其實我想說日本沒有失去20年（至少不像媒體渲染的程度，其實即便是日本媒體有時也不專業），這個問題很複雜， 想到哪兒說到哪兒。
首先，應當考慮購買力因素，事實上1990年泡沫頂峰時期，日本奇高的人均GDP（美元計）是日元被高估的結果。
下圖是人均PPP的推移，總體來看日本的情況還算正常，直觀看圖發現最近幾年發達經濟體逐漸分化，但考慮到這不是對數圖，實質差別並不大（紅：美國，黃：意大利，紫：法國，淺藍：德國）
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另一方面，必須考慮到日本勞動力減少的事實。由於老齡化意味著壽命延長和出生人口減少，顯然勞動力減少的速度要遠遠快於人口減少的速度，拿GDP取人均值說明不了任何問題，特別是拿日本和美國這樣人口年齡結構非常穩定的國家來比較。
即便考慮到日本某些老年人參與勞動這一事實，我們也必須承認，日本的老齡化使得總工作小時數減少，但單位工作時間創造GDP的增速方面（下表第一項），日本並不比歐美差，在下表所示的三個時間段內，至少是均高於德國的。
下表是另一個統計值（OECD等的數據），發達經濟體的情況差不太多。
然後，1990年泡沫破裂其實是非常必須的修正，過大的民間企業借貸和建設投資暗示的是必須有充足的增量消費支撐才能收回，而那時候的日本民眾的消費結構極為畸形，奢侈品和性價比一般的商品反而暢銷，越貴越買。（下圖是日本人消費行為的變遷）
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另外，如果以日本某些電子行業B2C企業的沒落來概括日本經濟是很不恰當的，事實上日本的GNP（國民生產總值）/GDP是大國中最高的（下圖：3.7%+1），日企在海外獲得的收益相當可觀，而不是某些媒體宣傳的節節敗退。
雖然貿易收支因為生產轉移至海外、核電站停擺、新興國家企業崛起等原因出現了大幅惡化，不過其他收支的增長抵消了這些，包括證券投資收益、直接投資收益（海外子公司的分紅等）和專利收益，使得近20年日本的GNP/GDP不斷上升，在下圖所示的主要國家中，僅低於擁有大量海外勞工僑匯的菲律賓（最後一個圖）。
企業方面
下圖表明，日本企業仍然在大多數領域具有極強的國際競爭力，日本GDP目前僅佔全球的6%，而日系企業在主要工業品的市場份額則普遍在20%以上，甚至有不少處於壟斷地位的產品。（橫軸：日本企業的市場份額，縱軸：市場規模【2010年 單位是日元】，圓的直徑反映市場規模，最大的那個橙色圓是汽車）。因為大量優良企業集中在產業鏈上游，屬於B2B性質，大家知之甚少，才造成了日企境況不佳的錯覺，想要大致瞭解的朋友可以看看我以前的一次回答日本 2014 年「最富有公司排行榜」中，有哪些是名震日本但在外國無人知曉的？ - leon 的回答。
接下來我們看日本所有企業的營業現金流（約為淨利潤+折舊費），當下日企（2013年，72萬億日元）比1990年的29萬億日元高出數倍。雖然1990年銀行等依靠過度放貸創造了驚人的利潤，但製造業的收益就很一般，銀行在隨後被不斷增加的壞賬吞噬，接連刷新虧損額紀錄，直至2005年問題才基本解決。
熟悉日本企業的朋友會知道上世紀90年代日本企業的利潤非常可憐，同等規模的企業利潤不及歐美企業的零頭，屬於典型的大而不強，賺到一點錢都拿去建工廠和炒房，現金流量表非常畸形。現在日企逐漸趕上，一些主要企業的利潤率（基於Ebitda）與歐美企業相當甚至略高（典型的例子如小松與卡特彼勒，久保田與迪爾等）。
日本企業相對比較困難的時期是上世紀末的滯漲期，由於早年資本投資使用了借貸，日本國內市場不景氣導致新工廠開工率低下，投資收回困難，加上日元高企，出現了下圖的平臺期。
下圖是日本非金融企業的股東權益比率（股東權益/總資產），1990年尚只有20%，現在恢復到了40%。
（下圖時間從1954年至今）
下圖是非政府和金融業的債務/GDP比例，在擺脫上世紀末的滯漲後，日本一般企業的債務水平顯著減少。
日本企業的業績改善也可以從遵循價值投資的海外投資者處得到印證，下圖反映日本股市的海外投資者持股比例（空心線），從1990年的僅5%增至目前的近33%。
當然，你也許會說日經指數從89年底至現在仍然下跌超過一半，難道日本經濟不是崩潰麼。但需要指出的是，當年除了金融股、建築商、NTT、鋼鐵股的股價嚴重虛高外，其他上市公司並不太貴，日經指數被拖垮也基本是因為金融股的重挫，由於銀行經歷了不斷的兼併重組，在1990年佔據日股市值三分之一強的銀行跌了八成以上，其他金融企業也是重災區，甚至有破產（指數影響部分清零）的企業。
典型的銀行比如日本第三大銀行瑞穗FG，目前市值為4.7兆日元，而其合併前的公司在1989年頂峰期的總市值則高達34.6兆日元（日本興業銀行：13.3兆，第一勸銀：8.6兆，富士銀行：9.6兆），加上同屬瑞穗集團旗下的原安田信託銀行（89年市值2.3兆）和新光證券，跌幅高達86.5%，僅這一家銀行減少的市值就相當於目前日股市值的6%，衝擊程度可見一般。
最後，日本一些B2C企業存在的問題還是不少的，不過總體來看並不比其他發達國家企業嚴重，或者說是新興國家崛起的必然結果，請參看我以前的回答和文章日本“消費電子”廠商的迷茫簡析 - 企業分析 - 知乎專欄，如何看待日本的「加拉帕戈斯」現象？ - leon 的回答。最後的最後，我們拿日本和中國比較一下，中國經濟增長的可持續性仍然相當驚人。
參考資料：MUMSS、麥格理、摩根大通、WOORI、大摩、花旗、野村的幾篇報告和經產省的公開資料。
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