水面舰艇电磁兼容的难度要高于其他武器。主要体现以下几个方面；首先是电子系统设备多，包括雷达、通信、导航等多种设备，工作频率广，几乎覆盖超长波 到毫米波。另外设备功率强大，可以高达光兆瓦级，加上现代水面舰艇经常以编队作战，这样可能数部甚至数十部设备一起工作，电磁环境恶劣。
海军电磁兼容问题头绪多难度大美军也未解决
另外舰艇上层建筑复杂，加上经常在高温高盐环境工作，所以结构非常容易出现在“锈蚀螺栓效应”，从而产生互调产物，进一步污染电磁环境。再加上舰艇功率巨大的电源系统，由于大负荷的接通与断开会引起的电源特性变化，从而对舰上的设备造成干扰。所以舰艇的电磁兼容问题比其他军用装备更加复杂，难度也更大。
即使拥有世界最先进的美国，早就进行大量的电磁兼容方面的工作，对于电磁兼容方面进行了大量的研究和探索，然后建立了舰船微波电磁兼容分析、舰船通信系统电磁兼容分析等大量的模型，并且建立三军通用的电磁兼容数据库，但是依然有大量的问题没有解决。
根据相关资料，在本世纪初，美国海军就有近600个电磁兼容性问题没有解决。 而英国海军由于没有解决雷达和通信系统的电磁兼容问题，在马岛海战中，“谢菲尔德”号为了保证通信系统的工作而关闭了雷达，结果对方飞鱼雷达此时飞临，结果被击沉。
为防止电磁干扰中国驱逐舰曾不带导弹
中国电磁兼容技术起步较迟，在上世纪70年代才开始着手建立相关试验设施和标准。而国外早在50年代就开始相关工作的建设，但是受限于当时的经济技术实力，这项工作在武器装备的研制过程中，并没有得到普遍的运用。例如中国自行研制的第一代水面舰艇，没有系统、全面的考虑电磁兼容问题，结果051型驱逐舰首批舰护卫中国测控船队到南太平洋执行远程运载火箭的测控任务的时候，由于海区电磁环境恶劣，为了防止反舰导弹意外发射，所有舰艇均没有配备导弹。
中国电磁兼容现只能解决小编队兼容问题
此后在自行研制和引进技术的基础上，中国电磁兼容研究得到加速发展。参照美国军用标准，制订了中国自己的电磁兼容军用标准，另外在基础理论、材料及设计手段都有了较大的突破。水面舰艇方面从第二代水面舰艇开始，在舰艇设计之初就明确了电磁兼容方面的设计要求，设计中采用了船船试验优化天线布置、同时建立相关模型，确定电子设备之间是否相互产生干扰，研制新型数字信号单点接地系统等。增强了中国水面舰艇的电磁兼容能力。
目前中国已经研制了第一代电磁兼容管理系统，进一步提高了全舰电磁兼容性能。更为重要的是在新一代水面舰艇，首次进行了机舰一体化的电磁兼容性的研究，为中国航母的论证和建造打下了初步的基础。
尽管中国在水面舰艇电磁兼容性领域取得了一定的进展。但是实事求是的说，与国外还是有一定的差距，特别是在一些基础研究和模型上面，目前完成的多是单舰和小编队的电磁兼容性项目，设备相对较少，处理起来比较简单。
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