魔法禁书目录因为剧情做的太赶，导致暗部乱斗篇只用了3集就做完了，很多人恐怕看的是一头雾水。暗部乱斗究竟讲了什么故事呢？暗部各自的目的又分别是什么呢？
block(区块)
block的成员有佐久辰彦(首领)、手盐惠未(原警备员)、山手(被艾扎克干掉并被顶替)、铁网(穿水手服的妹子，打酱油的)
block的目的很简单，就是干掉学园都市的理事长亚雷斯塔。为此他们联系上了学园都市外面的5000佣兵，准备攻陷少年疗养院（能力者监狱）里的人，并以此来威胁结标淡希，将炸药传送到大楼里炸死亚雷斯塔。可惜最后被集团阻止计划，铁网被艾扎克炸飞手指，因剧痛失去行动能力，首领佐久辰彦也因为不顾学生的生命，被手盐惠未(原警备员)干掉，手盐惠未则被结标淡希生擒。
school（学校）
school的成员有垣根帝督(首领，学园都市老二)、心理定规(漂亮的礼服妹子)、砂皿致密(外部找来的狙击手大叔)、誉望万化(那个把车劈成两半，干掉人才派遣的人)、弓箭猎虎（原狙击手）
school的目的就是见到亚雷斯塔，并且获得更高的地位，为此他从粒子研究所里夺取超微粒干涉器（简称镊子），目的为了收集亚雷斯塔散布在学园都市的纳米情报机器人滞空回线，并准备用这些机密作为筹码。为此需要扰乱学园都市的治安，准备了狙击手砂皿致密来暗杀学园都市董事（前一个狙击手弓箭猎虎被芙兰达和佐天泪子联手干掉，动画开头滨面仕上撒的骨灰就是弓箭猎虎的）。
虽然暗杀失败，不过也成功扰乱了学园都市的治安。与暗部组织“道具”围绕“镊子”发生争斗，袭击了原子粒子工学研究所，在战斗中，誉望万化被麦野沈利杀死。
垣根帝督杀掉了前来找茬的Member的首领博士，并且抓到了尾随而来的芙兰达，芙兰达被抓，供出了Item的所在地。利用这一情报，以泷壶理后为目标袭击了Item。期间Item的绢旗最爱、school的砂皿致密均重伤退场，Item其他成员全部逃跑，这一行动导致Item内讧。
在调查镊子后，垣根帝督发现里面的情报不足以见到亚雷斯塔，于是盯上了某个萝莉控家的萝莉，顺带重伤了掩护最后之作的初春饰利。被赶来的萝莉控同学暴打一顿。不死心的他还偷袭了前来阻止一方的黄泉川爱穗。最后发怒的一方打变成碎块扔到生命维持装置中（冰箱）
Member（人员）
Member的成员有博士(首领)、马场芳郎(躲在暗处的黑客)、查乐（找一方麻烦的LV3)、索绮特（魔法师），Member是大光头直属的暗部，其目的是消灭失控的暗部，以及任何对理事会有威胁的存在。
可惜的是Member全员杂鱼，博士被垣根帝督干掉，马场芳郎被困在避难所、查乐死的不能再死、索绮特使用了原典，虽然艾札力强行获得原典的使用权救下了索绮特，但是剩余肉体只剩三分之一，被送往第七学区的医院治疗。
Item（道具）
Item的成员有麦野沉利(首领)、芙兰达·塞维伦、绢旗最爱、泷壶理后、滨面仕上。目的姑且是守护学园都市的治安，但一般是麦野沉利在任性妄为。
因为被school袭击，导致Item发生内讧，芙兰达被麦野肃清（变成芙非达了），绢旗最爱被垣根帝督重伤，泷壶理后身体到了极限，不能使用能力。反叛的滨面仕上干掉了首领麦野沉利（第二个达成了LV0干掉LV5的壮举）
Group（集团）
Group的成员有一方通行、土御门元春、结标淡希、艾札力。他们的目的就是维护治安，他们是这次暗部乱斗的胜利者，所有成员无一死亡（受伤还是有的），除了item小队以外，他们和其他所有暗部为敌。并且击败全部敌人。
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