，于当年5月份派兵进入九龙寨城，将城内的清朝官员和清军驱赶出境。12月，英国颁布《枢密院令》，单方面宣布寨城为“女皇陛下香港殖民地的一部分”。清政府对此据理力争、反复交涉。最终，英方退出了九龙寨城，但清政府忙于处置义和团事件无暇他顾，亦没有再派兵进驻，丧失了实际管辖权。
