1949年之後，兩岸關係非常緊張，國民黨一直有著“反攻大陸”的打算，蔣介石把“光復大陸，統一中國”作為終生大業，諜戰活動帶有很強的進攻性和主動性，基本上是以策反和暗殺為主。兩岸的反間諜運動也如火如荼。臺灣經過“肅清匪諜”運動，抓捕和處決了大量“共諜”；而大陸經過一系列政治運動，也大抓大殺“臺特”，這段時期，是兩岸諜戰最活躍，也最慘烈的時期。
軍統是中國現代情報機構的起源
當時負責臺灣諜報工作的，就是“臺灣國防部保密局”後來改名為“軍情局”。“軍情局”下設7個處、1個“情報研究中心”和1個“秘密交通中心”，其活動主要是收集大陸政治、軍事情報，情況需要時還可以策劃破壞、暗殺，對大陸沿海地區進行襲擊、騷擾、心裡戰等活動。
“軍情局”、“保密局”和軍統是一脈相連的機構。軍統建立在北伐戰爭之時，誕生於蔣介石的國民革命軍總司令部，時稱密查組，由戴笠負責，當時負責與中共的鬥爭，蒐集北伐前線軍情，軍統是中國現代情報機構的起源。
1950年前後，臺灣情報機關的工作重點是“政治顛覆，內部策反，敵後遊擊”。很多派赴大陸的諜報人員都沒有經過專業的現代情報訓練，但卻是實在的黨政軍情報部門在編人員，派赴任務多帶有暴力性質，如爆破、刺殺和武裝攻擊。
設秘密總部搞“反攻大陸”情報活動
蔣介石的紅人，保密局上校偵防組組長谷正文在臺北附近設立了“求實齋”，其實就是他搞“反攻大陸”情報活動的秘密總部。
他捨棄保密局正規訓練特務的方式和人員取得的管道，從成千上萬從大陸流落到臺的單身流民中挑選人員，送到臺北近郊的“藍天海水浴場”附近的情報局所屬秘密基地，接受情報訓練。
訓練的內容除了基本的游泳和潛水訓練以外，主要是爆破、暗殺、搏擊、通訊，以及若干簡單易學的情報技巧。只要短短几個月，訓練好一批人，就可以派他們去“反攻大陸”了。
那時候，在谷正文的策動下，在大陸各省，臺灣情報人員的“反攻”行動此起彼伏。毛澤東、周恩來等人都經歷過臺灣精心策劃的刺殺事件。
暗殺迭起：毛澤東周恩來險遭密謀殺害
因為毛澤東、周恩來等人在國內的時候保衛嚴密，不容易下手。因此，每次他們出國都成為了臺灣間諜們積極部署實施暗殺計劃的好機會。 1955年萬隆會議召開，按照計劃，周恩來將率領中國代表團包租印尼航空公司的“克什米爾公主號”飛往雅加達開會，專機將在香港進行短暫停留。，臺灣方面得知這一情形之後，就設定了詳細的暗殺計劃。花50萬港幣買通了香港機場的一名清潔工，準備在“克什米爾號”上安置炸藥，謀殺周恩來。後因周恩來接到緬甸及印尼總理的邀約，改變了行程。準備先赴仰光，再轉赴邁隆開會，因此才倖免於難。
很少出國的毛澤東也多次遭遇暗殺計劃。一次是1949年底毛澤東赴蘇聯的時候。當時臺灣策劃在大興安嶺炸掉毛澤東乘坐的列車，但因為沿途防範嚴密而未能得逞。為了保證絕不出問題，沿途公安部隊都是幾個人守一個扳道叉，主席的車沒過之前，扳道叉都鎖著，主席的車過了才啟開。在鐵軌上，公安部隊還繳獲了美國製造的微型地雷。
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