佛教起源於印度，西漢時開始傳入中國，當時只在少數官僚中傳播。東漢時在中國開始修建寺院和翻譯佛經，但信仰的人並不多。魏晉時期的特定歷史條件，使佛教在中國逐漸盛行。佛教的中心思想是神不滅論，即認為人死亡之後，靈魂可以脫離肉體而存在，也就是認為有一個獨立而永不消失的精神(靈魂)，由此而推衍出生死輪迴和因果報應，並捏造出一個虛幻的世界—“天堂”和“地獄”來。佛教宣揚，人們忍受今生痛苦，以換取來生的幸福，只要虔誠信佛，作惡的人也會升入天堂。實際是企圖要勞動人民忍受現實苦難，寄希望於來生，而不必要求變革現
狀。魏晉以後的統治者正是利用佛教這種社會說教作為新的精神武器，在思想上麻痺各族勞動人民，所以佛教在封建統治者提侶下得以盛行。至於勞動人民之所以也接受佛教宣傳，則是由於他們所處的現實社會就是活生生的地獄，當他們感到鬥爭無力時，佛教正好給他們以擺脫現狀的虛幻希望。因此佛教的泛濫又是有其社會基礎的。
這一時期的南北統治者，除北魏拓跋燾、北周宇文邕曾經毀佛外，無不大力提倡佛教，梁武帝甚至親自講經說法。當時出現不少高僧，東晉釋慧遠在廬山傳教，使廬山成為南方佛教中心。也有不少外國高僧來中國傳教，後趙時有
西域沙門佛圖澄，後秦時有龜茲僧鴻摩羅什，他們譯出了大量佛經。當時中國僧倡去西方求經的有法顯等人。佛教的傳播雖然對人民起了精神鴉片的作甩，但伴隨佛教的傳入，也帶來了西域、天竺的文化，如對中國唯心主義哲學的影響，對中國文學中語彙、新的文體、音韻學的豐富，以及給中國的建築、雕刻、繪畫、音樂、醫學輸了印度與中亞的新成分等等。
道教萌芽於東漢，因為它奉黃帝、老子為教主，所以原始道教稱黃老道，曾被張角和張魯作為組織農民起義手段。起義失敗後，原始道教的教義被統治階級閹割去所謂“三張”(張修、張衡、張魯—編者)偽法—原始平等思想，發展了為地主階級需要的神仙之術和金丹服食之類內容，東晉葛洪是最早對道教進行這種改造的人。葛洪在西晉末年參加過鎮壓農民起義。早年學儒，東晉時退居羅浮山學道，歸宗道家。他將儒道加以揉合，主張“以六經訓俗士，
以方術授知音”。一方面強調君臣上下是天理自然，不能更改，一方面則極力宣揚採藥煉丹、養生延年之術，為大官僚的腐朽生活服務。道教完全變成了地主階級的宗教。梁朝的陶弘景，用某些佛教教義充實道教，使道教教義內容更加豐富。北魏寇謙之，對道教進行了又一次改造，他詭稱自己被太上老君授以“天師”之位，又接受了《圖錄真經》等秘法，而將誡律、養生術、符篆、金丹融為一體。寇謙之深受拓跋點的信任，他宣稱自己傳教的目的就是輔佐“北方太平真君”(拓跋燾)，拓跋燾為此封道教為國教，親至道壇受符篆。道教成了與儒、佛並列的一大宗教體系。
雖然這一時期佛、道盛行，但儒家思想仍佔重要地位，儘管由於儒、佛、道之間互爭正統，不斷髮生鬥爭，但在維護對勞動人民的統治上，他們又是一致的。不過地主階級的統治思想仍然是以儒家思想為主體。
在佛教流行的同時，反佛鬥爭也在發展。宋明帝誇耀自己修湘宮寺是一大功德，大臣虞願尖銳地指出:“此寺皆是百姓賣兒貼婦錢，佛若有知，當悲哭哀憋，罪高浮圖，有何功德！”北魏末年的楊銜之“見寺宇壯麗，損費金碧，王公相競侵漁百姓，乃撰《洛陽伽藍記》，言不恤眾庶也”，自揭露佛教的蠹害民眾。在理論上給佛教以深刻衝擊的是範縝。範縝，字子真，齊、梁間南鄉舞陰(今河南泌陽西北)人，少孤貧。他對“浮屠害政，桑門蠹俗”的現象深惡痛絕，在齊時就與竟陵王蕭子良進行了激烈的論戰。蕭子良問範縝，你不信因果，為什麼人有富貴貧賤之分?範縝說這就如同一樹鮮花隨風飄落，有的落在茵席上，有的落在溷(諢)廁裡，落在茵席上的是殿下，落在溷廁裡的是下官，哪裡有什麼因果?當時名士王融想以高官厚祿來勸誘範縝，他對範縝說，如果你不堅持神滅論，憑你的才華，不怕做不到中書郎。範縝說如果我要是“賣論取官”，何止中書郎，伯早已是令、僕了!梁武帝蕭衍親自主持由六十多人參加的一次對範縝大規模的圍攻，當時範縝“摧辯眾日，日服千人”，並寫出了有名的《神滅論》。
範縝在《神滅論》刃中，對佛教唯心主義的神不滅論進行了尖銳而有力的批判。他首先提出形神相即思想，說“神即形也，形即神也，是以形存則神存，形謝則神滅也。”認為精神是依賴於肉體而存在的，形體消亡則精神亦隨之消亡，實際也就肯定了唯物主義的物質第一性、精神是第二性的觀點。其次又進一步提出了形質神用思想，指出“形者神之質，神者形之用”，即是說肉體是精神存在的依據，精神是肉體所表現的作用。他通俗地用刀與鋒利的關係作比喻，指出“神之與質，猶利之於刃，形之於用，猶刃之於利。舍利無刃，舍刃無利”。由此引出結論說:“未聞刃沒而利存，豈容形亡而神在卜即是說只有肉體存在，精神才存在，沒有了肉體，精神何從體現?有力地批判了神不滅論。範繽還認為精神是人質所特有，他指出人和木頭同是物質，但人有知覺，木無知覺。也就是說只有人的質才能產生精神作用，知覺是人的獨特屬性，所以精神屬性不可能離開人而獨立存在。
範縝從理論上衝擊了佛教思想，並豐富了我國古代唯物主義思想體系，是古代哲學史上的光輝成就。但範縝思想也有其侷限性，如他為剝削制度辯護，以偶然因素解釋富貴貧賤的因果等。
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