故事發生在1963年馬里蘭州最大的城市巴爾的摩，主角伊萊莎是個啞女，她租住在電影院樓上的公寓裡，每天過著規律的生活，起床之後先往浴缸裡放上熱水，接著煮上三枚雞蛋，再潛入浴缸做一點羞羞的事情。
伊萊莎有一個鄰居兼男閨蜜賈爾斯，賈爾斯是個禿頂且鬱郁不得志的畫家，他的畫不受經紀人的待見。賈爾斯喜歡上了餐廳的男侍應生，為接近男侍應生，總是去那家餐廳買並不好吃的青檸派，不好吃又捨不得扔，以至把整個冰箱都塞滿了。
伊萊莎還有一個女閨蜜澤爾達，兩人是同在研究中心做保潔工作的同事，澤爾達總是一邊幹活一邊聊著她那個在家裡沉默寡言的丈夫布魯斯。
這個故事的男主角則是一隻人形兩棲生物，他剛被送來研究中心是關在大水箱裡的，和女主角的初次邂逅頗不友好。更不友好的則是故事中的大反派斯特里克蘭出場，當伊萊莎和澤爾達在打掃男衛生間時，斯特里克蘭進來當著二人的面撒尿。
伊萊莎和人形兩棲生物的跨物種友誼始於請他吃雞蛋，接著為他跳舞。而影片的另一條故事線是，科學家同時也是蘇聯潛伏特務的鮑勃，他不忍看到研究中心要活體解剖人形兩棲生物，於是找到自己的特務上線，可上線卻要他直接殺了這隻生物，上線的邏輯簡單而粗暴：既然蘇聯人不能得到他，那就至少要讓美國人也不能從他身上學到什麼。鮑勃無計可尋之時，意外發現了伊萊莎的營救計劃，於是主動出手相助。
伊萊莎先是試圖說服賈爾斯幫忙，賈爾斯不想管閒事，覺得那隻生物就只是生物而已，連人都不是。在此，伊萊莎為回應賈爾斯的冷漠，說出了本片最有力的臺詞：如果我們什麼都不做，我們也不算人！
賈爾斯拿著修改過的畫，第二次去找經紀人，得到的回應是“現在時機不好”。賈爾斯接著去找侍應生表白，得到的回應是“這是一家家庭餐館”。遭遇了事業、愛情雙重打擊的賈爾斯，回去就加入了伊萊莎的營救計劃。
伊萊莎搶救出生物，被發現異常的澤爾達趕來阻止。與此同時，鮑勃的炸藥讓研究中心停電了，澤爾達臨時改變主意，參與到伊萊莎的營救計劃當中。
伊萊莎將生物帶回家，放進她的浴缸，然後在浴缸裡撒上了大把的鹽，計劃趁著幾天後下大雨運河開閘，把他帶去放生。
在伊萊莎家，生物鬧出一點亂子，先是吃掉了賈爾斯的一隻貓，繼而又抓傷了賈爾斯的手臂。可當伊萊莎把他找回來後，他以自己特有的方式向賈爾斯道歉了，還神奇地治癒了賈爾斯手臂的抓傷，並讓賈爾斯的禿頂長出了頭髮。
不久後，伊萊莎和生物在浴室裡做了一些羞羞的事情。伊萊莎甚至讓浴缸裡的水流出來，浸漫了整個浴室，然後在填滿了水的浴室裡和生物做羞羞的事情，以至於水流滴到了樓下的電影院裡。隨著離別的日子漸漸臨近，伊萊莎對生物很是不捨。
與此同時，斯特里克蘭也被將軍勒令要抓回生物。他先是找到鮑勃，從鮑勃的蘇聯同志槍口救下了他，再從鮑勃的嘴裡拷問出生物是被伊萊莎和澤爾達所救。斯特里克蘭到澤爾達家，從澤爾達懦弱的丈夫布魯斯那裡知道了生物在伊萊莎家。斯特里克蘭到伊萊莎家卻不見任何人影，直到他在日曆上看到伊萊莎留下的信息，接著驅車追往碼頭。
斯特里克蘭趕到碼頭，開槍射中生物和伊萊莎，兩人相繼倒下。在一旁目睹了這一切的賈爾斯，卻發現生物的傷口很快癒合了。接著，生物站過來，揮過一爪割破了斯特里克蘭的喉頭。影片的結尾，是生物抱起伊萊莎躍入水中。賈爾斯在旁白中說：“從此他們永遠都幸福快樂。”
簡單的說，故事講的是一個啞女的跨物種愛情。其實，要說愛情也很牽強。伊萊莎為什麼會愛上那隻人形兩棲生物？大凡愛情，總有原因，要麼是他美到讓你一見鍾情，就好像賈爾斯對侍應生的愛；要麼是長時間的相處讓你日久生情，就好像澤爾達對布魯斯的愛。可我相信任何一個看到那個生物的人，都不會覺得他美；至於日久生情，就更不可能了，他們才在一起多久呢？非要推究，只能是伊萊莎太寂寞了。每天早晨都需要在浴缸裡做一點羞羞的事情的伊萊莎，別說男朋友了，連男炮友也沒有，對門住著的還是一個男同性戀。但就算是這樣，跨物種的慾望也仍然讓小編匪疑所思。
既然正常的邏輯想不通，那就只好往隱喻的路子上去開拓想象了。好在影片給出了一些信息，先是通過電影院裡放映的《埃及豔后》定位了故事發生在1963年，接著通過電視新聞交待了當時正發生非裔美國人民權運動這一時代背景。看到軍警用高壓水槍噴射遊行人群的畫面，賈爾斯害怕得讓伊萊莎趕緊調臺。而大反派斯特里克蘭在出場時，指著他放在盥洗臺上的電擊趕牛棒說了一句：“那根可愛的小玩意是阿拉巴馬州的見面打招呼。”這兩個人物很具有代表性，賈爾斯代表的是在民權運動中袖手掩目、避之唯恐不及的美國犬儒知識分子，斯特里克蘭則代表的是積極充當當局打手的劊子手警察。1963年，警察在阿拉巴馬州伯明翰粗暴鎮壓馬丁·路德·金領導的民權運動。以這兩個人物為座標，那麼人形兩棲生物無疑就是隱喻了民權運動中的主力軍：受壓抑受迫害的非裔美國人。啞女清潔工伊萊莎和人形兩棲生物的結合，隱喻著白人下層工人階級和非裔民權運動的聯盟。
戴錦華指責這一屆的奧斯卡選片，對於“今天世界上的急迫問題，比如說難民問題、種族主義、宗教原教旨主義和恐怖主義威脅，民粹主義興起和全球急劇的貧富分化，人工智能應用所造成的棄民問題，全無涉及。”但是，由小編上述的分析看來，倒並非如此。《水形物語》的主題還是有關種族主義，只不過它是以跨物種的愛情來抽象化種族隔離主義問題的表達，並進而拐了好幾道彎子來批評特朗普政府的移民政策。但畢竟本片的隱喻過於晦澀了，一般的美國觀眾都很難一下子產生相關的聯想，更不要說對美國曆史並不熟悉的全球觀眾了。但女主角的這句臺詞，還是有很現實意義的：如果我們什麼都不做，我們也不算人！
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