稻草与稻茬及根系，在土壤中属于碳氮比比较高的有机质，如果不经过腐熟，就会影响土壤肥力状况。稻草留在土壤中，必须要经过充足的腐熟，否则次年，由于土壤碳氮比失调，土壤微生物在温度、湿度条件适宜的时候，就要分解过高的碳素，这是一个自然规律。而土壤微生物活动的最适温度一般在26-32℃，低于这个温度，微生物没有活动，处于休眠期就不会分解有机质。明年夏天地面温度达到最适温度时，微生物活跃起来，而那时候水稻早已插秧，过多的稻草留在水稻土中，如果不能及时分解，会产生很大的影响：
一、影响土壤封闭除草剂的除草效果，原理就是，土壤封闭除草剂会被这些泡烂的杂草吸收，无法接解到杂草种子，在土壤中的除草剂由于浓度低而达不到化学除草的目的。即使多次使用除草剂也不能达到对杂草的有效防除。
二、给稻田土壤带来充足的菌源，今年寒地稻作区的纹枯病发病很重，已经达到影响产量的程度，纹枯病的致病菌就是丝核菌，菌核在稻草上越冬，次年留在土壤里，对水稻产生侵染循环。还有一些虫卵也是如此，今年早春插秧的水稻，一插秧就受到了潜叶蝇的危害。
三、土壤微生物分解这些稻草有机质的时候，会产生与水稻争氮现象，导致前期氮肥效果不显著，影响水稻分蘖。等到这些物质分解结束时，会释放大量的氮素，影响水稻控蘖，严重影响水稻产量并造成倒伏和稻瘟病的发生。同时有些农户不明白这个道理过量的施入氮肥还会产生水稻贪青的现象。
四、水稻田灌溉是一个淹水过程，有很强的还原性，氧化还原电位达到-630mv的强还原条件下，有机质不能被有效地分解，从而产生甲酸、乙酸、丙酸、丁酸等有机酸，含氮部分被分解同时会挥发出恶臭的味道，在水稻茎基部产生黑色粘稠物质。
表现症状：高温时田间有气泡产生，茎基部呈黑色，根系吸水能力下降，即使田间有水层高温天叶片仍然产生缺水的现象。拔出根系，有大量的未腐熟的稻草附着，恶臭，水稻叶片发黄，分蘖死亡等现象。
大量的稻草在稻田中，会对农业生产造成严重的影响，究竟如何处理呢？每公顷施入80公斤尿素或150公斤硫酸铵或相近氮量的其它氮肥，喷施1000-2000毫升的酵素发酵剂，以促进稻草秸杆发酵分解，明年底肥中减少60公斤尿素或等量的氮素。可以用旱田喷雾的车量喷雾，每次用500毫升左右，分三次喷撒。（此方法有待于更多的试验数据验证，大家可以选择地试用）
至今为止，没有看到关于秸杆焚烧污染大气的准确分析数据，出现的烟尘和雾应属于低气压现象，降雨后或气压回升自然就没有了，如果说燃烧秸秆对大气环境破坏，那汽车尾气呢？为什么不禁止。如果不焚烧秸杆，导致明年的病、虫、草害增加，农户一定大量施用农药来进行相应的防治，这样就会造成农药用量加大，对环境的污染与焚烧秸杆对环境的污染哪个更大，应该做一个客观的分析，俗话说“两害相遇取其轻”。过量的秸杆烧掉，我觉得是可行的，虽然烧掉了有机质，但无机盐矿质元素还是留在土壤中，并且可以烧掉病菌和虫卵，减轻了第二年病虫害的发生。
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