在機構改革中，因職能發生變化，機構性質發生變化，單位的編制性質、崗位設置也會對應發生變化。原來的工作人員，一般都是按照“三定方案”要求，整體劃轉。
機構職能由行政職能剝離後，劃轉為公益服務職能，機構性質也會同時由行政部門改變為事業單位，人員也變為事業人員。這種現象，在《公務員法》頒佈實施之前，極為常見。例如縣區的文化廣電局、民政局，在一些地區都曾經設置為文化中心、民政服務中心。體改委拆分為房管局和住房資金管理中心後，由原來的一個行政單位，改為了兩個事業單位。還有政府招待所，由事業單位改為自收自支之後，原來的事業人員，成為企業人員，養老保險也由機關事業養老保險變成為企業養老保險。
事業單位性質改變，編制也要進行置換，由機構編制部門，將原來的行政編制調劑置換為事業編制，不允許出現混崗混編現象。在改革過程中，如果有正當理由，不願意進行崗位轉換，可以調整到其他單位就職。改革後，則必須服從組織人事部門安排。《行政法》規定的追溯期為兩年，兩年後也不能因為行政行為，再要求重新恢復原狀，調整到原來的身份待遇。
在新一輪機構改革中，如果單位性質轉換為事業，原來的公務員可以要求連人帶編制調整到其他行政單位任職。事業單位因承擔的行政職能，整體或者部分劃轉到行政機關，原來的參公人員也可以連人帶編劃轉，但普通事業人員則不能逆向劃轉。承擔生產經營職能的事業單位改企，正式職工也可以連人帶編分流到其他事業單位，無編、使用自定編制、自收自支編制的正式職工，還可以置換為全額編制。
機構改革要求“妥善安置職能，不能簡單推向社會”，造成新的就業問題，或者影響安定團結的大好局面，更要保護職工的合法利益，依法依規處置牽涉職工的個人問題。
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