1、新植蕉園必須嚴格選擇無病優質壯苗栽培，最好選擇健康無病的試管苗作為種植材料為佳。
2、香蕉定植後必須定期檢查，一旦發現病株及早連根挖除、帶出園外銷燬，以減少園間病菌侵染源。挖除病株前需先全園噴施殺蟲劑加新高脂膜滅殺蚜蟲，以減少病菌傳播途徑。病株挖除後需將植穴及周圍土壤翻起灑施石灰，暴曬半個月後在補植新苗。
3、加強園間土肥水管理、合理供水施肥，均衡施用氮、磷、鉀，避免偏施氮肥，以提高植株抗性和免疫力、降低束頂病為害幾率。
4、對於初發現束頂病為害的植株可使用針對性藥劑從頂心慢慢往下滴灌注入蕉杆，防治效果較好。配合全園噴塗護樹將軍可在果樹表面迅速形成一層熒光保護膜、具有窒息性殺菌、防止病毒複製和感染。對於發病率達30％～50％以上的病園，由於傳染機會太多，挖除病株後的健株還會大量發病。在這種情況下，應改種其他作物或與水稻、甘蔗等作物合理輪作，以減少香蕉束頂病的病源及傳病蟲源。
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