在印尼和西方國家中，關於推翻蘇加諾政權的一般性解釋是：印尼共產黨在蘇加諾支持下，準備建立一個共產黨政府，這一計劃後來被印尼右翼軍方領導人的部隊鎮壓了。然而，當今有不少東、西方歷史學家以確鑿的事實證明，美國中央情報局插手了印尼的軍事政變。最明顯的是，印尼政變後，在美國中央情報局的支持、挑動和唆使下，國內大肆屠殺共產黨及其同情者和無辜華僑。
儘管美國政府和中央情報局至今仍迴避印尼“9. 30”事件，但對於這一指控始終不敢否認。中情局官員拉爾夫·麥吉曾經參與過中情局1965年在印尼的秘密活動。他聲稱，中情局製造了導致印尼大屠殺的氣氛，手段高超，取得了非凡的成功，以至中情局打算把這套經驗介紹到整個第三世界中去。麥吉在一部被中央情報局刪除部分內容後才允許公開發表的回憶錄《彌天大謊》中寫道：1965年，一批年輕的印尼軍官企圖推翻得到美國支持的軍人統治集團，並且謀殺了7名高級將領中的6人。
中央情報局便利用這個機會來推翻蘇加諾，消滅共產黨……由於中央情報局的行動，估計死亡人數達50萬至100多萬。最初，印尼軍隊把印尼共產黨拋在一邊，因為共產黨沒有參與政變的陰謀。結果，印尼軍方領導人發動了一場血腥的鎮壓運動。在激發起公眾對印尼共產黨的怨恨時，宣傳報道發揮了關鍵性的作用。遇難將軍的碎屍照片出現在報刊和電視上，還附帶種種聳人聽聞的荒謬傳說，講照片上的印尼將軍被印尼女共產黨挖下眼珠，閹割了。蓄意編造故事是為了激起對共產黨的公憤，為大屠殺作準備……中央情報局特別自豪所取得的成功，還推薦這一事件作為未來秘密行動的樣板。
8年以後，發生在智利的右翼軍人推翻阿連德總統的政變，正是按照中情局取名為“雅加達方案”的藍本秘密進行的。在“9. 30 事件”中，中情局駐雅加達情報站站長休·託瓦是一個關鍵人物，他“負責建立了中央情報局與印度尼西亞軍方之間的密切聯繫”。作為回報，印尼軍方向美國提供了有關蘇聯裝備的各方面情報及樣品。美駐印尼大使亨利·洛奇也是個重要人物。他曾在韓國、越南任職，李承晚、吳庭豔的垮臺都與他有關。現在蘇加諾也垮了。難怪輿論界稱他為“顛覆專家”。
英國人愛德·肯尼上尉曾經為英國和澳大利亞秘密情報機構工作。 據 l996年英國《觀察家報》報導，剛剛披露的秘密文件表明，英國在印尼“九卅事件”中支持軍人集團屠殺了 50 萬印尼共產黨人及其支持者。秘密文件披露了英國在三個關鍵方面所起的作用——1.政治支持英國外交部授意駐印尼大使吉爾克里斯特“在目前繼續混亂的情況下，我們在暗中支持將軍們的行動是萬無一失的”。也正是這個大使，在寫給倫敦的信中聲稱：“我從不向你們隱瞞我的觀點：在印尼發生有效的變革之前必然會發生屠殺事件，這是分娩前的陣痛，是很自然的事情。”英國方面已經向印尼軍方表明了支持的態度。
11 月24日，英國情報機構報告：“已有大批印尼共產黨人被殺害。還給一些受害者發了匕首，要這些人自己結束生命，但是大多數人拒絕這樣做，於是便命令他們轉過身，從背後向他們開了槍”。到 12月中旬，據美國大使館估計已有 10萬人遭到殺害。2.隱蔽行動10月5日，英國一名政治顧問向外交部建議：“我們應該毫不猶豫地、儘可能地在暗中採取行動，以敗壞印尼共產黨在軍隊和人民心目中的名聲。”外交部接受了“敗壞印尼共產黨名聲”的建議，並提出了一些“相適宜的宣傳命題”，如：“印尼共產黨的殘暴行徑”、“中國在運送武器方面所起的作用”等。
10月9日這位政治顧問證實，已經安排散發了一些材料。英國的秘密行動甚至還有更險惡的一面。 1965年，在印尼對婆羅州提出主權要求的情況下，英國曾幫助馬來西亞保衛這個島嶼。但是，英國外交部生怕印尼軍隊因捲入婆羅州的戰鬥而放鬆對印尼共產黨人的捕殺。於是，英國駐印尼大使向倫敦建議，“我們應該向將軍們傳遞這樣的信息：當他們在追擊印尼共產黨的時候，我們將不會對他們發動進攻。”吉爾克里斯特本人親自向印尼軍人政權發出了“措辭謹慎的口頭信息”，以便讓他們取消顧忌，放開手腳去殺戮印尼共產黨人。
3.提供武器。由於英國是美國的盟友，而英國在婆羅州問題上支持馬來西亞，因此，美國中央情報局在向印尼軍人集團提供武器時，事先取得了英國的同意。美國的秘密文件表明， 11 月初，印尼的一些將軍要求美國提供裝備，“以武裝年輕的穆斯林和民族主義分子……用他們來對付印尼共產黨”。隨後，中情局將貼上“藥品”標籤的軍用物資秘密運往印尼。從上述事實中不難看出，美國中央情報局和英國秘密情報機關在印尼“9.30 事件”事件中扮演了相當重要的角色，西方盟國澳大利亞的諜報機關也是“功不可沒，”積極配合。
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